阮吉寿
- 作品数：19 被引量：141H指数：5
- 供职机构：南开大学数学科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生一般工业技术更多>>
- 生物序列的语义分析与第二密码规则的探索(续)被引量：3
- 2004年
- 本文继续讨论蛋白质一级结构序列的语义结构,利用组合分析与图论方法讨论 Swiss - Prot 数据 库的组合结构,给出 Swiss - Prot 数据库中蛋白质一级结构序列的关键词与核心词的定义、搜索 算法与特性参数。并由此给出蛋白质一级结构序列的核心词词典,并由此讨论数据库的复杂性问题、同源蛋白质的分类、预测与比对等问题。
- 沈世镒余涛开波阮吉寿
- 5’非翻译区条形码揭示2019新型冠状病毒毒力
- 2020年
- 2019年12月,中国武汉报道了2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎。在前期研究中,我们在国际上首次报道了有关2019-nCoV的两个重要发现:①Beta冠状病毒B亚群存在大量的可变翻译;②2019-nCoV的S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。本研究在国际上首次报道了2019-nCoV的5’非翻译区分析的结果:Beta冠状病毒可以根据其5’非翻译区条形码分为不同毒力的四个类;这四类对应Beta冠状病毒的四个亚群;已知的2019-nCoV与SARS冠状病毒的5’非翻译区条形码完全一样。作为本研究的最大贡献,我们在国际上首次提出5’非翻译区条形码可应用于病毒的检测、鉴定、分类以及进化研究。这种方法对于冠状病毒的预警和防控至关重要。本研究的最重要发现是内部核糖体进入位点很可能是影响冠状病毒毒力的重要因素。这个发现从分子水平揭示了2019-nCoV的毒力,并且为药物、抗体和疫苗的开发等应用提供直接指导。同时,我们提出一个基础理论方面的假说,起始密码子上游临近的茎环结构在真核生物的蛋白质翻译中起到重要作用。
- 段广有施劲松宣益波陈嘉源刘畅刘畅阮吉寿高山
- 关键词：冠状病毒毒力内部核糖体进入位点
- MODS修订评分对老年多器官功能障碍综合征患者的预后评估被引量：8
- 2020年
- 目的比较多器官功能障碍综合征(MODS)评分修订系统与现用评分系统对老年多器官功能不全综合征(MODSE)患者的预后评估价值。方法回顾性分析解放军总医院2009年1月至2012年6月收治的387例符合MODSE标准患者入重症监护室后第一个24 h的急性生理及慢性健康状态评分(APACHEⅡ、APACHEⅢ)、简化急性生理评分(SAPSⅡ)、MODS评分、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数修订系统,评估并检验各自预后评估效能。结果与女性组相比,男性组平均住ICU时间和死亡平均年龄显著降低,28天病死率和总体病死率高于女性组;随着年龄增大,器官衰竭数目、28天病死率和总体病死率逐渐增加,平均住ICU时间逐渐缩短;与生存组相比,死亡组年龄及各种评分均高,差异具有统计学意义;APACHEⅡ、APACHEⅢ、SAPSⅡ、MODS、MODS联合年龄评分、MODS联合年龄评分加倍修订、MODS联合年龄评分指数化修订系统受试者工作曲线下面积:0.810、0.791、0.712、0.801、0.834、0.787、0.793。其中MODS联合年龄评分敏感性最高,APACHEⅡ特异性最好,MODS联合年龄评分系统Youden指数和曲线下面积最大。结论MODS评分修订系统与现用评分系统均可较好的早期评估老年多器官功能不全综合征患者的预后;其中MODS联合年龄评分系统具有更优秀的预后评估效能。
- 肖坤郭超阮吉寿闫鹏解立新
- 关键词：多器官功能障碍综合征评分系统预后
- 基于氨基酸序列预测蛋白质功能性点突变位点被引量：3
- 2007年
- 突变是研究蛋白质结构和功能的重要方法。点突变实验中,突变位点的选择随机性大,若能对突变后蛋白质功能是否发生变化做出预测,将大大减少实验的盲目性。为此,作者设计了一个基于信号处理的单点替换突变预测模型,对序列上每个位点所有可能的氨基酸替换的效果进行估计。使用蛋白质突变数据库(Protein Mutant Database,PMD)里的11个蛋白共2600多个点突变的数据集,对以上模型进行了验证。结果表明正确率高达81.2%,并且推荐出的替换选择位点仅占所有可能替换突变的3.1%。在体外定点突变实验中,使用本模型推荐的高可能性功能突变位点将有助于提高实验的成功率。该模型使用蛋白质的氨基酸序列信息,特别是对未知结构的蛋白质同样适用。然而,由于缺乏足够的突变实验数据,本模型的应用仍需进一步完善和验证。
- 宋卓张宁阮吉寿杨卓张涛
- 关键词：点突变蛋白质功能预测信号处理
- 基于PacBio平台的全长转录组测序被引量：20
- 2016年
- 当前,绝大多数的转录组数据都是基于以Illumina平台为代表的第二代高通量测序技术获得的,但是第二代测序技术无法提供大量的长转录本并且丢失可变剪接等重要信息,因而大大制约了转录组数据的深度利用.通过以PacBio为代表的第三代测序技术,可以获得更长乃至全长转录组,但由于Pac Bio转录组测序近几年才刚兴起,只有少量的物种基于PacBio平台获得了转录组.PacBio全长转录组测序,在国际上才刚开展但发展很快,其实验与数据分析标准和质量控制方面的研究对于未来的大规模应用至关重要.本研究在国际上首次尝试依据PacBio平台最新试剂(P6/C4)优化实验参数,设计质量控制指标并使全长转录组测序标准化.本文基于一组昆虫(麻皮椿)全长转录组数据,对已取得的部分结果进行报告.
- 任毅鹏张佳庆孙瑜吴振峰阮吉寿贺秉军刘国卿高山卜文俊
- 关键词：PACBIO
- 弱Takens嵌入定理被引量：2
- 2002年
- 大量的经济问题和自然现象的问题都可以看成是某个 m-维紧流形M中的状态向量信号 X(t) .一般人们只关心在某种特定的等距点上关于 X(t)的采样值 X (0 ) ,X (Δ ) ,… ,X(NΔ ) ,… (为了数学推理方便 ,不妨设Δ=1 )且认为它遵从 M上的某个动力系统Φ :M→M,X(n+1 ) =Φ (X(n) )进行演化 .如果人们能够知道动力系统 Φ的一些性质和某个成份因素的性质 ,比如 ,能够验证它们满足 Takens嵌入定理 ,那么由该定理就可以通过构造一个等价的动力系统来实现对未来时刻的状态值 X(N +1 )的预测 .然而 ,在实际中 ,人们只能获得其有限等距观测值 X(0 ) ,X(1 ) ,… ,X(N)和它相应的某个成份因素 y(t)的观测值 y(0 ) ,y(1 ) ,… ,y(N ) ,其它一无所知 .如何利用这些数据自身预测下一个等距时刻的状态值 X((N+1 ) )就成为难题 .文中给出一个弱 Takens嵌入定理 。
- 阮吉寿沈世镒
- MDL1及其定量检测方法
- 本发明公开了人线粒体基因MDL1和MDL1AS转录的RNA的cDNA序列及其定量检测方法，属于生物技术领域。基因MDL1转录的RNA的cDNA序列为：1)SEQ ID NO.1所示核苷酸序列；或2)SEQ ID NO.1...
- 高山姚雪卜文俊阮吉寿程智
- MODS修订评分对老年多器官功能不全综合征患者的预后评估的研究
- 肖坤解立新郭超苏龙翔冯琳蒋朝旭陈科阮吉寿贾艳红余丹阳
- 基于氨基酸序列预测蛋白质的功能性点突变
- 突变是研究蛋白质结构功能与其氨基酸序列间复杂关系的有力工具。传统的突变实验,通常采用大规模的随机突变方式来获得所需的蛋白功能突变体。在缺乏先验知识时, 比如对于一个结构未知且与已知蛋白序列比对相似度低于25％的目标蛋白来...
- 宋卓阮吉寿张涛
- 关键词：氨基酸序列点突变功能性
- 带TRS基序突变的新型冠状病毒威胁更大
- 2022年
- 目的研究冠状病毒转录调控序列(TRS)基序突变,为深入研究冠状病毒的爆发、传播规律以及开发减毒活疫苗等提供理论基础。方法采用进化与分子功能联合分析法,对公开的全部套目病毒基因组数据进行分析。结果冠状病毒基因组内的前导转录调控序列(TRS-L)通常由其5’端非编码区内的前60~70个核苷酸残基组成,长度不同的基因体转录调控序列(TRS-B)位于除ORF1a和1b外的其它基因紧邻的上游,每个冠状病毒基因组的TRS-L和TRS-B共有一段特定的一致性序列,即TRS基序,TRS基序中出现的碱基变化叫做TRS基序突变。TRS基序突变如果发生在TRS-L或多个TRS-B中,会形成超级减毒株。超级减毒株的扩散,可引起无症或轻症感染者增多,潜伏时间长,以及漏检率上升等问题,对SARS-CoV-2的防控提出新的挑战。超级减毒株还会增大与人类长期共存的概率,将长期威胁人类健康。Delta突变株与此前出现的突变株有显著不同,如果不高度重视,可能引起大规模传播。带TRS基序突变的Delta突变株已经在新加坡出现并有扩散趋势,因此新加坡,甚至东南亚可能形成下一波疫情的传播中心。结论各种SARS-CoV-2突变株都将产生TRS基序突变,只有带TRS基序突变的超级减毒株,才能最终失去跨物种传播和大爆发的能力。
- 贝锦龙徐国峰常嘉王欣钰丘栋安阮吉寿李鑫高山
- 关键词：大流行
