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二维苯环型化合物定量不对称性研究: 目前已经合成和发现的手性化合物数量日益增加,故仅仅判断化合物手性与否是不够的,而以数值来定量的表征手性程度是十分必要的[1],为了计算手性程度,通常以非手性化合物或对映体作为参照物[2].为了不同的需求,采用不同的参照物...; 龙海林张庆友; 文献传递

基于分子结构的光化学反应分类预测: 化学反应自动分类研究对于计算机辅助合成设计、反应数据库的评估和检索均非常重要。目前采用的化学反应分类方法要求预先识别参与化学反应的原子或化学键,因而应用的范围受到限制。本文在仅需要反应物和产物结构的情况下建立了化学反应分...; 冯秀林龙海林索净洁张丹丹李静亚张庆友; 关键词：RANDOM FORESTS

基于MOLMAP指数的光化学反应分类预测被引量：1: 2012年; 由反应物和产物的结构衍生了反应物、产物和化学反应的MOLMAP指数,其中化合物的结构由化学键的物理化学性质和拓扑性质所表征.将前述MOLMAP指数应用于一个含七类光化学反应的数据集,通过随机森林建立了三种类型的模型:(1)预测反应物可能发生的反应类型;(2)预测可能合成产物的反应类型;(3)预测整个化学反应的类型.由于无需指定数据集中参与反应的化学键,所以,MOLMAP指数能够得到广泛的应用.所得分类预测结果好于我们此前对同一数据集的研究,表明改进化学键的描述有助于提高MOLMAP指数的预测能力.; 张庆友冯秀林龙海林索净洁张丹丹许力壮许禄

MOLMAP指数生成及其在化学反应分类和反应性预测中的应用: 2012年; 分子MOLMAP指数是通过递交一个分子中所有化学键描述符到Kohonen自组织映射,基于一个特定的算法所生成,其中Kohonen自组织映射已经预先由多种类型化学键所衍生的描述符进行了训练。化学键描述符由化学键的物理化学性质或(和)拓扑性质组成。MOLMAP指数是一个基于化学键类型的分子指数。若2个描述符相似的化学键激活同一个Kohonen自组织映射神经元,则2个化学键为同一类型。进一步,采用反应物与生成物的MOLMAP指数差异性描述化学反应,衍生了化学反应的MOLMAP指数。此指数能够在没有参与化学反应的化学键信息的情况下进行化学反应的相关研究,因而能够广泛地应用。本文从3个方面概述了MOLMAP指数的应用:1)在化学反应分类中的应用,例如:预测生物代谢反应分类;2)在化学反应性预测中的应用,化学反应性是指与化学反应有关的性质,例如:预测物质的变异性和抗氧化性;3)在三维数据处理中的应用,是基于MOLMAP指数算法进行的扩展,例如:预测氯酚类化合物的毒性。; 龙海林冯秀林索净洁张丹丹李静亚张庆友许禄

不对称反应的对映体过量值预测被引量：2: 2012年; 建立了手性催化剂结构与反应产物对映体过量值的定量结构-活性相关性模型,以辅助苯乙酮不对称氢转移反应的催化剂筛选.手性催化剂由手性氨醇配体与金属络合物合成,故采用构象独立手性指数或构象依赖手性指数描述手性氨醇配体,采用指示变量区分金属络合物,然后合并2个指数来描述手性催化剂.通过遗传算法进行变量选择,采用随机森林法建立数学模型以预测对映体过量值,测试集的相关系数R2=0.769,整个数据集的OOB(Out-of-bag)交叉验证结果为R2=0.785.; 张庆友张丹丹索净洁李静亚龙海林许禄; 关键词：对映体过量值手性催化剂

MOLMAP指数及其在变异性预测中的应用被引量：1: 2012年; 分子映射(MOLMAP)指数是以分子的化学键描述符为基础,通过Kohonen自组织映射依据一定的算法而衍生.化学键描述符是由化学键的物理化学性质,如两端原子的电荷差和拓扑性质,键连杂原子数量等所组成.本文将分子映射指数应用于4075个有机物质(Ames实验结果:2305个结构有诱变性,1770个结构无诱变性)的变异性预测.通过随机森林,分别采用三种类型的指数建立模型:(1)采用不同维数的分子映射指数;(2)采用全局分子描述符;(3)将分子映射指数与全局分子描述符相结合.整个数据集的集外(out-of-bag)交叉验证的正确预测率达到85.4%.为了检验模型的稳定性,采用所建模型预测源于另一数据库的472个化合物,正确预测率为86.7%,与此前的研究相比,两个预测结果均有所提高.; 张庆友龙海林冯秀林索净洁张丹丹李静亚许力壮许禄; 关键词：诱变性

高选择性拓扑指数EAID及其唯一性: EAID是基于扩展连接矩阵而衍生成的拓扑指数,该指数包含各原子之间的连接关系和原子的性质。EAID指数具有高选择性,每个化合物均可以衍生成一个数学不变量,而不出现简并,这将为数据库的检索提供很大的方便。本文改进了EAID...; 索净洁龙海林李静亚张丹丹冯秀林张庆友; 关键词：拓扑指数

苯环型化合物定量二维手性程度的研究: 2011年; 基于权原子和,提出了镶嵌在二维空间的苯环型化合物的手性程度,其中权原子和为与原子间的距离有关的原子不对称环境描述.在描述化合物的手性时,并没有采用简单的标记-手性或非手性,而是采用定量的方式来表征化合物的手性程度.定量手性程度能够区分对映体,并且一对对映体的手性程度为相反数.手性程度不仅仅可以采用单值,还可以采用多维向量来表示.此外,还将手性程度推广到三维正烷烃的旋转构象异构体描述,即首先将正烷烃的旋转异构体转化为苯环型化合物,然后采用手性程度描述其三维构象.; 张庆友龙海林周艳梅郝军峰许禄冷吉燕; 关键词：二进制编码

二维分子的原子不对称性研究: 2010年; 基于分子形状的二进制编码提出了权原子和法来描述原子的不对称环境,其中权原子和是以相反的方向环绕分子所得原子不对称环境的量度,分子中一个原子的权原子和与其镜像分子中相应原子的权原子和的大小相等,符号相反.权原子和不仅适用于手性分子,还能描述非手性分子中原子的不对称性.与Randic′提出的原子和进行比较表明,权原子和比原子和具有更好地区分能力,因此,权原子和能够更好地表征原子的不对称性.; 张庆友周艳梅龙海林郝军峰刘绣华许禄

MOLMAP指数的衍生及其在变异性预测中的应用: MOLMAP(MOLecular Mapping of Atom-level Properites)指数以化学键描述符为基础,通过表征化学键两端原子的电荷差和键连杂原子数量等物理化学性质和拓扑性质,并结合Kohonen自...; 龙海林李静亚张丹丹冯秀林索净洁张庆友; 关键词：RANDOM FORESTS 诱变性

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