杜小莉 作品数:27 被引量:118 H指数:7 供职机构: 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所 更多>> 发文基金: 国家科技重大专项 国家自然科学基金 艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项 更多>> 相关领域: 医药卫生 轻工技术与工程 生物学 更多>>
巴尔通体MALDI-TOF MS数据库的建立与鉴定方法的评价 被引量:2 2021年 目的建立巴尔通体的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)数据库和质谱鉴定方法,利用野生菌株进行验证、评价。方法应用MALDI-TOF MS采集巴尔通体ATCC标准菌株和国内流行菌株的质谱数据,每株菌采集24张的质谱图集,获得特定的蛋白指纹图谱,汇总成不同种巴尔通体的标准质谱图,建立巴尔通体MALDI-TOF MS标准数据库。比较乙醇-甲酸提取法和直接涂抹法对质谱鉴定结果的影响,并进行重复性实验评估方法的稳定性。进一步应用173株野生巴尔通体菌株评估该标准数据库和相应的质谱鉴定方法。结果应用汉赛巴尔通体、五日热巴尔通体和杆菌样巴尔通体等21种/亚种巴尔通体,共计200株多地区来源的地理菌株,建立了巴尔通体MALDI-TOF MS蛋白指纹图谱标准数据库。2种样品制备方法均可以达到正确鉴定标准,提取法质谱得分略高于直接涂抹法。应用8种、16株巴尔通体菌株进行的重复性验证,得分为(9.078±0.031)~(9.776±0.006)分,变异系数(CV)为0.06%~1.12%。14种、173株巴尔通体测试菌株的质谱鉴定得分为9.014~9.796分,平均(9.462±0.195)分,在种水平上能被正确识别。结论基于该研究自主建立的巴尔通体质谱数据库,MALDI-TOF MS技术能够快速、准确鉴定巴尔通体种类,该课题组所建立的巴尔通体质谱标准数据库具有重要应用价值,对临床上巴尔通体病的实验室检验与诊断具有重要意义。 栗冬梅 徐爱玲 杜小莉 宋秀平 崔志刚 刘起勇关键词:巴尔通体 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 苛养菌 郑州市某三甲医院耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌的基因组分型分析 被引量:9 2021年 目的分析郑州市某三甲医院耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的基因组分型特征。方法于2019年12月4日至2020年1月10日,自郑州市某三甲教学医院各临床科室送检且开展微生物检测的标本中分离出67株CRKP菌株。通过将全基因组测序和序列分析,确定多位点序列分型(MLST)型别(ST)和碳青霉烯类抗生素耐药基因。基于全基因组SNP构建进化树将67株CRKP划分克隆群,并且分析各克隆群的分离病房和分离日期。结果67株CRKP分为4种ST型,其中64株为ST11型。ST11型菌株中有62株携带blaKPC-2基因。基于全基因组水平的SNP构建进化树,将64株ST11型菌株分为4个克隆群,其中2个克隆群为优势克隆群,分别包含33株和27株菌;另外2个克隆群分别只包含2株菌。优势克隆群在分离病区和分离日期上均没有聚集性。结论携带blaKPC-2基因的ST11型菌株已分化出多个克隆群,且可在同一家医院存在多个克隆群菌株的平行、独立流行。 徐慧 周海健 李晓改 杜小莉 胡锦瑞 陈东科 崔志刚关键词:碳青霉烯类抗生素 我国部分地区克罗诺杆菌分离株分种及其方法的比较研究 被引量:2 2016年 目的 比较研究克罗诺杆菌分离株的分种方法,探讨其中准确、快速有效分种方法。方法 采用生化实验和对基因16S rRNA,fusA序列聚类分析的方法。结果 105株菌的4项生化结果呈现6种情况,但无法将C.turicensis和C.universalis两个种分开;基于16S rRNA基因分析分种结果将105株菌分为5组,无法将C.sakazakii和C.malonaticus这两个种的菌株有效地分开;而基于fusA基因分析分种结果可将所有菌株分为C.sakazakii(58株)、C.malonaticus(30株)、C.dublinensis(11株)、C.turicensis(5株)、C.muytjensii(1株)。结论 目前采用fusA序列分种相对简捷有效,但缺乏直观,需再研究达到快速检测目的的其他方法。 杜小莉 李伟 阚飙 崔志刚 崔晶花副溶血弧菌分子分型数据库建立与分析 被引量:18 2016年 目的对我国8个省(直辖市)分离的副溶血弧菌使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)开展分子分型工作进行回顾性分析;建立副溶血弧菌PFGE分型数据库,分析其特征。方法对2005 2014年期间分离自8个省(直辖市)的617株副溶血弧菌使用SfiⅠ酶切后进行PFGE实验,使用Bio Numerics 5.01软件分析菌株的PFGE图谱并建立副溶血弧菌分子分型数据库。结果本研究所建立的副溶血弧菌分子分型数据库共包含617条副溶血弧菌的分子分型信息。这些副溶血弧菌的PFGE图谱可以分为360个PFGE型别,按照Pulse Net China的规则对这些PFGE型别进行编码。不同PFGE型别的相似系数介于35.8%~99.6%。237株外环境和食品分离菌株有221个PFGE型别,345株患者分离株有127个PFGE型别。相同血清型的副溶血弧菌具有相同或者非常相似的PFGE型别,而不同血清型之间的副溶血弧菌的PFGE型别差异则较大。大流行血清型(如O3∶K6和O4∶K8)具有多个优势PFGE型别,对于某些血清型,地理位置相近省份分离菌株的PFGE图谱相似性更高。结论分离自患者菌株的PFGE图谱克隆化程度高,而分离自食品和外环境的菌株,PFGE图谱多态性较大。PFGE在发现病例成簇中能够发挥作用;对于患者相关PFGE图谱成簇的菌株应加强流行病学调查和溯源工作。 赵宏群 刁保卫 杜小莉 卢昕 崔志刚 阚飙 逄波关键词:副溶血弧菌 脉冲场凝胶电泳 多样性 60株克罗诺杆菌的药敏分析 被引量:6 2012年 目的研究国内分离于11个省(直辖市)婴幼儿配方奶粉或米粉等食品标本中的60株克罗诺杆菌的药物敏感性和耐药性。方法采用Kirby-Bauer纸片扩散法测定菌株对7类14种抗生素的药敏情况。结果菌株对头孢吡肟、亚胺培南、美罗陪南平、环丙沙星、复方新诺明5种抗生素的敏感率较高,达到93.5%。但有4株菌对14种抗生素全部耐药,4株菌对头孢呋辛耐药,1株菌对阿莫西林/克拉维酸耐药。结论 60株克罗诺杆菌中,56株菌对目前医院内治疗肠杆菌科感染的多数抗生素药物敏感;4株菌具有强耐药性,其耐药机制需要今后进一步研究证实。 崔晶花 杨小蓉 杜小莉 王鸣柳 崔志刚 李伟关键词:抗生素 敏感性 耐药性 2017年安徽省马鞍山市环境来源气单胞菌的分子特征和耐药分析 被引量:7 2019年 目的了解2017年安徽省马鞍山市环境来源气单胞菌的流行特征、毒力基因特征及耐药状况。方法 2017年对来自马鞍山市监测的海水产品、包装食品、生活用水、游泳池水样、食物中毒样本等进行气单胞菌分离检测,采用管家基因rpoD序列分析进行种水平鉴定,PCR检测气单胞菌6种毒力基因(Fla、Elastase、hlyA、ast、act和ascF-G)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型分析分子型别,药敏试验检测药物敏感性。结果共检测样品869份,气单胞菌检出率为7.6%(66/869),检出率最高的是农村生活用水、食物中毒样品和海水产品。66株气单胞菌分为7个种,最多的种是维氏气单胞菌(36.4%,24/869)、嗜水气单胞菌(19.7%,13/869)和简氏气单胞菌(19.7%,13/869)。64株气单胞菌携带至少1种毒力基因,Fla和act总检出率最高(53.1%),Fla在豚鼠气单胞菌中检出率最高(83.3%),act在嗜水气单胞菌检出率最高(69.2%)。66株气单胞菌分为64个PFGE带型,表现为多样性。药敏实验显示,气单胞菌对头孢替坦等7种抗生素100%敏感,对头孢唑啉等5种抗生素部分敏感(耐药率1.5%~21.2%),而对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦的耐药率均高达90.0%。结论 2017年马鞍山地区气单胞菌污染较为严重,携带较高比例的多种毒力基因,并且对多种抗生素耐药性较高,应该加强对气单胞菌及其耐药性的监测。 汪永禄 黄振洲 王利 王蓉 代航 蔡红艳 杜小莉 王多春关键词:气单胞菌 分子特征 药物敏感性 不同基因型的鲍曼不动杆菌耐药性及体外黏附能力差异的研究 被引量:6 2015年 目的对不同基因型鲍曼不动杆菌的耐药特征及体外黏附能力进行分析,为进一步阐明鲍曼不动杆菌耐药性变迁与其黏附能力变化之间的相关性及指导鲍曼不动杆菌感染防控和治疗提供试验依据。方法采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对从内蒙古不同地区住院患者体内分离的具有不同耐药性的50株鲍曼不动杆菌进行分子分型;采用纤维黏连蛋白黏附试验对不同基因型分离株的体外黏附能力进行检测。结果 50株鲍曼不动杆菌共分为22个PFGE基因型,其中A和E型为优势型,分别占22%(11/50)和24%(12/50);L型对所有受试的抗菌药物均耐药,其余基因型耐药表型差异明显。从地区分布来看,A型主要分布在兴安盟和赤峰市2个地区,而E型则分布在呼和浩特地区。体外黏附能力最强的菌株属于G型和J型,其中J型对所有抗菌药物均敏感;黏附能力最弱的菌株为D型,仅对碳青霉烯类药物敏感。结论内蒙古地区鲍曼不动杆菌的基因型呈现多样性,具有明显的地域分布特征,特定基因型菌株具有相同或相近的耐药特征。鲍曼不动杆菌耐药性的增加与其体外黏附能力未见明显相关性。 塔拉 王俊瑞 崔晶花 杜小莉 杨丽敏 孙鹏 魏常梅 张军力关键词:鲍曼不动杆菌 耐药性 脉冲场凝胶电泳 分子分型 基于基因组序列的副溶血弧菌两种分型方法比较研究 2021年 目的比较基于全基因组测序(WGS)SNP的分型方案和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方案用于我国副溶血弧菌分子分型的能力,并分析两种方法的优缺点及适用情况。方法选取我国分离的56株副溶血弧菌,使用6个数目可变串联重复序列(VNTR)位点的MLVA方案和基于全基因组序列SNP的方案对这些菌株进行分子分型分析,通过量化指标评价这两种方法对我国分离的副溶血弧菌的分型能力。结果56株副溶血弧菌经MLVA分型,获得31种MLVA型,D值为0.949。对56株副溶血弧菌进行全基因组测序,获得33个差异明显的基因型,D值为0.967。两种分型方法对菌株的分辨能力十分接近,分型结果高度一致。结论6位点的MLVA分型方案与基于全基因组测序SNP的分型方案具有相似的分型能力,其分型能力稍弱。 张景山 赵文轩 陈美玲 杜小莉 赵林 王紫鉴 肖文静 张巍巍 赵宏群 李杰 刁保卫 阚飙 逄波关键词:副溶血弧菌 数目可变串联重复序列 单核苷酸多态性 全基因组测序 分型方法 中国蜡样芽胞杆菌脉冲场凝胶电泳标准化技术的建立与应用 被引量:8 2015年 目的本研究旨在选择不同的内切酶和电泳条件对蜡样芽胞杆菌(蜡样杆菌)脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行评价,建立中国蜡样杆菌标准PFGE方法。方法蜡样ATCC国际标准菌株及分离自我国不同地区和来源的蜡样杆菌,制备胶块用溶菌酶和蛋白酶K分别裂解后,选用不同的内切酶对胶块内DNA进行酶切,比较PFGE电泳结果的分离度,评价获得最佳操作方案,选取51株蜡样杆菌菌株进行PFGE实验,对此实验方法进行评价分析。结果确立的蜡样杆菌PFGE分型方法的标准操作程序,可以较好地对蜡样杆菌进行分子分型研究,初步描述了51株蜡样杆菌菌株PFGE型别特征。结论实验确定的蜡样杆菌PFGE方法,可以为蜡样杆菌引起的食源性疾病及医院感染的溯源控制提供技术手段。 张慧娟 潘琢 魏建春 张恩民 梁旭东 杜小莉 崔志刚 李伟关键词:蜡样芽胞杆菌 脉冲场凝胶电泳 食物中毒 云贵高原地区甲型副伤寒沙门菌优势克隆群的研究 2018年 目的分析2005-2012年我国云贵高原(广西壮族自治区、贵州省、云南省)临床甲型副伤寒沙门菌分离株分子分型和群体结构。方法收集2005-2012年我国三个伤寒副伤寒高发省份分离自临床的甲型副伤寒沙门菌分离株145株。采用两种酶切(XbaI和SpeI)进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型分析。分析描述我国云贵高原近8年来的甲型副伤寒沙门菌优势克隆群及克隆群变迁。结果 145株甲型副伤寒沙门菌采用XbaI酶切可以得到38个PFGE型;采用SpeI酶切可以得到42个PFGE型;利用两种酶切结果联合分析,可以得到71个型别,其中2个型别所含菌数均超过10株。结论有些型别仅分布于某个省份某一年份,有些型别却可以在某一省份长期存在并逐年传播,成为优势型别。不同省份间优势型别有所不同,呈现一定的地域差异。 李臻鹏 杜小莉 刁保卫 闫梅英 阚飙 徐嘉良 卢昕关键词:甲型副伤寒沙门菌 云贵高原 脉冲场凝胶电泳 分子分型