陈伟
- 作品数：8 被引量：12H指数：2
- 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析
- 2018年
- 随着人类等生物大规模基因组测序工作的完成,认识和理解基因组上表达调控元件成为后基因组时代的重要研究任务,增强子捕获技术是一种鉴定基因组上增强子元件及其对基因表达调控机制的有效方法。本研究选择Tol2转座子系统介导制备的稳定增强子捕获品系TK4系(头部和躯干特异性GFP表达),利用Splinkerette PCR(sp-PCR)、原位杂交和比较基因组学等技术手段进行所捕获增强子的解析研究。将TK4系的F1代与野生型斑马鱼杂交,收集受精卵,于6 hpf(Hour post fertilization)、24 hpf、48 hpf、3 dpf(Day post fertilization)、4 dpf、5 dpf六个发育阶段通过荧光显微镜检测绿色荧光蛋白报告基因的表达模式;然后通过sp-PCR方法克隆到Tol2转座子插入位点斑马鱼基因组侧翼序列,经比对分析表明插入位点位于基因组23号染色体27749253位置,在rps26基因的intron1中,且报告基因插入方向与基因方向相反。在插入位点100 kb的基因组范围内有7个基因,分别为arf3a、wnt10b、wnt1、rps26、IKZF4、dnajc22和lmbr1l。通过VISTA程序对不同脊椎动物基因组同源序列比对结果显示,在rps26基因下游有2个潜在保守的非编码序列区CNS1(Conserved non-coding sequence)和CNS2,为可能的增强子元件。胚胎原位杂交表明:rps26基因的两个转录本有母源性表达,rps26-201在合子中的表达早于rps26-001,而TK4系斑马鱼的GFP在早期(6 hpf)不表达,后期rps26与GFP的表达模式既存在相似性,也存在差异性,提示两者可能既接受共同的增强子调控,但也存在不同增强子调控,所获得的2个潜在的增强子(CNS1和CNS2)可能对附近的基因(包括rps26)发挥差异的时空表达调控作用。本研究首次成功获得rps26基因附近2个潜在增强子,为深入研究这两个增强子对基因组附近基因的表达调控机制奠定基础,本研究所采用的结合技术手段也为增强子解析提供参考。
- 桑亚通沈丹陈伟产舒恒顾浩高波宋成义
- 关键词：注解斑马鱼
- 环境污染物对斑马鱼早期胚胎转座子转录活性的影响被引量：1
- 2017年
- 转座子在生物基因组中占据重要的组成部分,是基因组中可移动和扩展的重要元件,其转座活性受外界环境因子调控。为了探讨环境应激对基因组转座子表达活性的影响,用环境污染物二噁英(TCDD)和重金属Cu^(2+)或Cd^(2+)处理斑马鱼早期胚胎,通过荧光定量PCR(q RT-PCR)比较处理前后9种结构完整的转座子转录活性变化,这9种转座子分别是DNA转座子Tc1家族的Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e,反转录转座子病毒家族ZB-ERV-1、ZB-ERV-2、反转录转座子LINE家族L1-323和L1-21。结果发现,TCDD使8个转座子转录活性明显下调,1个转座子显著上调;Cu^(2+)导致7个转座子上调,2个显著下调;Cd^(2+)导致6个转座子上调,3个显著下调。研究表明,斑马鱼转座子转录活性受环境因素影响显著,环境胁迫可能是转座子活性变化的原因之一。本研究对了解和评估环境因子对鱼类转座子活性的影响作用具有重要的意义,为进一步研究生物基因组的进化机制提供参考。
- 高波陈才张丽沈丹王赛赛陈伟王伟产舒恒宋成义
- 关键词：斑马鱼转座子污染物转录活性
- 转座子引起的猪ktn1基因结构变异及其与生产性能的关联分析被引量：6
- 2020年
- 为探明转座子对猪的ktn1基因及其侧翼区结构变异的贡献,从全基因组测序(WGS)数据库中获取14个猪基因组中的ktn1基因序列和侧翼序列,通过ClustalX多序列比对和RepeatMasker转座子注释,全面解析转座子对ktn1的影响。通过PCR检测到一个SINEA1转座子插入多态,在苏姜猪群体中与相关性状进行关联分析。结果显示,ktn1基因及其侧翼区中含有至少77个转座子片段,其中绝大部分(98.70%)为SINE类转座子,并鉴定到9个小结构变异和4个由转座子引起的大结构变异,表明转座子是基因变异的重要来源。其中一个SINEA1插入多态引起的结构变异,在不同品种中呈现丰富的多态性,且无插入个体(SINE-/-)苏姜猪的断奶窝重((64.20±10.6) kg)比纯合有插入个体(SINE+/+)((74.14±9.0) kg)和杂合有插入个体(SINE+/-)((69.71±7.7) kg)轻(P<0.05),表明基于转座子插入多态研发分子标记具有可行性,提示转座子插入多态分子标记在分子辅助育种中具有较强的应用潜力。
- 陈才陈伟郑尧顾浩王伟王宵燕高波宋成义
- 关键词：转座子
- Tc1/Mariner转座子超家族的研究进展被引量：2
- 2017年
- 随着高通量测序技术的迅猛发展,越来越多的生物基因组注释结果表明:转座子几乎存在于所有生物的基因组中,是大多数生物基因组的重要组分。其中,Tc1/Mariner转座子是自然界中分布最广泛的一类DNA转座子超家族,在自然界已经发现14个有活性的Tc1/Mariner转座子(如Minos,Mos1等),另外通过分子重构也获得高活性的人工转座子,如睡美人转座子(Sleeping Beauty,SB)。SB和Mos1等转座子作为基因转移载体已被广泛应用于转基因、基因捕获和基因治疗等领域的研究中,并取得了很好的应用效果。本文将重点综述Tc1/Mariner转座子的结构、分类、分布、转座机制、活性转座子的挖掘,及其在转基因、基因捕获和基因治疗等研究领域的应用。
- 沈丹陈才王赛赛陈伟高波宋成义
- 关键词：转基因基因治疗
- 斑马鱼转座子时空表达特性被引量：2
- 2017年
- 转座子是基因组中可移动和扩展的元件,能够插入新的位点,影响基因组和基因的结构和功能,是基因组进化的内在驱动。为探讨转座子的时空表达特性,首先通过生物信息学方法鉴定出斑马鱼9个疑似活性转座子,包括DNA转座子Tc1家族(Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e)、反转录转座子ERV家族(ERV-1、ERV-2)和LINE家族(L1-323、L1-21),然后采用实时荧光定量PCR法检测上述转座子在斑马鱼早期胚胎发育7个阶段及成鱼各主要脏器的表达活性。结果表明:Tc1家族在0.75、2.00、3.00 h各阶段无转录活性,在6.00、15.00、24.00、48.00 h各阶段各转座子均有较高转录活性;反转录转座子转录活性最早出现于3 h,最晚出现于15 h,且随着发育时间的延长,转录活性显著增强。9种转座子在成鱼心脏、大脑、肌肉、肝脏、睾丸和卵巢均有表达,且大脑和心脏中的表达水平显著高于其他组织,睾丸表达水平最低。分析表明转座子的表达具有时间和组织的特异性,可能参与斑马鱼胚胎和组织器官发育调控,尤其是大脑和心脏发育。这些结果为进一步研究转座子是否具有基因表达调控功能提供重要参考。
- 高波王伟钱跃陈才钟继汉沈丹陈伟宋成义
- 关键词：转座子斑马鱼
- SB转座子介导的斑马鱼增强子捕获注解分析被引量：1
- 2017年
- 为了建立斑马鱼增强子捕获突变体库及研究功能基因的表达调控模式,制备了SB转座子介导的增强子捕获转基因斑马鱼(F0),通过繁育建立了组织或器官特异表达报告基因绿色荧光蛋白(Green fluorescent protein,GFP)的品系(F1)。选择F1代的SK-3系(脑部特异表达GFP)与野生型TU系斑马鱼交配,收集受精卵(F2),于24 hpf(Hour post fertilization)、2 dpf(Day post fertilization)、3 dpf、4 dpf、5 dpf、7 dpf 6个发育阶段检测报告基因绿色荧光蛋白的表达模式;然后通过Splinkerette PCR(SP-PCR)方法检测SB转座子在斑马鱼基因组中的插入位置,从而确定捕获的增强子和功能基因;最后通过胚胎原位杂交验证内源基因表达模式。结果表明,在F2代胚胎不同发育阶段,GFP表达具有明显的时空特性,前期在前脑,中脑,后脑三个部位均高水平表达,后期表达部位呈后移趋势,各个发育期表达强度基本无变化,结果提示该捕获增强子具有脑部表达特性。sp-PCR结果分析表明增强子位于基因组1号染色体35、914、498-35、914、621位置,在内源性基因ednraa位点附近。原位杂交结果表明该基因在胚胎24 hpf阶段具有转录活性。本研究结果提示SB转座子介导的增强子捕获技术可高效获得插入突变斑马鱼,对研究基因功能和获得具有自主知识产权的新基因具有重要作用。
- 刘帅军沈丹钟继汉陈伟王伟张丽陈才杨昆仑高波宋成义
- 关键词：注解SB斑马鱼
- 9种硬骨鱼类转座组注释
- 2018年
- 通过生物信息学手段对9种硬骨鱼转座组进行注释。结果表明9种硬骨鱼类转座组大小和构成差异显著,其转座组含量从高到低分别为斑马鱼、矛尾鱼、青鳉鱼、罗非鱼、花斑剑尾鱼、大西洋鳕鱼、三刺鱼、金娃娃和红鳍东方鲀,转座子含量和基因组大小呈正相关。DNA转座子在硬骨鱼类中具有多样性高和含量差异大的特点(0.50%–38.37%),是硬骨鱼类转座组差异的主要决定因素,其中h AT和Tc/Mariner超家族是硬骨鱼类主要的DNA转座子。RNA转座子在硬骨鱼类中也具有多样性高的特点,其中LINE转座子占硬骨鱼类基因组的0.53%–5.75%,共检测到14个超家族分布,其中L1、L2、RTE和Rex转座子扩增较为明显,LTR转座子除了在斑马鱼和三刺鱼中含量达到5.58%和2.51%,在大多硬骨鱼类基因组中的含量低于2%,在硬骨鱼类中共检测到6个LTR转座子(Copia、DIRS、ERV、Gypsy、Ngaro和Pao)超家族分布,其中扩增最为明显的是Gypsy。而SINE转座子在硬骨鱼类中扩增最弱,仅在斑马鱼和矛尾鱼中分别达到3.28%和5.64%,在其他7个物种中低于1%。SINE中t RNA、5S和MIR三个超家族在部分硬骨鱼类中有一定程度扩增。本研究表明硬骨鱼类转座组具有多样性丰富、差异大的特点,转座组差异与硬骨鱼基因组大小有很强的相关性,转座组是决定硬骨鱼基因组大小的重要因素。
- 高波沈丹陈才王赛赛杨昆仑陈伟王伟张丽宋成义
- 关键词：硬骨鱼转座子注释
- 斑马鱼活性ZB转座子的挖掘及其应用研究
- DNA转座子是一种在生物界广泛分布,且能够在宿主基因组移动的DNA 元件,是一种重要的遗传操作工具.目前,PB,SB,Tol2 等DNA 转座子在转基因,基因捕获,基因治疗等领域应用广泛,但目前国内具有自主知识产权的转座...
- 沈丹王赛赛陈才钟继汉陈伟高波王宵燕崔恒宓宋成义
- 关键词：转座子转基因斑马鱼小鼠
