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陈才: 作品数：24 被引量：28H指数：3; 供职机构：扬州大学动物科学与技术学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金江苏省农业科技自主创新基金江苏省产学研联合创新资金项目更多>>; 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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转座子引起的猪ktn1基因结构变异及其与生产性能的关联分析被引量：6: 2020年; 为探明转座子对猪的ktn1基因及其侧翼区结构变异的贡献,从全基因组测序(WGS)数据库中获取14个猪基因组中的ktn1基因序列和侧翼序列,通过ClustalX多序列比对和RepeatMasker转座子注释,全面解析转座子对ktn1的影响。通过PCR检测到一个SINEA1转座子插入多态,在苏姜猪群体中与相关性状进行关联分析。结果显示,ktn1基因及其侧翼区中含有至少77个转座子片段,其中绝大部分(98.70%)为SINE类转座子,并鉴定到9个小结构变异和4个由转座子引起的大结构变异,表明转座子是基因变异的重要来源。其中一个SINEA1插入多态引起的结构变异,在不同品种中呈现丰富的多态性,且无插入个体(SINE-/-)苏姜猪的断奶窝重((64.20±10.6) kg)比纯合有插入个体(SINE+/+)((74.14±9.0) kg)和杂合有插入个体(SINE+/-)((69.71±7.7) kg)轻(P<0.05),表明基于转座子插入多态研发分子标记具有可行性,提示转座子插入多态分子标记在分子辅助育种中具有较强的应用潜力。; 陈才陈伟郑尧顾浩王伟王宵燕高波宋成义; 关键词：转座子

多转座子载体的构建及转座特性比较研究: 2015年; 【目的】转座子(transposon,Tn)是染色体上可自主复制和移位的基本单位,普遍存在生物体基因组内,Sleeping beauty(SB)、piggy Bac(PB)和Tol2分别来源于鲑鱼、甘蓝尺蠖蛾和青鳉鱼,是目前脊椎动物中活性较高的转座子。比较了这3种转座子在哺乳动物细胞的转染、插入和剪切效率,从而获得细胞水平上的高活性转座子系统。【方法】通过高保真PCR法分别从SB、PB和Tol23种转座子载体克隆3种转座子3′和5′端的转座元件,测序正确后,将各转座元件依次亚克隆至p T2-HB载体框架,构建成包含这3种转座子的多转座子载体pT3-PST。将绿色荧光蛋白表达框CAG-GFP和新霉素表达框PGK-NEO分别克隆至p T3-PST载体,获得两个表达载体pT3-PST-CAG-GFP和pT3-PGK-NEO。将这两个表达载体分别和转座酶表达质粒pCMV-SB100X、p CMV-HAhy PBase、p CMV-Tol2以1﹕1质量比混合,经多聚阳离子PEI包裹,共转染小鼠胚胎成纤维细胞(3T3),同时以突变失活的转座酶质粒SB△DD与转座子载体共转染作为阴性对照组。转染GFP 36 h后,用荧光显微镜进行检测GFP表达率,提取细胞基因组,以Amp基因作为内参,进行实时荧光定量PCR,检测GFP插入拷贝数;根据被剪切位置上下游序列设计引物,进行实时荧光定量PCR,检测3种转座子的剪切效率。细胞转染NEO 48 h后,用浓度为500μg·m L-1的G418进行耐药性筛选,至正常细胞基本全部死亡(10 d),将细胞进行吉姆萨染液染色,统计耐药细胞数,从而比较各组转座活性。【结果】成功构建了多转座子载体PT3-PST、pT3-PST-CAG-GFP和pT3-PGK-NEO。实验组转染细胞效率均大于50%,且差异不显著(P>0.05)。SB组GFP相对拷贝数高于Tol2和PB组,但差异不显著(P>0.05),均显著高于对照组(P<0.05)。SB和PB组剪切效率显著高于Tol2组(P<0.05),但SB和PB组之间差异不显著(P>0.05)。pT3-PGK-NEO与转座酶共转染3T3细胞,G418抗性筛选结果表明,SB组耐药细胞数显著高于P; 沈丹谢雨琇李庆平薛松磊史云强王赛赛陈才钱跃高波崔恒宓宋成义; 关键词：胚胎成纤维细胞

猪LncRNA基因内L1转座子插入多态与生产和繁殖性状的关联分析: 2021年; LncRNA是长链非编码RNA,在表观遗传学中发挥着重要作用,对蛋白质编码基因的表达起着调节作用,LncRNA基因中存在长散在重复序列(LINE)的插入。通过生物信息学分析、PCR检测和生产性能关联分析等方法鉴定猪LncRNA基因(NONSUSG015048.1和NONSUSG015549.1)中L1插入位点的多态性,探究L1插入LncRNA基因对猪生产和繁殖性能的影响。结果表明:大白猪NONSUSG015048.1基因中无L1插入个体的校正背膘厚度显著大于有插入个体;NONSUSG015549.1基因中无L1插入个体的产活仔数显著多于有插入个体。将L1参考序列与LncRNA转录本序列进行了比对,未发现插入的L1和LncRNA基因形成融合转录本。这说明LncRNA基因中L1插入多态可能与猪校正背膘厚和产活仔数有关联,为这2个分子标记在猪分子育种中的应用提供了参考。; 顾浩杜站宇王宵燕王伟陈才高波宋成义; 关键词：大白猪

猪esr基因反转录转座子插入多态性及其与大白猪生产性能的关联性分析被引量：4: 2021年; 雌激素受体(Estrogen receptor,esr)介导雌激素影响相关基因表达,从而调控哺乳动物的生长和繁殖机能。为了探讨esr基因的反转录转座子多态性对猪生长性能的影响,文中应用比较基因组学和生物信息学方法,预测猪esr基因的反转录转座子插入位点,采用PCR方法验证不同品种猪中插入多态性,并将该基因型与大白猪性能进行关联分析。结果显示,esr1和esr2基因验证后得到4个反转录转座子多态性位点,分别是位于esr1基因内含子2的esr1-SINE-RIP1、位于内含子5的esr1-LINE-RIP2和esr1-SINE-RIP3,以及位于esr2基因内含子1的esr2-LINE-RIP。其中esr1-SINE-RIP1的287 bp SINE插入对大白猪的活体背膘厚和100 kg体重背膘厚有显著影响(P<0.05),纯合有插入(SINE^(+/+))的活体背膘厚和100kg体重背膘厚显著高于杂合有插入(SINE^(+/-))和无插入(SINE^(-/-))型。这表明esr1-SINE-RIP1位点可作为分子标记辅助选育大白猪的背膘厚性状。; 迟诚林安亚龙李凯媛顾浩王赛赛陈才高波宋成义王宵燕; 关键词：雌激素受体反转录转座子

猪基因组活性逆转录转座子挖掘: 引言猪是人类疾病研究的良好模型同时也是人异种器官移植的理想供体。然而,猪基因组中逆转录转座子如ERVs(endogenous retroviruses)的存在,使得猪作为人类器官供体存在安全风险。在哺乳动物基因组中逆转录...; 陈才高波钱跃王霄燕吴添文李奎崔恒宓宋成义; 文献传递

梅山猪SLC36A1基因cDNA克隆、组织表达及生物信息学分析: 2014年; 为了研究SLC36A1基因的功能及其与梅山猪毛色等表现的关系,试验以梅山猪皮肤组织cDNA为模板,PCR扩增SLC36A1基因完整CDS序列,利用生物信息学方法分析SLC36A1基因CDS序列及其编码的氨基酸序列,用RT-PCR方法检测SLC36A1基因在梅山猪各组织中的相对表达量。结果表明:SLC36A1基因CDS全长为1 431 bp,编码476个氨基酸,属于跨膜疏水性蛋白,具有转运功能,是比较保守的基因;RT-PCR检测该基因在梅山猪雄性生殖系统及肾脏中有较高的表达量,在肝脏、肌肉、子宫、输卵管等组织中表达量很低,并且首次发现该基因在尿道球腺中有最高的表达量。; 冯晓军李乐义陈才李庆平高波王宵燕耿拓宇宋成义; 关键词：梅山猪克隆生物信息学

斑马鱼活性转座子(ZB)的发现及其活性验证研究: 由于活性转座子在基因组内具有可以移动的特性,因此在转基因和基因治疗等领域具有很好的应用前景,目前PB、SB、To12等转座子已经作为基因治疗和转基因的重要介导载体进行广泛应用,并取得显著进展.本研究通过生物信息学分析,在...; 沈丹薛松磊钱跃王赛赛陈才史云强高波王宵燕崔恒宓宋成义; 关键词：转座子转基因斑马鱼小鼠基因治疗

环境污染物对斑马鱼早期胚胎转座子转录活性的影响被引量：1: 2017年; 转座子在生物基因组中占据重要的组成部分,是基因组中可移动和扩展的重要元件,其转座活性受外界环境因子调控。为了探讨环境应激对基因组转座子表达活性的影响,用环境污染物二噁英(TCDD)和重金属Cu^(2+)或Cd^(2+)处理斑马鱼早期胚胎,通过荧光定量PCR(q RT-PCR)比较处理前后9种结构完整的转座子转录活性变化,这9种转座子分别是DNA转座子Tc1家族的Tc-a、Tc-b、Tc-c、Tc-d、Tc-e,反转录转座子病毒家族ZB-ERV-1、ZB-ERV-2、反转录转座子LINE家族L1-323和L1-21。结果发现,TCDD使8个转座子转录活性明显下调,1个转座子显著上调;Cu^(2+)导致7个转座子上调,2个显著下调;Cd^(2+)导致6个转座子上调,3个显著下调。研究表明,斑马鱼转座子转录活性受环境因素影响显著,环境胁迫可能是转座子活性变化的原因之一。本研究对了解和评估环境因子对鱼类转座子活性的影响作用具有重要的意义,为进一步研究生物基因组的进化机制提供参考。; 高波陈才张丽沈丹王赛赛陈伟王伟产舒恒宋成义; 关键词：斑马鱼转座子污染物转录活性

Tc1/Mariner转座子超家族的研究进展被引量：2: 2017年; 随着高通量测序技术的迅猛发展,越来越多的生物基因组注释结果表明:转座子几乎存在于所有生物的基因组中,是大多数生物基因组的重要组分。其中,Tc1/Mariner转座子是自然界中分布最广泛的一类DNA转座子超家族,在自然界已经发现14个有活性的Tc1/Mariner转座子(如Minos,Mos1等),另外通过分子重构也获得高活性的人工转座子,如睡美人转座子(Sleeping Beauty,SB)。SB和Mos1等转座子作为基因转移载体已被广泛应用于转基因、基因捕获和基因治疗等领域的研究中,并取得了很好的应用效果。本文将重点综述Tc1/Mariner转座子的结构、分类、分布、转座机制、活性转座子的挖掘,及其在转基因、基因捕获和基因治疗等研究领域的应用。; 沈丹陈才王赛赛陈伟高波宋成义; 关键词：转基因基因治疗

猪基因组转座子基因资源挖掘、遗传效应评估及其分子标记研发: 陈才王伟沈丹杨昆仑张丽王赛赛陈伟高波吴添文李奎王霄燕宋成义

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