宋卓
- 作品数：5 被引量：7H指数：2
- 供职机构：南开大学生命科学学院生物活性材料教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于氨基酸序列预测蛋白质的功能性点突变
- ＜正＞突变是研究蛋白质结构功能与其氨基酸序列间复杂关系的有力工具。传统的突变实验,通常采用大规模的随机突变方式来获得所需的蛋白功能突变体。在缺乏先验知识时, 比如对于一个结构未知且与已知蛋白序列比对相似度低于25％的目标...
- 宋卓阮吉寿张涛
- 文献传递
- 双任务事件中脑电信号的熵计算(英文)被引量：2
- 2005年
- 采用复杂性分析中的样品熵算法,计算并分析了受试者在单任务事件以及双任务事件活动过程中的神经电生理数据。在利用样品熵算法对短时程(秒)脑电数据的复杂度和规则度进行计算之前,首先应用了代替数据分析法,以排除所分析的实验数据是由线性加随机部分构成。所有的实验数据分别在单任务和双任务等不同的生理条件下采集。其中单任务为一个听觉辨别任务;双任务有两种形式,分别为听觉任务和不同的震动任务的结合。计算结果显示,任何一种双任务过程中脑电信号的熵值都明显的低于单任务状态时脑电信号的熵值(P<0.05～0.001)。研究表明对应于受试者仅仅进行单任务工作而言,当受试者处于双任务工作状态时大脑的神经信息传递可能会受到某种程度的削弱,神经信息流通的范围也可能更为孤立。结果进一步说明对于短时程(秒)脑电信号分析,样品熵算法是有效的非线性分析方法。
- 汤晓军宋卓杨卓张涛
- 关键词：事件相关电位
- 基于SQL Server的蛋白质二级结构预测样本集数据库的构建被引量：2
- 2006年
- 基于SQL Server数据库管理系统，将蛋白质二级结构预测的样本集CB513、CB396和RS126组织起来，建立了数据库DataSet，并配置了一个IIS服务器以方便网络查询。该数据库将蛋白质二级结构预测样本集有效地组织起来，实现了规范化、结构化统一管理，便于存储、检索和分析数据，减少错误的发生。通过该数据库可以提取供蛋白质二级结构预测研究的样本、序列转换、变换编码以及分析评价预测结果等，取代许多传统编程处理文本文件的繁琐工作，大大提高效率，促进工作的开展。
- 张宁吴捷宋卓张涛
- 关键词：蛋白质二级结构预测样本集SQLSERVER生物信息学
- 基于氨基酸序列预测蛋白质功能性点突变位点被引量：3
- 2007年
- 突变是研究蛋白质结构和功能的重要方法。点突变实验中,突变位点的选择随机性大,若能对突变后蛋白质功能是否发生变化做出预测,将大大减少实验的盲目性。为此,作者设计了一个基于信号处理的单点替换突变预测模型,对序列上每个位点所有可能的氨基酸替换的效果进行估计。使用蛋白质突变数据库(Protein Mutant Database,PMD)里的11个蛋白共2600多个点突变的数据集,对以上模型进行了验证。结果表明正确率高达81.2%,并且推荐出的替换选择位点仅占所有可能替换突变的3.1%。在体外定点突变实验中,使用本模型推荐的高可能性功能突变位点将有助于提高实验的成功率。该模型使用蛋白质的氨基酸序列信息,特别是对未知结构的蛋白质同样适用。然而,由于缺乏足够的突变实验数据,本模型的应用仍需进一步完善和验证。
- 宋卓张宁阮吉寿杨卓张涛
- 关键词：点突变蛋白质功能预测信号处理
- 基于蛋白质氨基酸序列的点突变信息学模型和机器学习分类器
- 围绕蛋白质的结构和功能，以蛋白质的氨基酸残基序列为出发点，用生物信息学的手段和方法，结合数学模型和统计学，对蛋白质序列、结构、功能三者之间的关系加以研究探讨。
Hurst指数是用来判断一个序列数据集是随机漫步还...
- 宋卓
- 关键词：氨基酸序列HURST指数蛋白质序列生物信息学
- 文献传递
