田菲菲
- 作品数：9 被引量：15H指数：2
- 供职机构：西南交通大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学化学工程更多>>
- 分子动力学模拟残基突变对芳香烃受体配体结合区的影响被引量：1
- 2017年
- 芳香烃受体(Aryl hydrocarbon receptor,AhR)属于配体依赖性的转录因子蛋白。本文通过对AhR配体结合区域(Ligand binding domain,LBD)的结构功能及物种特异性分析,发现在其结合腔口有一些关键残基可能起到"门控"作用,进一步将野生型(WT)和3个突变模型(Phe289Ala、Tyr316Ala、Ile319Ala)进行分子动力学模拟,从蛋白稳定性、蛋白结构变化、蛋白结合腔变化及蛋白和配体结合能力4个方面分析3个残基的门控作用。研究发现,Phe289、Tyr316、Ile319氨基酸残基通过形成疏水作用为AhR LBD起到"门控"作用;而将这些氨基酸分别突变后,其蛋白稳定性降低,整体运动性增加,配体亲和力减弱,其中Tyr316、Ile319对腔内体积影响较大,Phe289使腔内环境稳定性降低。本研究可为基于芳香烃受体的药物设计提供相关理论指导。
- 康文渊徐锡明郭建秀田菲菲
- 关键词：分子模拟分子动力学突变芳香烃受体
- 计算肽学
- 2012年
- 肽作为重要的生理活性物质一直受到相关领域的广泛关注。近年来,由于肽在细胞信号转导中所扮演的中心角色以及作为生物药物靶向蛋白质相互作用网络等特殊性质的发现,再次唤起了人们对肽的浓厚兴趣。与之相伴的是,肽的理论和计算研究工作快速增长,并取得了长足进展。本文以"计算肽学"为主题系统概括了该领域的研究范畴和研究特点,并分别从肽的数据库构建、功能活性预测、分子对接、动力学模拟、结构数据分析、分子设计修饰以及系统生物学行为等几方面分类介绍了计算肽学的主要研究方向和当前发展状况。重点在于探讨采用计算化学和生物信息学方法剖析肽与蛋白质识别和相互作用的分子机制和理化基础,进而为肽类药物设计提供理论指导。此外,本文还提出了计算肽学在肽类纳米材料及生物表面活性剂等领域的潜在应用前景。
- 任彦荣田菲菲周鹏
- 关键词：分子模拟药物设计
- HPV16/18 E6蛋白与小分子抑制剂RITA和姜黄素的结合模式研究被引量：1
- 2019年
- 持续感染高危型人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)会导致宫颈上皮细胞的细胞周期发生变化和免疫逃逸,最终导致宫颈癌。高危型HPV病毒的E6蛋白对抑癌蛋白p53的泛素化降解可被小分子化合物RITA (reactivation of p53 and induction of tumor cell apoptosis)和姜黄素抑制,使HPV阳性细胞被抑制的凋亡功能得以恢复,但这一现象的分子机制尚未得到阐释。本文选择HPV16和HPV18两种高危亚型,采用同源建模、分子对接和分子动力学模拟等方法,对其E6蛋白与RITA和姜黄素的结合模式进行研究。结果显示,在HPV16/18 E6蛋白41~49残基形成的疏水沟槽, RITA和姜黄素具有一致的构象和相似的结合模式,组成疏水沟槽的苯丙氨酸残基和小分子抑制剂的芳环通过疏水作用和π-π相互作用在维持复合物构象中起重要作用。这一结果表明高危型HPV E6蛋白具有作为药物靶点的可行性,为宫颈癌特异性小分子治疗药物的研究和设计提供了理论指导。
- 张天一徐苗丁欢田菲菲
- 关键词：宫颈癌小分子抑制剂分子对接
- PD-1/PD-L1信号通路抑制剂在宫颈癌治疗中的研究进展被引量：5
- 2019年
- 程序性死亡配体1(PD-L1)是一种免疫抑制性共刺激分子,其与程序性死亡受体1(PD-1)结合可以抑制T细胞增殖分化并导致T细胞凋亡.多种肿瘤细胞通过大量表达PD-L1使肿瘤细胞逃避免疫系统的监视与攻击.PD-1/PD-L1信号通路抑制剂作为免疫疗法中的一个重要方法正在被进行广泛的研究,与现有疗法相比,以PD-1/PD-L1信号通路抑制剂为代表的免疫疗法在癌症治疗中表现出良好的疗效和较少不良反应,但也存在不检查生物标志物直接进行无差别治疗时响应率不高等问题.本文就PD-1/PD-L1信号通路抑制剂与宫颈癌治疗的研究进展加以综述.
- 徐苗张天一田菲菲
- 关键词：宫颈癌免疫逃逸免疫治疗
- 系统比较氨基酸描述子在多肽定量构效关系中的应用被引量：2
- 2014年
- 氨基酸描述子是采用多元统计方法从大量氨基酸性质参数中提取得到的少数关键信息成分,目前已被广泛应用于多肽生物活性预测及蛋白质功能判别等领域。鉴于近年来氨基酸描述子种类的极速扩增,收集了目前国内外发表的27种氨基酸描述子,并将其用于8组经典多肽集的结构表征及定量构效关系研究。通过系统比较这些描述子对同一肽集与不同肽集的统计建模结果,我们认为物理化学描述子的建模效果优于拓扑描述子,拓扑描述子的建模效果优于三维结构描述子,且已有诸多氨基酸描述子已经达到性能限度,如未考虑肽链内部各氨基酸残基的交互影响,肽配基与相应靶标蛋白的相互结合,因此不再建议按照传统思路进一步提出新型描述子种类。
- 许航田菲菲吴坚
- 关键词：定量构效关系
- 八种黄酮类天然产物对高危型HPV16/18 E6蛋白的分子对接研究被引量：4
- 2020年
- 宫颈癌以其高发病率和高死亡率严重危害女性健康,传统治疗手段有效率低且治疗过程给患者带来极大痛苦。近年来,许多天然植物来源化合物已被确定为治疗和预防宫颈癌的有希望的药物来源,但天然产物治疗癌症的具体作用机制尚未明确。因此,本文选取了8种黄酮类天然小分子抑制剂,分别与高危型HPV16/18 E6蛋白重要位点LxxLL疏水口袋进行分子对接研究,以期探索天然产物抗宫颈癌的作用机制。对接分析显示,这些天然产物均与HPV18E6蛋白LxxLL疏水口袋产生较强相互作用,与HPV16 E6蛋白对接时,木犀草素则比其他7种黄酮类化合物结合得更为深入,这些相互作用可能有助于p53功能的恢复。对接分析有助于理解蛋白质-配体相互作用的分子机制,为设计治疗HPV感染的新药提供依据。
- 徐苗张天一丁欢田菲菲
- 关键词：高危型HPVE6蛋白黄酮化合物分子对接
- 噻吩并嘧啶类FLT3抑制剂结合模式预测与分析被引量：1
- 2015年
- FLT3(FMS样酪氨酸酶III)是酪氨酸激酶受体(RTKIII)成员之一,其异常超表达或突变与急性髓细胞白血病(AML)呈现非常大的相关性,成为治疗AML的重要靶位点。本文采用不同的方法对FLT3活性位点进行了预测,利用分子对接、分子动力学以及药效团分析研究了新型嘧啶类化合物与FLT3的相互作用与结合模式。分子对接得到的结合模式与分子动力学模拟得到的结果一致,结合药效团分析表明该嘧啶类化合物主要通过疏水相互作用和氢键与FLT3激活位点结合,从而起到抑制作用。本研究对以FLT3为靶点的嘧啶类抑制剂的开发提供了理论和实验依据。
- 康文渊丁若凡范倩田菲菲
- 关键词：FLT3分子对接分子动力学
- 采用高斯过程模拟预测域/肽识别和相互作用被引量：1
- 2012年
- 细胞信号网络中的蛋白质相互作用常通过结合-折叠偶合方式实现,即来自一方蛋白的刚性肽识别域与来自另一方蛋白表面的一段柔性寡肽片段发生识别和结合,从而介导母体蛋白相互作用.深入分析域/肽识别和相互作用的理化性质及精确预测其作用行为,能够有效揭示细胞信号转导的分子基础.该研究将一种新型非线性机器学习方法即高斯过程(GP),用于预测和分析4类域/肽体系数千个样本的亲和力数值和序列结构特征,并与传统偏最小二乘回归(PLS)及支持向量机(SVM)技术加以系统比较.结果表明,GP建模性能不亚于广泛使用的SVM,显著优于经典PLS.此外,GP能够较好处理线性和非线性混合问题、自动确定模型结构、能够通过超参数解释体系噪音纳入和变量贡献,给出预测结果的置信评估,这些特点皆是传统方法所不具备的.鉴于此,可以认为GP是一种具有开发潜力的机器学习策略,不仅可供分析域/肽识别和相互作用,还可用于解决和处理其他生物相关问题.
- 任彦荣陈绍成邹晓川田菲菲周鹏
- 关键词：高斯过程统计建模
- 柴胡蚤休汤治疗肝细胞癌关键靶点的网络药理学研究及预后模型的建立
- 2024年
- 目的采用网络药理学研究柴胡蚤休汤治疗肝细胞癌的关键靶点,并构建风险评分模型用于解决肝癌的预后问题。方法通过网络药理学、LASSO COX建模和体外细胞实验方法,探讨柴胡蚤休汤治疗肝细胞癌的主要药用活性成分、作用分子靶点及相关基因预后能力。结果柴胡蚤休汤可能通过作用于ESR1、G6PD、AKR1C3、NQO1、CDK1等关键靶点和p53信号通路发挥治疗肝细胞癌的作用。这些关键靶点与活性成分分子对接的结合性良好。构建治疗靶点风险评分模型表明:其具有良好的预后效果和独立预后能力。柴胡蚤休汤对体外人肝癌细胞HepG2的细胞毒性具有浓度和时间依赖,且能够显著抑制G6PD、CDK1核心靶点的表达。结论柴胡蚤休汤可通过调控G6PD、CDK1关键靶点和p53信号通路治疗肝细胞癌,基于G6PD、CDK1关键靶点建立的新型风险评分模型对肝细胞癌具有良好的独立预后功能。可为后续研究提供新思路。
- 唐屿池晴佳田菲菲封顺
- 关键词：肝细胞癌分子对接肝癌预后
