袁冬霞
- 作品数：20 被引量：18H指数：2
- 供职机构：中国科学院水生生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目中国科学院知识创新工程更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生环境科学与工程农业科学更多>>
- 四膜虫功能基因组数据库增量更新2016:生活史和减数分裂转录组及磷酸化蛋白组资源建设被引量：2
- 2016年
- 原生动物嗜热四膜虫是一种优良单细胞真核模式生物,以其作为研究对象在基础生物学领域的研究已经取得了一系列突破性的成果。2006年,其大核基因组测序完成并发表,标志着四膜虫的研究进入了功能基因组时代。2013年基于基因芯片、基因网络和转录组数据,我们构建了四膜虫功能基因组数据库,其目前已成为模式生物嗜热四膜虫研究的两个重要数据库之一。在过去几年里,随着对四膜虫功能基因组学研究的深入,相关组学数据也实现了一定积累,对这些数据的整合也非常迫切。基于此,我们对四膜虫功能基因组数据库进行了增量更新。更新内容主要包括三个方面:(1)四膜虫生活史不同时期转录组数据;(2)四膜虫接合生殖减数分裂过程转录组数据;(3)磷酸化蛋白组数据。此次增量更新进一步提升和完善了四膜虫功能基因组数据库的内容和功能,对以四膜虫为对象的相关研究工作具有重要作用。
- 杨文涛张晶闫冠雄田苗袁冬霞缪炜曾宏辉熊杰
- 关键词：四膜虫
- 四膜虫基因表达数据库:四膜虫全基因组基因表达芯片和协同表达分析的数据资源被引量：2
- 2010年
- 嗜热四膜虫是一种优良的真核模式生物,对其功能基因组学的分析将为研究细胞和分子生物学的基础性重大问题提供新的机遇.四膜虫基因表达数据库(TGED)是原生动物纤毛虫中第一个基因表达数据库,整个数据库包括了四膜虫3个重要的生理和发育阶段20个时间点的全基因组基因表达数据,提供了友好的网页界面(http://tged.ihb.ac.cn)供用户获取这些数据.通过基因的标识号或描述信息,用户可以获取基因表达谱信息和协同表达基因.此外,TGED同时提供了制备四膜虫基因表达芯片的样品制备方法.欢迎研究者上传和分享其所有的基因芯片数据,以期为四膜虫或纤毛虫研究提供重要的功能基因组学资源.
- 熊杰陆星亦陆钰明曾宏辉袁冬霞冯立芳畅悦BOWEN JosephineGOROVSKY Martin傅诚杰缪炜
- 关键词：嗜热四膜虫
- 嗜热四膜虫五个hsp70基因的表达分析被引量：3
- 2011年
- 鉴定得到嗜热四膜虫13个含有完整保守结构域的hsp70基因,对其中5个高度相似且无内含子的hsp70基因进行表达分析。在37、39和41℃热激条件下,实时荧光定量PCR结果表明,hsp70-2基因对热激响应最敏感。在四膜虫生长、饥饿和接合生殖这3种生理或发育状态下,Microarray结果显示,hsp70-4基因恒定且高表达;在热激条件下,hsp70-4基因的表达水平随着温度的升高而略微增加,证实hsp70-4基因为热休克相关蛋白hsc70基因;克隆的hsp70-4基因全长2208bp,开放阅读框长1959bp,编码653个氨基酸。Microarray结果提示,hsp70-3可能参与四膜虫饥饿早期(0～12h)的耐受和接合生殖后期(6～10h)的新大小核形成,老大核凋亡等事件;hsp70-5可能参与四膜虫饥饿晚期(12～15h)的耐受和接合生殖早期(0～6h)的小核减数分裂、小核交换和原核(pronuclear)融合事件。Blast2GO分析表明,与hsp70-3和hsp70-5共表达的基因分别参与不同的生物学过程,进一步反映了hsp70-3和hsp70-5这两个基因在功能上是存在差异的。
- 冯立芳畅悦袁冬霞缪炜
- 关键词：嗜热四膜虫HSP70基因实时荧光定量PCRMICROARRAYRACE
- 原生动物柯立斯四膜虫(Tetrahymena corlissi)超高砷耐受性的分子机制研究
- 2016年
- 以原生动物柯立斯四膜虫(Tetrahymena corlissi)为实验对象,通过流式细胞仪测定细胞密度分析四膜虫相对生长率,得到砷暴露下T.corlissi 24 h的半数效应浓度(EC50)为110.7μg/m L,是梨形四膜虫(T.pyriformis)的3倍;在克隆到T.corlissi砷甲基转移酶(Ars M)基因的基础上,RT-PCR结果显示,该基因在砷暴露下表达;利用高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱仪(HPLC-ICP-MS)联用方法对细胞内砷形态的检测显示,野生型T.corlissi具有比T.pyriformis强数倍的甲基化砷的能力,Ars M基因敲除的T.corlissi失去了甲基化砷的能力,从而推测T.corlissi的Ars M具有高效甲基化砷的能力,是其具有超高的砷耐受性的分子基础.
- 韦薇袁冬霞杨文涛张晶陈瑛缪炜
- 关键词：砷四膜虫
- 三种四膜虫全基因组N^(6)-甲基腺嘌呤比较研究
- 2022年
- 为了揭示N^(6)-甲基腺嘌呤(6mA)在近缘物种间的分布规律和物种进化过程中的变化,研究在分离2种四膜虫(Tetrahymena malaccensis和Tetrahymena pyriformi)大核的基础上,利用三代测序技术绘制了其全基因组单碱基分辨率6mA图谱,结合公共数据库中已有的模式种Tetrahymena thermophila数据,开展了3种四膜虫比较6mA甲基化组分析,发现:(1)3种四膜虫6mA甲基化位点分布特征类似,包括呈约200 bp周期性分布和具有保守AT基序;(2)6mA主要分布于基因的5′端,在种间直系同源基因上的分布模式具有区域近似性,但在单碱基水平不完全保守;(3)在种内近期复制的并系同源基因中,6mA分布在单碱基水平具有较高的保守性;(4)结合3种四膜虫的分化时间,估算出了四膜虫中6mA动态变化过程,6mA位点建立的速度大约为每Mb每百万年69.9—226个位点。
- 王粟柴小翠张晶杨文涛袁冬霞熊杰
- 关键词：全基因组四膜虫
- 嗜热四膜虫功能基因组数据库被引量：1
- 2016年
- 嗜热四膜虫是一种单细胞真核生物,因其可在实验室纯培养、具有成熟的分子操作技术和清晰的遗传背景,而成为一种广泛研究的模式生物。高通量技术的发展和生物信息分析方法的建立,使得四膜虫功能基因组的研究取得了较大进展。在此背景之下,基于四膜虫3个主要生理和发育时期(生长、饥饿及接合生殖)的基因芯片和转录组测序(RNA-seq)数据及基因网络的分析结果,构建了嗜热四膜虫功能基因组数据库,为四膜虫研究提供了重要资源。
- 杨文涛王光营田苗袁冬霞缪炜曾宏辉熊杰
- 关键词：嗜热四膜虫功能基因组基因芯片转录组测序基因网络
- 嗜热四膜虫减数分裂相关转录因子调控机制的研究
- 减数分裂是有性生殖的基础,也是有性生殖过程中的关键步骤.从酵母到人类的多种真核模式生物的研究表明减数分裂相关基因的表达受到了转录因子等的精确调控,然而单细胞真核生物原生动物的减数分裂基因表达调控的研究却极为匮乏,因此以模...
- 张晶田苗党怀袁冬霞缪炜
- 嗜热四膜虫可变剪接基因鉴定及功能分析被引量：1
- 2015年
- 可变剪接是产生蛋白质组多样性和调节基因表达的重要机制,相关研究在高等真核生物中开展较多,而在单细胞真核生物中则较少,尤其是单细胞原生动物纤毛虫中,仅有少量报道。本文基于单细胞模式原生动物嗜热四膜虫种大量转录组数据,对其可变剪接基因进行了鉴定及分析。在嗜热四膜虫中共鉴定到2 894个可变剪接位点,涉及到2 698个可变剪接基因,可分为四类。考虑到转录本拼接的准确性,选择了其中464个与基因组预测模型完全一致的可变剪接基因进行深入分析,其中生长(growth)时期、饥饿(starvation)时期、接合生殖(conjugation)时期特异性的可变剪接基因分别为49个、79个和135个。对可变剪接基因的功能进行分析表明其涉及的功能广泛且显著富集于蛋白激酶过程,提示可变剪接基因在嗜热四膜虫蛋白磷酸化和信号传导中具有重要作用。
- 宁应之赵康平熊杰袁冬霞缪炜
- 关键词：嗜热四膜虫转录组可变剪接功能分析
- 四膜虫rDNA表达载体的改造及用于异源基因的高效表达被引量：1
- 2013年
- 基于四膜虫小核rDNA改造得到的pD5H8载体，在转染进接合生殖时期的四膜虫后能发育成9000～10000拷贝的大核rDNA，因此pD5H8载体是四膜虫异源基因表达的研究热点；但其载体上匮乏合适的克隆位点和无启动子结构阻碍了该载体的进一步发展。本研究在四膜虫启动子HSP70—2和终止子HSP70-I之间，通过稀有酶切位点I-SceI导入细菌绿色荧光蛋白NGFP）这一筛选标记，由此组成的DNA片段（HSP70-25’UTR．I-SceI—HGFP．I—SeeI—HSP70-13’UTR）整合进pD5H8，将之改造成pD5H8-HGFP表达载体。来自真核生物的绿色荧光蛋白（GFP）藉由l-SceI酶切位点一步导入pD5H8一HGFP表达载体后，在四膜虫中大量表达且具有生物学活性。因此，改造后的pD5H8一HGFP表达载体拥有一步法引入异源基因，几乎无酶切位点的限制，有效的筛选标记，高效的异源基因表达能力，以及环境友好、便捷可控等诸多优点，这对于深入开展四膜虫基因功能的过表达研究和开发异源基因在四膜虫这一真核表达系统中的应用奠定了技术基础。
- 袁冬霞冯立芳熊杰缪炜
- 关键词：四膜虫RDNA
- CYP5013C2蛋白及其编码基因以及表达CYP5013C2蛋白的四膜虫
- 本发明公开了一种CYP5013C2蛋白及其编码基因，并提供了表达CYP5013C2蛋白的四膜虫及其在降解DDT中的应用。本发明保护过表达CYP5013C2基因的四膜虫在降解DTT中的应用；所述CYP5013C2基因为编码...
- 缪炜冯立芳袁冬霞
- 文献传递
