石建涛
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 白血病AML1-ETO融合蛋白转录结合位点在基因组水平的分布规律被引量：1
- 2010年
- 本研究探讨白血病t(8;21)染色体易位形成的融合癌蛋白AML1-ETO在2、9、19号3条染色体上基因组水平的结合位点分布,从而探索其在白血病发生发展过程中异常的转录调控模式,为靶向治疗药物研发以及临床治疗方案优化提供理论基础。应用染色质免疫沉淀技术与高通量的基因芯片相结合的ChIP-on-chip技术,使用覆盖上述3条染色体上所有基因组信息的瓦式基因芯片,在具有t(8;21)染色体易位的Kasumi细胞株上展开研究。实验分为抗ETO特异抗体组和随机打断基因组DNA对照组。通过MAT方法分析ETO抗体组相对于对照组的富集片段;应用CEAS分析工具分析富集片段在基因组上的分布特征,并进一步通过功能富集分析方法挖掘其中潜藏的生物学意义。结果表明:ETO抗体组在2、9、19号染色体上共得到富集片段588条,这些片段在基因组的定位分布特征如下:5.96%位于基因启动子区域,5.49%位于基因外显子区域,48.86%位于增强子区域,37.35%位于基因内含子区域,1.27%位于即时下游区域,0.87%位于3'UTR,0.2%位于5'UTR。进一步功能富集分析结果显示:参与代谢调节、细胞增殖、信号传导等功能的模块在AML1-ETO的潜在靶基因中富集。结论:AML1-ETO融合蛋白在基因组上的结合位点过半分布在经典转录因子结合区域(启动子、5'UTR和增强子),其余近半分布在非经典的区域,其下游调控的分子网络广泛涉及多种重要功能通路。
- 何苗苗石建涛朱雪华金雯王萍张济王侃侃
- 关键词：急性髓系白血病AML1-ETO
- 基于知识库的基因组数据整合分析
- 2011年
- 数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichment Analysis,SSEA),并用实验数据探讨了其潜在的应用价值,结果显示SSEA能更好的挖掘出序列数据中的复杂生物学信息。
- 杨文涛石建涛陈明杰徐海峰王侃侃张济
- 关键词：数据整合生物序列生物信息学
- 基于非独占式并行计算技术的ChIP-on-chip芯片分析平台
- 2009年
- 随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战。针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统。系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程。
- 杨旭智石建涛韩蓓蓓王萍王健张济王侃侃
- 关键词：CHIP-ON-CHIP并行计算
- AML1、AML1-ETO对nucb2基因转录调控活性的影响被引量：1
- 2009年
- 本研究旨在探讨造血特异转录因子AML1及M2b型急性髓系白血病(AML-M2b)累及的异常融合蛋白AML1-ETO对凋亡相关基因nucb2(nucleobindin-2)启动子转录活性的影响,探索AML1-ETO对AML-M2b型白血病的分子致病机制。利用实时RT-PCR方法在AML1-ETO诱导型白血病细胞株中研究AML1-ETO在转录水平对于nucb2的调控情况;利用ChIP-qPCR方法在AML1-ETO阳性白血病细胞株中研究AML1、AML1-ETO与nucb2基因启动子之间直接的体内相互作用情况;采用双荧光素酶报告基因检测方法,研究AML1、AML1-ETO对nucb2启动子转录活性的调节作用。结果表明:AML1-ETO的表达与nucb2的表达呈负相关;nucb2可能是AML1、AML1-ETO的靶基因;AML1、AML1-ETO皆对nucb2启动子具有转录抑制作用,且AML1-ETO对nucb2抑制更强。结论:nucb2是AML1、AML1-ETO的直接靶基因,AML1、AML1-ETO通过抑制nucb2启动子的活性对其进行转录调控。
- 邹蓓金雯李晶石建涛张济王侃侃
- 关键词：AML1AML1-ETO转录调控
