以新疆地区不同居群的52份新疆野苹果[Malussieversii（Ledeb．）Roem．]、9份中国苹果品种（Malus×domesticasubsp．chinensisLi．）、1份森林苹果（MsylvestrisMiller）种质为试材，进行核糖体DNA内转录间隔区（ribosomal DNA intemal transcribed spacers，ITS）和叶绿体成熟酶K（matK）基因的测序分析。从GenBank中获取了11个苹果栽培品种、14个塞威士苹果、26个苹果属其它种及1个外类群欧洲梨（Pyruscommunis）的ITS及matK序列。利用MEGA（ver．4．0）计算不同序列间的碱基组成频率、简约信息位点数、转换／颠换比率、序列间成对距离，以最大简约法与邻接法进行系统发育分析。结果表明，采集的“新疆野苹果”与“中国苹果”的ITS序列长度在589-594bp，含有148个简约信息位点，转换／颠换比率（R）为1．029：MatK序列长度为1451～1461bp，没有复制子Ⅱ序列，含有16个简约信息位点，转换／颠换为1．442。ITS分析将中国苹果、新疆野苹果（来自中国新疆）和塞威士苹果（来自GenBank）聚类于一个大的发育枝内，新疆野苹果5个居群的系统演化按新源、巩留、霍城和塔城的先后次序发生。MarK序列的系统发育分析将中国苹果和新疆野苹果聚类在一个大的发育枝内，但自展支持率低。由此说明，中国苹果由新疆野苹果驯化而来。matK不适于栽培苹果种内的系统发育分析。
