杜建
- 作品数：5 被引量：17H指数：3
- 供职机构：苏州大学医学部基础医学与生物科学学院更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 暗纹东方鲀线粒体基因组核苷酸全序列测定与分析被引量：4
- 2010年
- 以暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)肝的线粒体DNA为模板,参照红鳍东方鲀(T.rubripes)等近源鱼类的线粒体基因组DNA序列,设计合成14对特异引物,进行PCR扩增并测序,首次获得了暗纹东方鲀线粒体基因组全序列。结果表明,暗纹东方鲀线粒体基因组序列全长16 444 bp(GenBank登录号为GQ409967),A+T含量为55.8%,其mtDNA结构与其他脊椎动物相似,由22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1段819 bp非编码的控制区(D-loop)所组成。蛋白质基因除COⅠ和ND6的起始密码子为GTG、CCT以外,均为典型的起始密码子ATG。ND1、ATPase8、COⅢ、ND4L、ND5、Cyt b使用典型的终止密码子TAA,其他的使用不完全终止密码子。除ND6和tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro在L-链上编码之外,其余基因均在H-链编码。基因排列顺序与已测定的鲀类一致,这显示了鲀类线粒体基因排列顺序上的保守性。tRNA基因核苷酸长度为64～73nt,预测了22个tRNA基因的二级结构,均呈较为典型的三叶草状。基于19种鲀类mtDNA全序列构建的进化树表明,暗纹东方鲀与红鳍东方鲀、中华东方鲀(T.chinensis)聚成一个姊妹群。结果还支持东方鲀属鱼类为一单系类群。
- 邵爱华杜建陈葵盛烨郑峰丰史全良沈卫德朱江
- 关键词：暗纹东方鲀线粒体基因组全序列分析
- 暗纹东方鲀线粒体ATPase8和ATPase6基因的克隆与序列分析被引量：5
- 2010年
- 克隆并测定了暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)线粒体ATP合酶Fo亚基8(ATPase8)和亚基6(ATPase6)的序列,并对其进行了初步分析。结果表明:PCR扩增产物的总长度为923 bp,其中842 bp为ATP8和ATP6基因的编码区。ATP8基因长168 bp,编码55个氨基酸残基的蛋白质,其蛋白分子质量为6.8 KD,等电点为7.85;ATP6基因长684 bp,编码227个氨基酸残基的蛋白质,其蛋白分子质量为24.9 KD,等电点为9.16。暗纹东方鲀ATP合酶Fo亚基8和亚基6与其他已报道的部分东方鲀属鱼类具有很高的同源性。通过探讨ATP合酶Fo亚基所含的信息量,发现相对于其他线粒体基因,ATPase8和ATPase6基因所含鉴别信息较少。
- 邵爱华杜建陈葵朱江
- 关键词：暗纹东方鲀线粒体DNAATP合酶亚基
- 暗纹东方鲀CD8α基因克隆、原核表达与多克隆抗体制备
- 2012年
- CD8是与I型主要组织相容性复合体(MHC I)结合,是T细胞表面受体(TCR)的共受体,也是T淋巴细胞表面的重要标志物。该研究报道了暗纹东方鲀胸腺等组织中克隆获得CD8αcDNA序列及其相应的基因组序列。克隆到的cDNA序列全长1 061 bp,包含1个657 bp的开放读码框(ORF),编码218个氨基酸;其对应的基因组序列为1 533 bp,包含5个内含子和6个外显子。生物信息学分析表明,D8α蛋白质序列由信号肽、胞外可变区、铰链区、跨膜区和胞内区5部分组成。胞外区的可变区和铰链区部分各有两个高度保守的半胱氨酸残基,可能参与链内和链间二硫键的形成。氨基酸序列多重比对表明,暗纹东方鲀与其他鱼类的CD8α,特别是与鲽形目鱼类具有较高的同源性。为进一步研究暗纹东方鲀CD8的生物学功能,构建了表达CD8α成熟肽胞外区的重组质粒,诱导表达出重组蛋白。以纯化的重组蛋白为抗原免疫大白兔,制备了抗血清。经间接ELISA法检测抗体效价表明,获得了高效价的特异性暗纹东方鲀CD8α抗体,为进一步研究CD8在鱼类淋巴细胞进化和适应性免疫中的作用奠定了基础。
- 邵爱华杜建陈葵朱江
- 关键词：CD8Α暗纹东方鲀鱼类免疫原核表达
- 暗纹东方鲀CD8α全长cDNA的克隆及序列分析被引量：2
- 2009年
- 根据红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的CD8α序列设计引物,用RACE技术克隆并测定了暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)CD8α全长cDNA序列,经序列比对两者同源性为97%。序列分析显示657 nt的开放读码框编码218个氨基酸残基的跨膜糖蛋白的前体蛋白,蛋白结构预测包括信号肽区、免疫球蛋白样结构域区、茎区、跨膜区和胞浆区。对其中胞外的免疫球蛋白样结构域区和茎区进行了原核表达,表达产物为22 ku左右的重组蛋白。
- 杜建邵爱华朱江
- 关键词：暗纹东方鲀CD8
- 暗纹东方鲀线粒体DNA16S rRNA基因克隆、测序与在分子系统发育分析中的应用被引量：9
- 2009年
- 以暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）肝脏线粒体DNA为模板，按照红鳍东方鲀线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，获得了暗纹东方鲀线粒体DNA 16S rRNA基因（1667bp）及3′端上游的tRNALeu基因（73bp）的全序列。16S rRNA碱基组成分别为：胸腺嘧啶（T）22．1％，胞嘧啶（C）23．6％，腺瞟呤（A）35．2％，鸟嘌呤（G）19．0％。运用DNA分析软件对暗纹东方鲀与GenBank中鲀形目其他23种鱼类的mtDNA 16S rRNA序列进行核苷酸同源性比较分析，分别在鲀形目和东方鲀属水平上利用多种鱼类DNA 16S rRNA序列构建分子系统树。结果显示，同目不同科间的16S rRNA序列核苷酸相似性在73．6％～87．4％之间，同属间的核苷酸相似性高达约99．0％。在属间、科级、亚目级水平上，利用较长的16S rRNA序列构建的NJ树和MP树在拓扑图总体趋势相似，各枝的支持率较高。而在东方鲀属内中选取同源性较高的16S rRNA部分序列构建分子系统树拓扑结构虽一致，但各枝的支持率不太高。因此认为，16S rRNA基因较适合于研究鲀形目鱼类中属间、不同种间以及分化较早的种间、科级、亚目级的系统发育分析。本研究结果有助于进一步利用线粒体基因研究分析鲀形目鱼类系统进化关系。
- 邵爱华杜建陈葵朱江
- 关键词：暗纹东方鲀线粒体DNARRNA基因系统发育分析
