宋菲
- 作品数：8 被引量：13H指数：3
- 供职机构：中国农业科学院蚕业研究所农业部蚕桑遗传改良重点开放实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技支撑计划更多>>
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- 家蚕后部丝腺miRNAs的鉴定及其对丝素等基因表达调控的研究
- microRNA是一类长度约22个碱基的内源性非编码小分子RNA,可以调控基因转录后的表达,它通过序列互补配对的方式对靶标mRNA的表达进行调控,具有广泛的基因调节功能,与一系列重要的生命过程密切相关。到目前为止,已经在...
- 宋菲
- 关键词：家蚕丝素基因
- 文献传递
- 利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA被引量：4
- 2011年
- microRNAs(miRNAs)是长度为18～25 nt的非蛋白质编码小RNA分子,可以通过抑制有关基因mRNA的翻译从而调控机体的生长发育、疾病发生等过程。在很多病毒中发现有miRNA的存在,这些miRNA可能在病毒基因的表达以及与宿主的相互作用中发挥作用。利用vMir软件预测家蚕核型多角体病毒(BmNPV)基因组可能编码的miRNA前体序列,对BmNPV基因组扫描分析后,得到7条能形成发夹结构的可能是miRNA的候选前体序列。以BmNPV添食感染5龄起蚕,72 h后取幼虫血淋巴提取总RNA,对这7条序列进行反转录PCR验证,其中扩增出的5条序列在BmNPV基因组中有相同的序列,推测这5条序列为BmNPV基因组编码的miRNA前体序列。进一步分析5条miRNA前体序列的发夹结构,并用反转录PCR的方法验证其成熟体序列,结果在5条miRNA前体序列共扩增出6条在BmNPV基因组中有相同序列的成熟体序列,它们分别位于不同的ORF之间,是BmNPV基因组编码的miRNA。利用在线靶基因预测程序RNAhybrid和RNA22预测到6条miRNA在BmNPV中的13个可能的靶基因,其中有6个靶基因是病毒的结构蛋白基因,2个为晚期表达因子基因,5个为未知功能基因。推测这些BmNPV基因组编码的miRNA可能与病毒感染宿主有关。
- 陈蔚黄勇赵巧玲宋菲裘智勇夏定国沈兴家
- 关键词：家蚕核型多角体病毒小RNA生物信息学反转录PCR靶基因
- Bmo-miR-2755*对丝素蛋白基因BmFib-L和BmP25表达的调控作用被引量：3
- 2015年
- 为了研究家蚕miRNA对丝素蛋白基因表达的调控作用,采用生物信息学方法筛选获得对家蚕丝素轻链基因（BmFib-L）和P25蛋白基因（BmP25）有潜在调控作用的Bmo-miR-2755＊。利用半定量RT-PCR技术分析Bmo-miR-2755＊及其靶基因BmFib-L、BmP25在家蚕4~5龄期幼虫后部丝腺和5龄3 d幼虫不同组织器官中的表达水平,结果显示三者在后部丝腺组织中的表达水平都较高,呈现严格的时空特异性。以pcDNA3质粒为载体,构建Bmo-miR-2755＊的重组表达载体pcDNA3[ie1-egfpprimiR-2755＊-SV40];以pGL3.0-Basic质粒为载体,分别构建BmFib-L 3＇UTR、BmP25 3＇UTR与荧光素酶报告基因luc融合的重组报告质粒pGL3.0[A3-luc-Fib-L-3＇UTR-SV40]和pGL3.0[A3-luc-P25-3＇UTR-SV40]。以海肾荧光素酶表达载体pRL-CMV为内参,分别将构建的Bmo-miR-2755＊重组表达载体和2个重组报告质粒共转染BmN细胞,通过检测细胞中的荧光素酶活性,明确Bmo-miR-2755＊可显著下调BmFib-L基因的表达,并能上调BmP25基因的表达,但上调作用未达显著水平。上述结果为研究家蚕miRNA的功能和阐明蚕丝蛋白基因表达调控分子机制提供了新的实验数据。
- 范洋洋陈晨王欣宋菲唐顺明易咏竹沈兴家
- 关键词：家蚕
- Bmo-miR-2771对家蚕丝胶蛋白基因BmSer-1表达的调控作用被引量：1
- 2016年
- 微小RNA(miRNA)可通过抑制mRNA转录或使RNA降解的方式在转录后水平调节靶基因的表达。研究与家蚕丝胶蛋白基因1(BmS er-1)转录后表达有关的miRNA(Bmo-miR)及其作用方式,以丰富丝胶蛋白基因表达的精细调控信息。首先从miRBase 21数据库中获得全部成熟体Bmo-miR,通过生物信息学分析筛选到一个对BmS er-1有潜在调控作用的BmomiR,命名为Bmo-miR-2771。设计茎环引物,采用半定量RT-PCR方法检测Bmo-miR-2771及其预测靶基因BmS er-1在家蚕5龄3 d幼虫头部、脂肪体、前部丝腺、中部丝腺、后部丝腺、中肠等组织器官以及血淋巴细胞中的表达水平,结果显示Bmo-miR-2771特异性地在中部丝腺中表达,并且靶基因BmS er-1在中部丝腺的相对表达量也明显高于其他组织。将构建的表达BmomiR-2771的重组质粒pcD NA3.0(ie1-egfp-pri-miR-2771-SV40)和表达BmS er-1 3'-UTR的重组质粒pG L3(A3-luc-Ser-1 3'UTRSV40)共转染家蚕卵巢培养细胞BmN,并以共转染pcD NA3.0(ie1-egfp-SV40)和pG L3(A3-luc-Ser-1 3'UTR-SV40)的BmN细胞为阳性对照,以海肾荧光素酶表达载体pRL-CMV为内参,检测荧光素酶活性,结果显示实验组的荧光素酶活性相对于阳性对照组显著降低(P<0.05),从细胞水平证实了Bmo-miR-2771对BmS er-1基因表达具有负调控作用。
- 钱平蒋涛王欣宋菲陈晨范洋洋唐顺明沈兴家
- 关键词：家蚕微小RNA转录后调控半定量RT-PCR
- microRNA的功能及家蚕microRNA的研究进展
- 2015年
- microRNA(miRNA)是一类长度约22个碱基的内源性非编码小分子RNA,具有广泛的调节基因表达的功能,与生命体的发生、生长、发育和分化过程密切相关。miRNA除了对靶基因mRNA的翻译抑制、降解等起到负调控作用,还有去抑制和miRNA激活作用等正调控作用,以及竞争性内源RNA(ceRNA)调控机制。在家蚕中已经鉴定了许多新的miRNA,通过深度测序技术和利用基因芯片数据等分析了蚕体各个发育时期及不同组织中miRNA的表达特征,关于家蚕miRNA的功能及靶基因研究也成为热点。本文对miRNA的形成、生物学功能、靶基因预测等进行概述,并特别介绍家蚕miRNA的研究进展。
- 宋菲王欣钱平陈晨范洋洋沈兴家
- 关键词：MICRORNA生物合成生物学功能靶基因
- 家蚕Bmo-miR-2739对丝素重链基因Fib-H表达的调控作用被引量：7
- 2014年
- MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性的非编码小RNAs,可通过序列互补配对的方式对靶基因mRNA的转录进行调控。丝素重链(Fib-H)是家蚕丝蛋白的重要组成成分,研究miRNAs对Fib-H基因mRNA的调控作用,有助于理解丝腺高效合成蚕丝蛋白的分子机制。用靶基因预测软件RNA22和RNAhybrid对Fib-H基因的3'-UTR及已知的家蚕miRNA进行分析,发现Fib-H基因的3'-UTR有一个Bmo-miR-2739的潜在靶位点。进一步将人工合成的Bmo-miR-2739模拟物和带有Fib-H基因3'-UTR的荧光素酶报告基因载体共转染BmN细胞,48 h后检测到荧光素酶表达上调约13%。初步推测Bmo-miR-2739对Fib-H具有正调控作用。
- 宋菲王欣钱平唐顺明赵巧玲郭锡杰沈兴家
- 关键词：家蚕MICRORNA转录调控
- 家蚕幼虫后部丝腺miRNAs的鉴定与表达分析
- 宋菲王欣钱平唐顺明郝碧芳赵巧玲郭锡杰沈兴家
- 关键词：家蚕丝腺MICRORNA
- 家蚕Bmo-miR-305*对丝腺特异转录因子SGF-1的表达调控研究
- 王欣宋菲钱平唐顺明沈兴家
