戴亚平
- 作品数：4 被引量：26H指数：3
- 供职机构：南京林业大学更多>>
- 发文基金：江苏省基础研究计划国家自然科学基金江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 特有植物短丝木犀(Osmanthus serrulatus)转录组微卫星特征分析被引量：17
- 2016年
- 利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92 798条独立基因(unigenes)进行SSR位点查找和分析,共搜索到11 881个SSR位点,除单碱基重复外,SSR出现频率为4.64%,分布密度为1/15.02 kb。二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型,分布占SSR总数的66.35%和30.42%。其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元,分别占各自重复单元的63.21%、30.38%。短丝木犀SSR多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的SSR仅占总数的13.47%。同时发现短丝木犀SSR的频率和长度呈显著负相关(p<0.01),相关系数为-0.408。另外,设计筛选得到2 435对SSR引物。短丝木犀转录组SSR位点出现频率高,类型丰富、多态性潜能较高。
- 陈林李龙娜杨国栋戴亚平
- 关键词：特有植物微卫星转录组测序
- 短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析被引量：6
- 2016年
- 短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeqTM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀不同组织间的基因表达谱及其代谢通路。转录组测序共获得16.94 G的有效数据,经Trinity从头组装得到92 798条单基因簇(unigenes),其中35 851条unigenes与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、KEGG、PFAM等7大公共数据库比对获得了基因功能注释信息。由KEGG代谢通路分析发现,共有8 779条unigenes参与到262个代谢通路中,其中参与到色素和香味代谢的基因分别有53条和335条。此外,针对6条在短丝木犀花和叶芽间显著差异表达的参与类胡萝卜素生物合成的相关基因,通过实时荧光定量PCR,验证了它们在不同组织间的表达模式。
- 陈林李龙娜戴亚平杨国栋
- 关键词：香花树种转录组测序
- 山茱萸科的系统分类及应用研究进展被引量：2
- 2014年
- 山茱萸科(Cornaceae)是一类具有重要应用价值的植物,但其分类体系还存在诸多争议;在总结有关山茱萸科分类方法、地位研究的基础上,对山茱萸科的系统分类在孢粉学、分子生物学、木材解剖学、植物化学、经典分类学等领域内的研究及系统分类的观点进行了比对分析,提出了山茱萸科的系统分类的处理建议;对山茱萸科资源在生产实践中的应用作了归纳总结。
- 周志光汪小飞戴亚平
- 关键词：山茱萸科
- 短丝木犀转录组测序及SSR分子标记开发研究
- 短丝木犀(Osmanthus serrulatus)为木犀属少数4月份开花的香花树种之一,分布范围狭小,具有极大的开发前景和保护价值。本研究以短丝木犀为研究对象,利用基于Illumina平台的RNA-seq技术得到丰富的...
- 戴亚平
- 关键词：RNA-SEQSSR
