袁一鸣
- 作品数：6 被引量：20H指数：4
- 供职机构：上海海洋大学水产与生命学院水产种质资源发掘与利用省部共建教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：上海市地方高校能力建设项目国家自然科学基金国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 三角帆蚌3个免疫基因的克隆与表达分析
- 本研究采用RACE技术，克隆得到三角帆蚌(Hypriopsis cumingii)金属硫蛋白(Metallothionein，MT)基因、过氧化氢酶(Catalase，CAT)基因和铁蛋白(Ferritin，Fn)基因等...
- 袁一鸣
- 文献传递
- 三角帆蚌金属硫蛋白基因的克隆及序列分析
- 采用RACE技术,获得了三角帆蚌(Hypriopsis cumingii)金属硫蛋白基因的全长cDNA序列。该序列全长467 bp,由长92 bp的5′UTR(untranslated region),159 bp的3′...
- 袁一鸣
- 关键词：三角帆蚌金属硫蛋白基因RACECDNA
- 文献传递
- 三角帆蚌GPX基因cDNA全序列的克隆及其编码蛋白的结构分析被引量：5
- 2010年
- 根据本实验室构建的三角帆蚌cDNA文库中已标注的EST序列,利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因cDNA全序列。序列分析表明,该基因cDNA序列全长1286bp,包括5′端非翻译区(Untranslated Region)39bp、3′端非翻译区659bp和开放阅读框(Open reading frame,ORF)588bp,共编码195个氨基酸,分子量约为22.2kDa,理论等电点为8.44,属于含硒类GPX。该氨基酸序列具有GPX所有亚型中均高度保守的3个环状结构,对酶的三级结构起稳定作用。在线分析结果表明:GPX的氨基酸序列不存在明显的疏水区,也不存在信号肽序列。氨基酸相似性对比结果显示,三角帆蚌GPX氨基酸序列与脊椎动物GPX-2及GPX-1的序列相似度较高,为73.1%-80.8%,与其他型GPX相似度较小,相似度低于60%。构建的系统进化树显示三角帆蚌GPX与其他几种鱼类GPX聚为一类,与其他已发表的几种软体动物GPX相距较远,推测本实验克隆的三角帆蚌GPX基因和已发表的软体动物不属于同一种GPX类型。
- 李西雷汪桂玲李家乐袁一鸣
- 关键词：三角帆蚌RACE编码蛋白
- 三角帆蚌金属硫蛋白基因的克隆及序列分析被引量：5
- 2009年
- 采用RACE技术,获得了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)金属硫蛋白基因的全长cDNA序列。该序列全长467 bp,由长92 bp的5′UTR(untranslated region),159 bp的3′UTR,和216 bp的开放阅读框(openreadingframe,ORF)组成。共编码71个氨基酸,分子量大约为7.1 ku,理论等电点为7.24。该蛋白序列中半胱氨酸含量最丰富(29.6%),其次是甘氨酸(14.1%),存在软体动物金属硫蛋白的特征序列CKCXXXCXCX,且C-末端的氨基酸序列也符合软体动物金属硫蛋白标签序列C-X-C-X(3)-C-T-G-X(3)-C-X-C-X(3)-C-X-C-K。蛋白序列特征分析表明,该序列与其他贝类的金属硫蛋白基因具有很高的相似性,具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族的成员。
- 袁一鸣汪桂玲李家乐
- 关键词：三角帆蚌金属硫蛋白基因RACECDNA
- 三角帆蚌CAT基因cDNA全长克隆及表达分析被引量：4
- 2011年
- 采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)首次克隆了三角帆蚌过氧化氢酶(CAT)基因的cDNA全长序列,为2 804 bp,包含112 bp的5'非翻译区(untranslated region,UTR),1 303 bp的3'UTR和1 388 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)。ORF区共编码462个氨基酸,推算的分子量约为52.7 ku,理论等电点为6.35。多序列比对结果显示,有一段CAT氨基酸高度保守的催化位点序列FDRERIPERVVHAKGAG。三角帆蚌CAT基因有12个与还原型辅酶Ⅱ(NADPH)结合的氨基酸残基,分别是Asp107、His153、Phe157、Ser160、Arg162、Asn172、Try174、Lys196、Val261、Trp262、His264和Try317,其中第261位和第264位的氨基酸在不同物种间有所区别。比对结果得到的三角帆蚌CAT基因的氨基酸序列,与软体动物的CAT基因相似性高达99%,与虾类、鱼类、两栖类、哺乳类的CAT基因相似性也达到98%～99%,可推断属于CAT3。利用CAT基因推断得到的氨基酸序列构建NJ系统树,分析显示三角帆蚌首先与软体动物聚在一起,再与虾类聚在一起,然后依次与鱼类、两栖类和哺乳类聚在一起。荧光定量结果显示,CAT基因在三角帆蚌的7个组织均有表达,其中在肾中的表达量极低,在血液中表达呈上调趋势且明显区别于其他组织,在另外5个组织中总体上呈现不统一的先上调后下调的趋势。
- 袁一鸣李西雷白志毅汪桂玲李家乐
- 关键词：三角帆蚌RACE-PCR
- 三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全长克隆及表达分析被引量：9
- 2010年
- 采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为41.9ku,理论等电点为5.3。三角帆蚌β-actin氨基酸序列中Met178,Ser305,Ser321,Pro325,Val331,Pro346等6个氨基酸残基具有特异性,此外还发现3个特殊的氨基酸残基位点以及2个软体动物特有的氨基酸残基。三角帆蚌β-actin氨基酸序列与软体动物、节肢动物、脊椎动物的相似性高达98%～99%。NJ法系统进化分析显示三角帆蚌首先与软体动物聚在一起,然后与节肢动物聚在一起,再依次与鱼类、两栖类、哺乳类聚在一起。RT-PCR显示β-actin基因在外套膜、血液、肝、肾、胃、肠、鳃、斧足共8个组织的表达基本一致,具有良好的稳定性。
- 袁一鸣李家乐汪桂玲白志毅李西雷
- 关键词：三角帆蚌CDNA
