李利利
- 作品数：22 被引量：12H指数：2
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金湖南省教育厅科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 人GⅡ.14诺如病毒VLP抗原性及组织血型抗原结合特征
- 2024年
- 本研究旨在制备人GⅡ.14诺如病毒的(Norovirus,NoV)病毒样颗粒(Virus⁃like particle,VLP),探索其抗原性与组织血型抗原结合的特征。利用杆状病毒系统表达人GⅡ.14 NoV VP1蛋白,通过超速离心和分子筛层析纯化VLP;将VLP免疫动物制备兔多抗血清,通过免疫印迹(Western blot,WB)、酶联免疫吸附(ELISA)进行抗原性评价及多抗功能验证;利用唾液结合实验检测人GⅡ.14 VLP的糖结合特征;通过蛋白序列及结构比较分析GⅡ.14 P蛋白潜在的糖结合位。纯化获得人GⅡ.14 VP1蛋白,电镜观察显示可以形成结构较为均一的VLP;制备的兔多抗能与GⅡ.14 VLP特异性结合,与检测的其他基因型VLP没有交叉反应;唾液结合实验表明GⅡ.14 VLP与人A/B/O/AB型别唾液都有较好的结合;序列和结构分析显示GⅡ.14 P蛋白模拟结构与GⅡ.9最为接近,具有与GⅡ.9以及流行株GⅡ.4等相似的潜在糖结合区。本研究表明GⅡ.14具有较为广泛的唾液结合特性,通过序列比对和结构学方法分析了GⅡ.14潜在的受体结合机制,为不同型别NoVs的流行监测提供了更多依据。
- 欧阳瑄泽柴鹏弟宋敬东靳淼李利利李金松孙晓曼段招军
- 关键词：诺如病毒病毒样颗粒
- 中国广西龙虎山野生猕猴粪便的病毒宏基因组学分析被引量：3
- 2016年
- 非人灵长类携带的病毒种类繁多,其中部分对人具有致病性。为深入了解我国野生猕猴携带病毒的状况,本研究应用MiSeq高通量测序及生物信息学分析技术,对从广西采集的280份猕猴粪便标本进行了病毒宏基因组学的分析。高通量测序共获得了233 726 79条读长(Reads),其中4641条序列与病毒相关,进一步注释到27个病毒科(包含细小病毒科中的细小病毒亚科和浓核病毒亚科),包括其中5种脊椎动物病毒(占78.2%)、6种昆虫病毒(占5.5%)、11种植物病毒(占10.4%)、其他的病毒(占9.8%);遗传进化分析结果显示,被注释为萨佩罗病毒、肠道病毒、细小病毒、腺相关病毒等序列与已知病毒相似,部分序列呈现明显的差异;应用PCR扩增进一步证实了病毒序列的真实存在。本研究初步确定了广西地区猕猴粪便中病毒的病毒谱,为深入分析和研究其中有潜在公共卫生意义的病毒奠定了基础。
- 刘文彬张翠媛虞结梅李利利敖元云段招军
- 关键词：猕猴高通量测序
- 人A组G2P[4]型轮状病毒的分离培养和鉴定被引量：1
- 2022年
- 目的对我国轮状病毒A组G2P[4]流行株进行分离培养和鉴定。方法采用轮状病毒抗原胶体金法筛查56份病毒性腹泻患儿粪便标本,对阳性样本VP7和VP4基因测序确定其G和P基因型别,并接种至MA-104细胞,持续传代。运用SDS-PAGE电泳、实时荧光定量PCR、间接免疫荧光、嗜斑实验和电镜等技术进行鉴定。结果检出轮状病毒阳性样本46份,测序确定G2P[4]型2株,细胞培养盲传5代,嗜斑纯化后G2P[4]型毒株RNA PAGE电泳图呈DS-1株轮状病毒的(4:2:3:2)形态,电镜下呈车轮状形态,轮廓清晰,病毒滴度随时间变化逐步上升。结论成功从粪便样本中分离和培养出G2P[4]型A组轮状病毒。
- 高升辉王明雯李利利李丹地宋敬东王雅璐毛彤瑶吴建军李金松段招军
- 关键词：轮状病毒PAGE电泳电镜
- 2021年湖南省人民医院新生儿副肠孤病毒的遗传进化分析
- 2023年
- 目的初步了解湖南省人民医院新生儿中副肠孤病毒的流行情况,分析其遗传进化特征。方法2021年6~9月份在湖南省人民医院采集住院新生儿粪便标本,采用TaqMan real-time qPCR和RT-PCR方法进行人副肠孤病毒(human parechovirus,HPeV)的筛查和分型,采用高通量测序和RT-PCR方法扩增其全基因组,序列测定后进行系统发育分析。结果共采集新生儿粪便样本123份,其中HPeV阳性为22份,阳性率为17.89%,分型结果显示所有毒株均属于HPeV-1基因型;扩增获得1株HPeV基因组全长为7269 bp,命名为Hunan/HPeV/2021,该基因组具有典型的HPeV基因组结构;序列比对结果显示该毒株与GenBank中已知的HPeV-1型的基因组核苷酸序列具有最高同源性,为86.6%~91.9%;其编码的唯一的长开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为6540 nt,与已知相似序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.3%~92.6%和97.3%~98.3%;系统发育分析显示该病毒株属于HPeV-1型进化分支,与我国流行的HPeV-1型毒株聚为同一分支。结论在湖南省人民医院新生儿中HPeV具有较高的检出率且均为HPeV-1型。
- 马晓华谢乐云柴萨萨高升辉张爱民余阗郑贵森李利利曾赛珍段招军
- 关键词：新生儿遗传进化分析
- 一种新型甲型肝炎病毒株及其应用
- 本发明涉及病毒领域，具体讲，涉及一种新型甲型肝炎病毒株及其应用。该病毒株的保藏编号为CGMCC NO.11200，全基因序列如SEQ ID NO：1所示。本发明还涉及该新型甲型肝炎病毒的应用，包括制备用于预防和/或治疗甲...
- 段招军虞结梅李利利敖元云
- 文献传递
- 粪便和组织样本高通量测序前处理方法的评估被引量：1
- 2022年
- 目的优化和评估粪便和组织样本高通量测序前处理方法,提高高通量测序在宏病毒组研究中的灵敏度。方法针对粪便样本,选取经粪便排毒的5种病毒阳性样本混合模拟样本,对不同材质的滤器、核酸酶不同处理时间、不同的提取核酸方法进行评价。针对组织样本,选取动物组织中检出的2种病毒阳性样本,对过滤、核酸酶处理和不同的核酸提取方法进行评价。采用TaqMan real-time PCR定量方法评价每步处理对每一种模式病毒核酸载量的影响,采用SYBR Green real-time PCR方法对细菌16S rRNA基因和宿主12S rRNA基因进行定量以评价细菌和宿主的去除效果。结果对于粪便样本,使用0.22μm的PES滤器过滤效果较好,使用PVDF材质滤器导致样本量减少;核酸酶消化2 h比消化1 h去除细菌的效果更好,且病毒损失较少;使用RPMK试剂盒可以有效减少细菌,但对部分病毒提取效果较差,而MVSK试剂盒提取病毒核酸效果较好。对于组织样本,使用0.22μm的PES滤器过滤病毒损失较少;核酸酶消化1 h可以有效去除宿主gDNA,且病毒损失较少;使用VNAEK II试剂盒提取病毒核酸效果最好,Trizol LS+RPMK方法去除宿主gDNA效果较好,但病毒损失较大。粪便和组织样本的前处理方法整个流程的病毒损失分别为(1.7-3.0)Ct和(1.6-2.5)Ct。结论粪便样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化2 h、MVSK试剂盒提取核酸;组织样本最佳方法为PES滤器过滤、核酸酶消化1 h、VNAEK II试剂盒提取核酸。
- 马晓华柴萨萨李利利郑贵森段招军
- 关键词：高通量测序病毒前处理粪便
- 一株蝙蝠轮状病毒的分离和基因组分析
- 2023年
- 目的了解云南地区蝙蝠轮状病毒的基因组特征和进化关系,并分离病毒。方法采集84只云南地区蝙蝠,经解剖后收集肠道组织,混合为3个样本库后进行高通量测序。病毒全基因组扩增采用RT-PCR和RACE方法,使用RVA自动分型工具进行分型。采用MA104细胞分离培养病毒株。结果高通量测序结果显示1个样本库中存在A组轮状病毒相关的序列。随后成功分离该蝙蝠轮状病毒并扩增获得全长或接近全长的11条基因组序列。基因组分型结果显示该病毒株属于G3-P[3]-I8-R3-C3-M3-A9-N3-T3-E3-H6基因型,命名为CHYNC82。序列分析表明,CHYNC82的4条基因片段(VP1、NSP2、NSP3和NSP4)与蝙蝠病毒株MYAS33和MSLH14亲缘关系近且进化树聚为一支;VP2与人09US7118株和猿猴TUCH株进化距离最近,处于同一进化树枝;VP6和NSP1与已知病毒同源性较低,但与蝙蝠和人来源轮状病毒具有共同进化起源;而剩余4条基因片段(VP7、VP4、VP3和NSP5)与人类病毒株包括CMH222株和MS2015-1-0001株具有最高同源性,且处于同一进化树枝。结论推测CHYNC82是经人、猿猴和蝙蝠来源的病毒株跨种属传播产生的重配RVA株,有机会性跨种传播感染人类的可能。
- 柴萨萨马晓华赵静宋敬东李金松李利利裴银辉段招军
- 关键词：蝙蝠轮状病毒基因重配
- 云南省普洱市蝙蝠乙肝病毒的鉴定及遗传进化分析
- 2019年
- 目的研究云南省普洱市蝙蝠携带的乙肝病毒多样性及流行情况.方法在普洱市采集84只蝙蝠肝组织样本,通过高通量测序、特异性PCR方法和基因移步法对蝙蝠乙肝病毒进行检测和扩增,并进行序列分析和系统发育分析.结果3.75%(3/84)的蝙蝠携带乙肝病毒,均来自于中华菊头蝠,命名为PuEr BHBV.PuEr BHBV的基因结构、保守功能结构域与其他乙肝病毒高度相似.序列分析显示,PuEr BHBV与河南内乡发现的NeiXiang-Rp-89的核苷酸和氨基酸同源性分别为87.1%和90.5%.系统进化分析显示,蝙蝠乙肝病毒呈现丰富的多样性,蝙蝠乙肝病毒分为两个较远的进化分支.同时,PuEr BHBV与贵州、河南内乡蝙蝠携带乙肝病毒具有最近的亲缘关系,但与巴拿马的TBHBV处在不同的进化分支.结论PuEr BHBV是一株新的蝙蝠乙肝病毒株,病毒在不同蝠种之间的传播和地域差别可能共同促进了蝙蝠乙肝病毒的进化,本研究丰富了蝙蝠乙肝病毒的多样性.
- 徐亚陇王静林李利利段招军郭科马超锋
- 关键词：蝙蝠乙肝病毒
- 广西猕猴中发现GⅡ.17型诺如病毒及其全基因组序列分析被引量：1
- 2017年
- 目的 了解广西省龙虎山猕猴粪便标本中的GⅡ.17型诺如病毒的流行情况、基因结构和进化特征.方法 2015年3月～8月收集400份野生猕猴粪便标本,利用建立好的HISEQ高通量测序技术在粪便标本中发现了GⅡ.17型诺如病毒,命名为GX213.采用反转录-聚合酶链反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR）技术对其进行了序列鉴定、全长扩增和检测研究,并对三个开放阅读框（Open reading frames,ORFs）进行了序列和遗传进化分析.结果 筛查结果显示阳性率为0.5％ （2/400）.诺如病毒GX213毒株基因组全长为7 565 bp（包括PloyA尾）,其基因组分为三个ORFs：ORF1（10～5112nt）、ORF2（5093 ～ 6715 nt）和ORF3（6715 ～ 7494nt）,其中ORF1与ORF2之间重叠20 bp,ORF2和ORF3之间重叠1 bp.GX213病毒株全基因组序列分析显示,其与引起2014年至2015年亚洲部分地区暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株CUHK-NS-613（GenBank ID：KU561248）同源性最高（同源性最高为99.5％）.ORF1和ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性最高（分别为99.5％,99.4％;99.5％,99.2％）.ORF2区分析序列发现其与CUHK-NS-491毒株（GenBank ID：KP698928）同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4％和99.8％,仅P1.1区发现了一个氨基酸的突变aa245P→S.另外,RdRp核苷酸和VP1氨基酸序列进化树分析显示该病毒株与人GⅡ.17型诺如病毒CUHK-NS-613和CUHK-NS-491的进化关系最近,而与首次被发现的猴GⅡ.17型诺如病毒KM1509（GenBank ID：KX356908）次之.结论 本研究发现的GX213属于2014年至2015年在亚洲地区引起暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株,提示GⅡ.17型诺如病毒为人猕猴共患病毒.
- 信云云敖元云李利利虞结梅李金松林琳张兵
- 关键词：猕猴诺如病毒进化分析
- 一株人轮状病毒G2P[4]型毒株的近似全基因组进化分析
- 2022年
- 目的分析轮状病毒G2P[4]型2020BJ株的近似全基因组进化特征。方法运用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)进行轮状病毒基因组扩增,将扩增产物测序,对所得序列进行系统进化和同源性分析。结果获得人轮状病毒G2P[4]型2020BJ株近似全长的11个节段核酸序列,序列分析表明其为G2-P[4]-I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2基因型(DS-1-Like);进化分析表明与日本、印度、孟加拉及意大利等国家毒株亲缘关系较近;亲缘关系较近的毒株间抗原表位的氨基酸存在差异。结论与2020BJ亲缘关系较近的5株G2P[4]型轮状病毒VP7和VP4的抗原表位的氨基酸存在差异,可能导致流行特征不同,应加强轮状病毒监测。
- 高升辉李利利李丹地朱曦王萌璇王明雯吴建军李金松
- 关键词：轮状病毒基因型全基因组系统进化树
