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乳腺癌干细胞表面标志物在判断化疗敏感性及复发中的意义被引量：1: 2020年; 目的分析阐明乳腺癌肿瘤干细胞标志物在乳腺癌的化疗敏感性和术后复发中的临床意义。方法利用GEO公共数据库GSE25066、GSE32603共2个系列,提取临床数据包括新辅助化疗疗效的病理评价、术后随访复发与否及复发时间,提取如下18个乳腺癌肿瘤干细胞标志物基因的表达水平:CD44、CD24、EPCAM、CD49f、PROM1、CD61、ALDH1A1、CD10、ALDH1A3、ABCG2、RANK、CD47、CD166、SLUG、SOX2、SXO9、SOX10、MYC。GSE25066共488例患者,根据术后病理结果分为病理完全缓解(pCR)组(n=99)和癌组织残留(RD)组(n=389),分别利用Logsitic、lasso、COX回归分析每个肿瘤干细胞标志物与化疗敏感性的相关性;另外纳入包含完整随访资料病例418例,分为复发组(n=111)和未复发组(n=307),分析肿瘤干细胞标志物与肿瘤复发的相关性;GSE32603系列包括166例乳腺癌患者新辅助化疗前后的基因表达结果,分析化疗前后标志物表达水平变化,明确化疗对干细胞的富集作用。结果化疗敏感性相关分析中,肿瘤干细胞标志物CD44(OR=0.78,95%CI:0.63~0.98)、SLUG(OR=0.80,95%CI:0.68~0.93)与新辅助化疗敏感性负相关,CD24(OR=1.18,95%CI:0.97~1.47)与化疗敏感性呈正相关。在复发相关性分析中,证实CD44^+(OR=1.22,95%CI:0.98~1.51)、CD24low(OR=0.94,95%CI:0.79~1.11)、SANI2(OR=1.17,95%CI:1.00~1.37)高表达者复发率高。随着化疗进展,MME、CD49f、SOX10、MYC和SOX9标志物呈现富集过程(P<0.05)。结论乳腺癌干细胞标志物CD44^+CD24^-以及SLUG可以用于预测新辅助化疗疗效、肿瘤治疗后复发,是研究乳腺癌干细胞比较稳定的标志物。; 刘媛苑著王子函屈翔宋建宁; 关键词：乳腺肿瘤肿瘤干细胞复发化疗敏感性

钩端螺旋体聚Beta羟基丁酸(PHB)生物合成途径分析被引量：2: 2013年; 【目的】致病型问号钩端螺旋体(问号钩体,Leptospira interrogans)和腐生型双曲钩体(L.biflexa)能够大量合成菌体内贮藏物,这可能是钩体在营养贫瘠环境中长时间存活的主要原因之一。本研究对钩体聚Beta羟基丁酸(PHB)贮藏物进行定性定量测定,通过基因组分析补充定义PHB合成主要功能基因,并采用分子生物学方法初步证明PHB合成途径的完整性,为进一步研究PHB合成与钩体抗逆能力的关系奠定基础。【方法】采用脂类特异性尼罗红染色法和浓硫酸氧化-紫外分光光度计测定法,对问号钩体和双曲钩体的PHB贮藏物进行定性定量测定;采用生物信息学方法(BLAST和InterProscan/InterPro2Go),通过同源性分析和功能结构域搜索寻找钩体基因组中的PHB合成相关基因;最后采用克隆测序和定量RT-PCR技术检测相关基因表达情况,初步验证生物信息学预测结果。【结果】尼罗红染色和氧化后比色定量实验证明钩体合成细菌常见贮藏物PHB,问号钩体合成量为菌体干重的42%45%,双曲钩体合成量为64%68%。尽管已公布的多个钩体基因组中均没有定义完整的PHB合成途径,但本研究通过综合生物信息学分析,在问号钩体和双曲钩体中鉴定了PHB合成途径的主要功能基因(phbC)。克隆测序和定量RT-PCR证实钩体转录表达大部分PHB合成相关基因(phbA/B/C),说明钩体内该生物途径基本完整,且部分高水平表达基因可能是钩体主要的PHB合成相关基因。【结论】问号钩体和双曲钩体均可合成PHB贮藏物,且具有基本完整的PHB合成生物途径。; 薛峰刘媛洪彩玲孙岚辛德莉温艳黄敏君谷俊朝; 关键词：钩端螺旋体抗逆能力

GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ联合评估在HBV感染肝硬化患者肝细胞癌发生风险中的预测价值: 2024年; 目的评估血清生长分化因子15(GDF15)、microRNA-122(miR-122)、甲胎蛋白(AFP)和异常凝血酶原(PIVKA-Ⅱ)联合检测在监测乙肝病毒(HBV)感染肝硬化患者中肝细胞癌(HCC)的风险预测价值。方法将2017年12月至2022年1月在首都医科大学附属北京友谊医院就诊的45例HBV相关肝硬化患者、50例HCC患者纳入横断面研究,设为肝硬化组和HCC组;另选22例监测期间新确诊HCC的HBV肝硬化患者纳入纵向研究队列,分别对肝硬化组和HCC组患者以及监测期间新确诊HCC的HBV肝硬化患者的系列血清标本[新确诊HCC前12~18个月(T_(1))、新确诊HCC前6~12个月(T_(2))以及HCC诊断时(T_(3))]进行检测,测定GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ水平。比较各组患者每项标志物的检测水平,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ单独或联合检测对HCC患者的诊断价值,评估标志物的组合预测HBV感染肝硬化患者的HCC风险。结果横断面研究中,HCC组患者血清GDF15、AFP和PIVKA-Ⅱ水平分别为1760.64 pg/mL、40.24 ng/mL、106.37 mAU/mL,均显著高于肝硬化组患者(1357.63 pg/mL、9.07 ng/mL、22.59 mAU/mL),miR-122水平为38.72,则显著低于肝硬化组患者(75.70),差异均有统计学意义(P<0.05)。GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ单独诊断HCC时,曲线下面积(AUC)分别为0.734、0.644、0.776、0.823;AFP和GDF15两项联合,AUC为0.835;GDF15、AFP和PIVKA-Ⅱ三项联合,AUC为0.860;GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ四项联合,AUC最佳为0.876。区分肝硬化和HCC时,PIVKA-Ⅱ具有较高的敏感度(72.5%);GDF15具有较高的特异度(83.2%);AFP和PIVKA-Ⅱ联合,特异度最高(92.0%);四项联合,敏感度增加(82.2%),约登指数最高(0.622)。纵向研究结果未观察到每种单一生物标志物随时间的变化,而GDF15、AFP和PIVKA-Ⅱ三项联合以及GDF15、miR-122、AFP和PIVKA-Ⅱ四项联合,在三个时间点的检测值差异有统计学意义(P<0.01)。肝硬化患者横截面和纵向(T_(1))之; 张黎然刘媛王珍子; 关键词：甲胎蛋白类生长分化因子15 异常凝血酶原肝细胞癌

构建弓形虫病动物模型的方法和意义被引量：1: 2011年; 目的弓形虫病是世界范围内的人兽共患寄生虫病。构建动物模型是研究弓形虫病的重要途径之一。利用不同的动物模型来探索弓形虫感染后的发病过程及转归,为预防及治疗弓形虫病提供了良好的动物实验基础,对人类的健康发展有着深远的意义。; 刘媛谷俊朝; 关键词：弓形虫实验动物

CpG岛甲基化结肠癌临床特点及其在dMMR结肠癌中的预后意义: 2024年; 目的探讨CpG岛甲基化(CIMP+)结肠癌的临床特点和预后,以及CIMP状态在错配修复缺陷(dMMR)结肠癌的诊断和预后预测中的指导意义。方法以关键词"colorectal cancer""patient"和"CpG Island Methylator Phenotype"检索基因表达数据库(GEO),得到序列号为GSE39582的数据,共纳入585例结肠癌患者临床资料和肿瘤组织的全转录组测序数据。排除CIMP为缺失值的72例后纳入513例进一步分析,其中男性278例,女性235例,平均年龄(67±13)岁。根据CIMP状态分为CIMP+组(n=93)和CIMP-组(n=420),比较两组临床特点差异,绘制Kaplan-Meier生存曲线比较总生存期和无病生存期差异;提取dMMR亚组71例,分为CIMP+组(n=43)和CIMP-组(n=28),K-M曲线分析两组总生存期和无病生存期差异。组间比较采用t检验、χ^(2)检验或者Mann-WhitneyU非参数检验,生存曲线组间差异性检验采用Long-rank检验。结果CIMP+组患者年龄大于CIMP-组[(70.84±12.60)岁比(66.21±13.08)岁,t=3.18,P=0.002];右半结肠肿瘤起源于CIMP+分子通路途径是左半结肠癌起源于CIMP+的9.3倍(OR=9.3,95%CI:5.2~17.9);BRAF突变型结肠癌起源于CIMP+是BRAF野生型结肠癌起源与CIMP+的215.2倍(OR=215.2,95%CI:53.2~1906.7);dMMR结肠癌患者起源于CIMP+是pMMR患者的12.8倍(OR=12.8,95%CI:7.0~23.9)。CIMP+和CIMP-两组在总生存期和无病生存期方面差异无统计学意义(P=0.590、0.220)。在dMMR结肠癌亚组中,CIMP状态与患者总生存期和无病生存期无相关性(P>0.05)。结论CIMP+结肠癌患病人群多为高龄,肿瘤起源有右半结肠,多合并BRAF基因突变,表现为错配修复缺陷dMMR结肠癌。CIMP状态与结肠癌TNM分期及生存预后无相关性。CIMP+所致dMMR结肠癌与MMR基因突变所致dMMR结肠癌,生存预后无显著差异。; 刘媛王瑞丽王丹玲宋建宁; 关键词：结肠突变 CPG岛甲基化

不同结直肠癌共识分子分型临床特点分析被引量：2: 2020年; 目的结直肠癌共识分子分型(CMS)是基于肿瘤基因差异的分型,本文试图描述不同CMS分型患者的临床特点,以便指导结直肠癌的个体化诊疗。方法R语言软件下载纳入的7个GSE号的series matrix files数据文件,该文件包含基因测序数据和患者的临床资料,共纳入1414例结直肠癌患者,采用CMScaller分型计算方法,根据纳入样本的基因表达谱,计算该样本的CMS归类,分为CMS1、CMS2、CMS3和CMS4四组,统计分析四组不同共识分型的临床特点差异,计量资料采取均数±标准差(Mean±SD)表示,计数资料以例(%)表示。采用SPSS 18.0进行统计学分析。结果CMS1肿瘤多起源于右半结肠(77.4%),而CMS2则多源于左半结肠(72.8%)。CMS2肿瘤T4分期比例为16.6%,而其余三型T4分期比例分别为23.3%、29.3%和24%;CMS1发生远处转移的比例最低(3.5%),而CMS4远处转移率为18.2%。CMS1和CMS2中KRAS突变率低,分别为25.6%和30.3%,CMS3中KRAS突变率最高达73.9%;BRAF在CMS1中突变率最高为45.5%,而其余三型突变率分别为0.6%、6.2%和5.9%;基因APC的平均突变率为59.45%。总生存期和无进展生存期分析显示CMS4间质型最差,CMS2经典型相对预后最好。结论CMS1免疫型,高发右半结肠女性患者,高度微卫星不稳定性常常同时伴有BRAF基因突变,治疗困难,预后差。CMS2经典型,治疗效果良好,预后好。CMS3代谢性,治疗后肿瘤容易复发,但是化疗效果敏感,总体生存期预后尚可。CMS4间质型,高发于左半结肠,容易发生远处转移,该型患者预后最差。; 刘媛陈小萌姚宏伟宋建宁; 关键词：结直肠肿瘤突变

应用生物素标记与蛋白质组学方法分离鉴定弓形虫表面蛋白和分泌蛋白被引量：10: 2013年; 目的分离和鉴定刚地弓形虫RH株速殖子表面蛋白和分泌蛋白。方法在绿猴肾Vero细胞株中体外培养弓形虫RH株速殖子,利用滤膜和Percoll细胞分离液分离纯化速殖子。将纯化的速殖子用生物素标记后,裂解虫体,采用亲和素凝胶珠分离生物素标记的弓形虫表面蛋白和分泌蛋白。对分离得到的蛋白进行浓缩和密度梯度凝胶电泳。将电泳条带分段切胶,回收蛋白后,酶切,应用液相色谱和两级质谱联用技术(LC-MS/MS)进行蛋白鉴定。结果共鉴定出785种弓形虫蛋白,其中81种为基因组注释的表面或分泌蛋白,占10.3%。785种蛋白中,检测到同一种蛋白多肽的次数(PSM值)>10的蛋白有65种,其中43种为基因组注释的表面蛋白或分泌蛋白,占66%,余22种为预测的未知蛋白。结论应用生物素标记和亲和素层析分离了弓形虫表面蛋白和分泌蛋白,并初步鉴定了一批潜在的弓形虫新表面蛋白和分泌蛋白。; 刘媛薛峰黄敏君甘绍伯谷俊朝; 关键词：刚地弓形虫表面蛋白分泌蛋白生物素标记

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