徐阳
- 作品数：7 被引量：71H指数：6
- 供职机构：南京林业大学森林资源与环境学院林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家林业公益性行业科研专项江苏高校优势学科建设工程资助项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 杉木SRAP-PCR体系优化被引量：6
- 2014年
- 为建立杉木SRAP-PCR反应体系,利用L16(45)正交设计对影响杉木SRAP-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5种因素的4个水平进行优化实验,结合正交直观分析和方差分析,对影响反应较大的Mg2+、dNTPs和引物浓度进行单因素实验,最终确定杉木SRAP-PCR最佳的反应体系为:在20μL的PCR反应体系中,Mg2+浓度为2.25 mmol/L、dNTPs为0.15 mmol/L、引物浓度为0.4μmol/L、Taq酶为1.5μmol/min、模板DNA为60 ng,10×PCR Buffer 2μL,不足部分用双蒸水补充至20μL。PCR反应程序的两步最适退火温度第1步为35℃,第2步为53℃。利用上述反应体系进行杉木PCR扩增,能得到清晰、稳定的条带。
- 王新民郑仁华陈金慧赵亚琦徐阳王颖施季森
- 关键词：杉木SRAP-PCR
- 杉木育种群体SSR分子标记遗传多样性分析被引量：28
- 2014年
- 杉木的育种群体中,维持合理的遗传多样性和清晰的遗传背景,是长周期、多世代遗传改良采用的核心策略之一。基于基因组分子标记,利用自主开发的52对杉木SSR引物,对国家级杉木种质资源库保存的遗传材料——杉木第1代遗传改良收集的93份种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:52对SSR引物在93份材料中共检测到254个等位变异,等位变异范围为2~8个,平均等位基因数为4.88个,平均有效等位基因数为2.32个,平均观察杂合度为0.43,平均Nei's多样性指数为0.50,平均Shannon信息指数为0.98,这5个评价遗传多样性水平的指标具有较大程度的一致性。不同引物的等位基因数、有效等位基因数、观察杂合度、多样性指数和Shannon信息指数等均表明杉木育种群体中存在较大的遗传差异,其变异系数分别为24.88%、44.75%、34.20%、34.89%和33.59%。93份种质资源间遗传相似系数的平均值为0.693 3,变化范围为0.490 0~0.9193;遗传距离的平均值0.370 3,变化范围为0.086 3~0.713 4。当距离阀值为20时,可将杉木第1代育种群体中的93份种质资源划分为5大类;当距离阀值为15时,第5大类的77份种质资源可细分为16个亚类。SSR分子标记聚类的结果可为种质资源的管理及提高育种效率提供重要依据。
- 欧阳磊陈金慧郑仁华徐阳林宇峰黄金华叶代全方扬辉施季森
- 关键词：杉木育种群体SSR标记
- 鹅掌楸属SRAP分子标记体系优化及遗传多样性分析被引量：10
- 2014年
- 采用L16(45)正交设计,对鹅掌楸属SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度)在4个水平上进行优化试验,同时对SRAP反应影响较大的Mg2+、Taq酶、模板DNA浓度进行单因素分析。建立鹅掌楸属植物SRAP-PCR最适反应体系(20μL),反应条件为:Mg2+3.0 mmol·L-1,dNTPs0.3 mmol·L-1,引物浓度0.9μmol·L-1,Taq酶2.0μmol·min-1,模板DNA 90 ng,10×PCR buffer 2μL,不足部分以ddH2O补足。利用优化的SRAP体系对鹅掌楸属10个不同地理种源进行遗传多样性分析。筛选出15对条带清晰、多态性高的引物共扩增出182个位点,其中149个为多态性位点,多态性比例为81.87%。应用POPGEN 32软件通过UPGMA法进行聚类分析,从聚类图可以看出10个地理种源间的遗传距离及亲缘关系,表明SRAP分子标记可以运用于鹅掌楸属的遗传多样性研究。
- 赵亚琦成铁龙施季森王新民徐阳刘伟东陈金慧
- 关键词：鹅掌楸属SRAP
- 鹅掌楸Genomic-SSR反应体系优化被引量：5
- 2013年
- 鹅掌楸属（Liriodendron L）,是木兰科（Magnoliaceae）植物,属古老属种之一。由于第三纪晚期气候剧变和更新世冰川作用,到目前为止仅剩中国马褂木（L.chinense（Hemsl.）Sarg.）和北美鹅掌楸（L.tulipifera L.）两个残遗种[1]。鹅掌楸属植物在植物系统学中有特殊地位,以及具有原始的花结构等,这使得它们成为研究植物进化、开花植物历史进程、群体结构以及交配系统等的理想材料[2-4]。此外,鹅掌楸植物具有重要的经济价值和生态价值[5]。除为生产提供优质木材外,还具较强抗性[6-7],内含丰富的医用化合物[8-9]以及生物质燃料的生[10-12]
- 贾波徐海滨徐阳龙晓飞陈金慧施季森
- 关键词：GENOMIC-SSR鹅掌楸正交试验
- 杉木SSR-PCR体系优化被引量：6
- 2014年
- SSR—PCR反应体系优化是杉木SSR标记研究的基础。利用正交L16（4^5）设计实验对杉木SSR-PCR反应体系的Mg2＋、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5个因素的4个水平进行优化试验。并在正交直观分析和方差分析的基础上，分别对Mg2＋、dNTPs进行单因素确定。获得的最佳反应体系为：在20灿反应体系中，Mg2＋浓度为1．0mmol／L，引物浓度为0．25μmol／L，dNTPs浓度为0．15mmol／L，Taq酶为0．05U／μL，DNA为30ng，10×PCRBuffer2μL，不足部分用双蒸水补齐至20μL。在最佳反应体系的基础上，采用单因素实验确定了引物的最佳退火范围为63～53℃。利用此反应体系对10个F1代杉木材料及其亲本，进行4对SSR标记进行PCR扩增并电泳检测，其结果清晰、稳定。说明此体系适合进一步的杉木SSR研究工作。
- 徐阳陈金慧王颖赵亚琦王新民郑仁华施季森
- 关键词：杉木分子标记正交试验
- 杉木地理种源的EST-SSR分子标记变异研究被引量：8
- 2014年
- 研究采用EST-SSR分子标记对全国不同杉木种源区的42个代表性种源进行了地理种源分子标记的遗传多样性研究。实验结果表明,杉木种源水平上存在较高的遗传多态性。实验使用15个EST-SSR引物扩增出17个位点,共有52个多态性等位基因,每个位点平均具3.058 8个等位基因,平均每个座位的PIC为0.296。相对其他研究,该研究利用SSR标记在每位点检测到更多的遗传变异信息。以遗传距离10作为阀值时,42个杉木种源聚类分析可知,除了福建永春碧卿(编号2)和广西浦北(编号16)种源自成一类外,其他40个种源按从南到北、从东到西的地理分布被聚为四大类群,与以往的杉木种子区划研究结果有较高的吻合度。同时,研究也检测到SSR分子标记的等位基因频率在四大类群间存在着较大的变异,而且这些标记大多位于与植物抗逆性相关的功能基因的编码区域内。因此,笔者推测杉木的地理变异可能与这些基因的等位变异有关。
- 徐阳陈金慧赵亚琦王颖王新民刘伟东施季森郑仁华欧阳磊张志才黄金华叶代全方扬辉
- 关键词：杉木种源SSR进化
- 杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发被引量：15
- 2014年
- 利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体,利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点,平均每个引物产生3.125个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1;Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。
- 徐阳陈金慧李亚洪舟王颖赵亚琦王新民施季森
- 关键词：杉木基因组SSREST-SSR
