目的筛选并分析孕中期羊水游离RNA(AfcfRNA)中的泌尿系统发育关键基因。方法从GEO数据库获取胎儿AfcfRNA的芯片检测数据。对56例AfcfRNA的芯片检测结果进行基因共表达网络(WGCNA)分析,建立共表达网络模块。从Human Protein Atlas数据库中筛选在泌尿组织中表达量高于平均表达量10倍的基因为泌尿组织特异基因。以泌尿组织特异基因和共表达模块为基础,建立泌尿系统特异基因共表达模块。对泌尿组织特异共表达模块中的基因进行GO分析,阐述其生物学功能。利用STRING数据库进行基因编码蛋白的蛋白-蛋白相互作用网络分析,设定combine_score为150、degree为20,并删除表达量偏低(
目的筛选孕中期羊水游离RNA转录组中心脏发育相关的共表达关键基因。方法以正常孕妇羊水游离RNA的芯片检测结果为基础,利用加权基因共表达网络分析,建立共表达网络模块。在心脏中表达量高于机体平均表达量10倍的基因作为心脏特异性基因,通过对各共表达模块中的基因进行筛选,建立心脏特异的共表达模块。对心脏特异性共表达模块中的基因进行GO分析,探究各个共表达模块的功能。利用基因间相互作用和基因在羊水游离RNA中的表达量筛选心脏特性共表达模块中的关键基因。结果研究中利用加权基因共表达网络分析共建立16个共表达模块,在Human Protein Atlas数据库中筛选到159个心脏特异性基因。在blue、brown、green及turquoise心脏特异性模块中富集到心肌细胞分化、心脏形态发育、心肌组织发育、心脏传导、心脏收缩、心脏收缩调节、心率调节及心肌纤维组装等过程相关的基因属性分类。通过分析基因间相互作用及基因在孕中期的平均表达量发现,blue模块(TNNC1、FABP3、TNNI3、MYOM3及BMP10)、brown模块(MYL4、NPPA、NPPB、GJA3、HRC、DHRS7C及HSPB3)、green模块(MYH7、MYH7B及NKX2-5)及turquoise模块(POPDC2、NEBL、CDH2、TCAP、MYL7、TPM1、XIRP1、HCN4、CASQ2及KCNA5)共25个关键基因。结论本研究获得了心脏发育密切相关且具有共表达关系的关键基因,可作为潜在的产前诊断中监测心脏发育的标志物。
目的分析1例Blake’s陷窝囊肿合并小脑蚓部发育不良的遗传学病因。方法收集胎儿B超、MRI、尸检、染色体核型分析、CNV-seq检查以及全外显子组测序结果,并利用Sanger测序对致病变异位点进行确认。检索The Human Protein Atlas数据库、Monarch数据库以及Simple ClinVar数据库,分析候选致病基因与疾病的关系。构建致病基因野生型以及变异型蛋白3D结构,利用Gromacs软件对野生型和变异型致病基因蛋白进行分子动力学模拟。结果胎儿在23周、25周以及28周依次出现Blake’s囊肿、小脑发育不良、双侧侧脑室室管膜下囊肿。羊水染色体核型分析以及CNV-seq结果未见异常。全外显子组测序显示胎儿VLDLR复合杂合变异:c.262C>T(p.R88*)和c.670G>A(p.E224K)。这两个未见报道的可能致病性变异分别遗传自父、母亲,且均位于VLDLR的LDL受体A家族结构域。c.670G>A(p.E224K)可以影响VLDLR的RMSD、Gyrate、蛋白内氢键数量以及第225氨基酸位置的二级结构。结论VLDLR基因c.262C>T(p.R88*)和c.670G>A(p.E224K)复合杂合变异是导致Blake’s陷窝囊肿合并小脑蚓部发育不良的病因。
