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马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析: 2015年; 在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56 218条编码区序列中,检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列,其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多,分别为2 358和1 075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸GAA重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类,其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。; 孙亭亭王大伟陈乐王卫峰龚达平陈雅琼孙玉合; 关键词：马铃薯 SSR 简单重复序列基因编码区

普通烟草TPS家族全基因组序列鉴定与表达分析被引量：9: 2017年; 烟草(Nicotiana tobacum)中广泛存在萜类物质,他们散发特殊气味,在代谢产物分泌合成、信号传递和防御反应等方面发挥作用,具有重要的生理、生态作用和经济价值。我们通过生物信息学分析对普通烟草TN90基因组序列中的萜类合酶基因TPS进行广泛预测,并分析了其理化性质、基因结构、进化关系、亚细胞定位、表达谱等信息。本研究在栽培烟草TN90中发现了68个TPS基因的候选序列,通过系统发生分析,可将栽培烟草TPS基因家族成员分为TPS-a、TPS-b、TPS-c、TPS-e/f和TPS-g5个亚家族。所有基因至少在叶、茎、花、根中的一种器官中表达。这些研究为烟草TPS基因功能的深入分析提供了理论依据。; 吕婧陈浣孙亭亭孙玉合; 关键词：进化分析基因表达分析

烟草分枝异常类型突变体基因鉴定及相关家族分析: 植物分枝发育过程受环境及遗传因素的共同调控，影响分枝发育的基因多，机理复杂。目前烟草分枝发育的分子调控机理尚不明确。本研究选用T-DNA激活标签构建的分枝异常类型烟草突变体材料，采用FPNI方法获得侧翼序列，以烟草基因组...; 孙亭亭; 关键词：烟草突变体基因鉴定; 文献传递

基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析被引量：1: 2014年; 【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到39个家族的162条miRNA,包括14对正/反义miRNA和5个基因簇。在林烟草中得到40个家族的169条miRNA,包括13对正/反义miRNA和3个基因簇。2个野生烟草在保守度高的miRNA家族中,其成员分布相似,且成员数相近。在保守度相对较低的家族中,2个野生烟草其成员分布差异较为明显,其中,miR5021、miR5203等9个家族仅在绒毛状烟草中有成员,miR1446、miR1509等10个家族仅在林烟草中有成员。2种野生烟草的正义miRNA与反义miRNA都有着1—4个碱基差异,这些差异位点在不同的家族中呈现出偏好性,而且在2种野生烟草中偏好性相似:miR164家族的9、12、13个碱基处,miR172家族的1、21个碱基处,miR396家族的2、17个碱基处,miR399家族的15、20个碱基处。2种野生烟草的基因簇主要是由miR156、miR169家族组成,其前体的间距小于350 nt,同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020基因簇。以普通烟草的unigene数据库作为靶基因集进行预测与分析,在绒毛状烟草122条miRNA中得到749个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因206条,其中89条(43%)得到GO功能注释;在林烟草中117条miRNA得到650个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因169条,其中78条(46%)得到GO功能注释。在分子功能方面,大多数靶�; 李凌张磊晁江涛龚达平李凤霞王倩丁安明陈雅琼孙亭亭孙玉合; 关键词：MIRNA 生物信息学基因组

普通烟草ARF基因家族序列的鉴定与表达分析被引量：15: 2016年; ARF(AUXIN RESPONSE FACTOR)基因含有一个B3功能域和具有转录激活或抑制活性的中心功能域,在植物发育过程中起到非常重要的作用。本研究采用生物信息学方法,根据拟南芥ARF基因序列鉴定了普通烟草基因组中的ARF基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发生、亚细胞定位和表达模式分析。目前在普通烟草基因组中共得到50个ARF基因成员,其基因结构相对复杂,一般含有10个外显子。亚细胞定位结果表明,少数ARF蛋白定位到线粒体或叶绿体,大多数未检测到定位信号。转录组数据分析表明,ARF基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。这些研究结果为普通烟草ARF基因家族功能的深入研究奠定了基础。; 孙亭亭张磊陈乐龚达平王大伟陈雅琼陈蕾孙玉合; 关键词：普通烟草系统进化基因表达

普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析被引量：12: 2016年; LBD是一类具有LOB（lateral organ boundaries）结构域的基因家族,在植物发育过程中起到非常重要的作用。采用生物信息学方法,根据拟南芥LBD基因序列鉴定了普通烟草基因组中的LBD基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发育和表达谱分析。结果表明：普通烟草基因组中共有98个LBD基因成员,其基因结构相对简单,一般含有1~3个外显子。LBD基因家族可分成I和II两大类,两类均含有CX_2CX_6CX_3C保守结构域,但II类不含有LX_6LX_3LX_6L形成的＂卷曲螺旋＂二级结构,根据与拟南芥LBD蛋白构建的系统发育树则可细分成5个亚家族（Ia、Ib、Ic、Id和II）。将LBD基因与表达序列标签（EST）比对,发现36个基因有EST证据;EST、芯片数据和转录组数据分析表明：LBD基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。这些研究结果为普通烟草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基础。; 孙亭亭龚达平张磊陈雅琼赵维向小华孙玉合; 关键词：普通烟草系统进化基因表达

番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析被引量：11: 2014年; PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因;根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析,并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等。结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族,各占序列数目的一半,PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类,且在进化树中形成不同的分支;各个结构域在植物中非常保守;PPR基因家族分布在番茄12条染色体上,且多数无内含子结构;大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列,GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程。; 丁安明李凌屈旭孙亭亭陈雅琼宗鹏李尊强龚达平孙玉合; 关键词：番茄生物信息学

普通烟草MATE基因家族分析及功能预测被引量：6: 2015年; 植物多药和有毒化合物排出家族(MATE,multidrug and toxic compound extrusion)是一类可转运毒素、金属离子、次级代谢产物的次级转运蛋白家族。该家族主要在植物的解毒机制中发挥作用,部分成员也参与植物的形态建成过程。MATE家族在烟草基因组中的数量、特征及功能目前尚未开展系统分析。本研究利用生物信息学方法对普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组中的MATE基因进行了预测分析,共预测到131个基因,分为4个亚家族。亚家族3在进化树中形成较为独立的分枝,其跨膜区数量、亚细胞定位、保守结构域方面与其他亚家族不同。转录组数据显示,相当一部分MATE家族基因在所有组织中低量表达。GO功能注释结果表明该家族成员主要作为一种转运体,在应激响应、生物调控等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中MATE家族的鉴定和功能研究提供了数据基础。; 张艳艳王倩李晓旭孙亭亭龚达平杨明磊刘贯山; 关键词：普通烟草生物信息学分析

烟草BRANCHED1-Like基因的克隆及表达分析被引量：4: 2015年; TCP转录因子家族CYC/TB1簇中成员BRC1在调控植物侧枝发育的过程中发挥重要作用。本研究利用电子克隆结合RT-PCR方法从普通烟草(Nicotiana tabacum)中克隆获得4个Nt BRC1-Like基因,分别命名为Nt BRC1-Like1、Nt BRC1-Like2、Nt BRC1-Like3和Nt BRC1-Like4。4条基因的CDS序列长度分别为1140 bp、1062 bp、987 bp和1041 bp,分别编码由379、353、328和346个氨基酸组成的蛋白,这4个蛋白与CYC/TB1簇中其他成员具有较高相似性。蛋白质保守结构域分析表明,4个Nt BRC1-Like基因编码的蛋白除具有TCP核心结构域外,还具有CYC/TB1簇蛋白特有的R结构域。系统进化树分析表明,Nt BRC1-Like蛋白都是TCP家族CYC/TB1簇中的成员,且4个Nt BRC1-Like蛋白可以被分成2组,Nt BRC1-Like1和Nt BRC1-Like4为一组,Nt BRC1-Like2和Nt BRC1-Like3为另一组。荧光定量PCR分析发现,4个烟草Nt BRC1-Like基因的表达呈现明显的组织特异性,且其表达模式可分为2种:Nt BRC1-Like1和Nt BRC1-Like4的表达模式相似,在腋芽中有极高的表达;Nt BRC1-Like2和Nt BRC1-Like3的表达模式十分相似,在叶和腋芽中的表达量都显著高于其他组织。推测烟草BRC1基因可能存在类似番茄BRC1基因在功能上保守与进化的情况。; 陈雅琼孙亭亭陈蕾丁安明陈涣孙玉合; 关键词：烟草基因克隆基因表达分析

番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析被引量：7: 2015年; B3超家族是一类含有B3功能域(与DNA结合的高度保守结构域)的转录因子,在植物生长发育过程中起重要作用。本研究采用生物信息学的方法,利用Pfam中的B3保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)蛋白序列,确定了97个B3超家族基因。对番茄B3超家族成员进行了系统进化树分析、染色体定位、结构域分析、组织表达和诱导表达分析等。番茄B3超家族分为LAV、ARF、RAV和REM 4个亚家族,每个亚家族中的数量分别为4、22、9和62个,且在进化树中形成明显不同的分支,每个亚家族都进行了系统进化和结构域分析;番茄12条染色体都含有B3超家族基因;11个成员的表达模式表明,B3超家族同一亚家族成员也具有不同的时空表达模式;在干旱、盐和高温胁迫处理下,部分成员响应强烈并且响应不同的外界信号;而对于ABA处理响应非常弱。本研究将为B3基因超家族成员的生物学功能研究提供参考。; 孙亭亭王大伟龚达平陈乐陈雅琼孙玉合; 关键词：番茄生物信息学

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