何胜 作品数:8 被引量:21 H指数:3 供职机构: 江南大学生物工程学院 更多>> 发文基金: 国家高技术研究发展计划 教育部重点实验室开放基金 更多>> 相关领域: 生物学 自动化与计算机技术 文化科学 更多>>
基于图聚类的蛋白质相互作用网络功能模块探测 被引量:3 2011年 作者采用了基于模块性的图聚类算法来探测蛋白质相互作用网络中的集团,在具有2 617个节点11855个相互作用的酵母蛋白质相互作用网络中探测出177个集团,同时采用慕尼黑信息中心(Munich Information Center,MIPS)的层次功能注释对其进行了注释,并且验证得到的集团的确是内部连接紧密的子图。 梅娟 何胜 李炜疆关键词:蛋白质相互作用网络 模块性 聚类 功能模块 经验自举粒子群优化算法 被引量:3 2008年 经验自举粒子群优化算法(EIPSO)是在粒子群算法中引入经验自举(EI)搜索算子,该算子的作用就是将随机选择的粒子个体经验的局部重新初始化构成候选经验。根据候选经验和原经验的适应值确定个体的新经验。在粒子进化的每一代,以概率p来执行经验自举搜索,以概率1-p执行经验指导下的进化搜索。EI算子的引入使粒子的搜索范围和多样性得到保持,同时在粒子收敛后算法仍然具有一定的搜索能力。对比实验结果表明该EIPSO算法的良好的综合性能。 徐明亮 须文波 何胜关键词:粒子群 一种由代谢方程构建网络的方法及其实现 2011年 代谢网络的拓扑结构分析和可视化是系统生物学研究的热点。如何自动合理地由数量众多的代谢方程构建代谢网络是研究者首先面临的问题。基于二部图模型,采用"节点唯一化"和"忽略高度节点"策略,提出一种由代谢方程直接构建代谢网络的方法,并给出MATLAB实现步骤,最后使用生物网络模拟软件可视化生成的代谢网络,结果表明这种方法能用来构建复杂代谢网络,并具有较好展现网络模块和拓扑结构的特点,适用于由大量代谢反应方程自动构建复杂代谢网络的一般应用需求。该方法的MATLAB源码和说明文档可以通过http://bioinf.jiangnan.edu.cn/在线获得。 何胜 吴访升 潘瑜 徐明亮 杨莉 李炜疆关键词:代谢网络 可视化 代谢网络自动绘制的快速网格布局算法 被引量:4 2008年 描述众多代谢物之间的拓扑关系的代谢网络,是抽象的高维数据。为了帮助人们分析这些复杂的数据,需要开发高效的可视化算法。近年来日益引起关注的网格布局算法在代谢网络自动绘图中显示了很好的特性,其面临的一个主要问题是如何有效降低计算量以满足快速、准实时网络绘图的需求。作者提出了一种快速网格布局算法,采用邻域试探和扰动再优化的全局搜索策略,能够数秒内产生高质量的典型代谢网络布局,适用于更广泛的代谢网络可视化分析应用。 何胜 梅娟 石贵阳 王正祥 李炜疆关键词:代谢网络 可视化 复杂生物网络自动画图算法分析 被引量:1 2010年 介绍适应分子网络建模和信息系统需求的自动画图算法的研究成果。在分析代谢途径自动布局、力导向布局和基于网格的布局等3类具有代表性的自动画图算法的基础上,探究其各自的原理、内在联系、存在的优缺点以及亟待解决的问题,为应用网络可视化手段分析和解决具体生物问题提供参考和线索。 何胜 梅娟 王正祥 李炜疆改进的CLPSO算法及对复杂组合函数的优化研究 被引量:4 2009年 全面学习微粒群优化算法使用所有其它粒子的历史最好信息来更新粒子速度的策略改进标准微粒群算法,虽然一定程度避免陷入早熟,然而也存在到算法后期收敛速度急剧变慢的问题。采取兼顾粒子搜索范围和收敛速度方法并引入自适应的策略监视算法过程,当算法陷入停滞,即重新初始化,更新粒子系统,用复杂组合测试函数进行测试,表明了改进算法的有效性。 何胜 潘瑜 吴访升 黄纯国关键词:微粒群 师范生课程《网页制作与网站设计》教学探索 被引量:1 2006年 《网页制作与网站设计》的课程在相关教学理论、学习理论的指导下,结合师范生信息素养培养的要求和人本主义的学习理论,针对学生的网络和相关基础知识较欠缺的实际情况,提出了一种新的教学策略,从而激发了学生的学习兴趣。 何胜 朱和芳关键词:信息素养 人本主义 网页制作 基于网络模块性的蛋白质序列聚类 被引量:5 2010年 蛋白质的远同源性探测是结构基因组学和功能基因组学的主要研究任务之一。一些具有一定相似结构和功能、但序列相似性却较低的蛋白质组成蛋白质超家族,则远同源性探测问题等价于对蛋白质超家族的识别问题。作者提出了一种基于模块性的聚类算法ModuleFind,该方法通过最大化蛋白质网络的模块性来寻找具有较强集团结构的划分。在蛋白质结构分类数据库(SCOP)超家族层次上进行的实验表明,该方法得到的聚类结果更接近分类基准,且具有较高的F-测度值。 梅娟 何胜 王正祥 石贵阳 李炜疆关键词:蛋白质网络 模块性 聚类