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大麦基因组GRAS基因家族的全基因组鉴定与表达分析被引量：7: 2021年; GRAS基因家族是一类仅存在于植物并广泛参与其生长发育调控的转录因子,根据其序列结构和系统发育树分化特征,GRAS转录因子包含PATI, DELLA, HAM, SCR, SHR等多个亚家族成员。本研究利用大麦最新的基因组数据库,采用生物信息学的方法筛选鉴定出41条GRAS基因序列,其中有34条序列具有完整的GRAS家族蛋白特有的GRAS结构域,可定位到大麦7条染色体上且呈不均匀分布。与拟南芥和水稻GRAS蛋白进行的系统发育分析,可将大麦GRAS家族蛋白进一步划分为10个亚家族。本研究对大麦GRAS基因的表达丰度分析,发现部分基因在发育阶段高表达,这可能暗示着这些基因在相应发育阶段起到重要作用。本研究结果可为后续挖掘和验证大麦GRAS基因提供参考。; 孔豆豆毛成志王蕾王蕾王寒冬张怀刚沈裕虎; 关键词：系统发育分析表达谱分析

334份青藏高原野生大麦群体结构及连锁不平衡水平分析被引量：1: 2017年; 利用1 389个DArT标记对334份青藏高原西藏野生大麦材料进行遗传多样性、群体结构和连锁不平衡水平分析。结果显示,参试群体DArT标记的多态性信息含量(PIC)值为0.005 6~0.500 0,平均值为0.248 9。运用贝叶斯、主坐标分析2种方法对野生大麦的群体结构进行研究。结果显示参试材料存在明显的群体分层,各个亚群中的个体不同来源、不同棱形、不同皮裸性混杂分布。以标记位点间的相关系数平方(r^2)作为衡量连锁不平衡(LD)水平的参数,在整体上,LD水平随着遗传距离的增加递减,各个染色体内也有相同的趋势,不同染色体的LD水平不同。以r^2=0.2为阈值统计,大于0.2的位点组合中,P<0.001的位点组合比例为3.31%,r^2的平均值为0.454;群体的LD衰减距离为0.3cM,衰减较快。青藏高原地区野生大麦群体结构和连锁不平衡水平的研究为杂交育种和关联图谱的构建奠定了良好的基础。; 宋远方夏腾飞徐金青王寒冬沈裕虎王蕾; 关键词：大麦

青稞转录组SSR位点及其基因功能分析被引量：10: 2017年; 为了探讨青稞转录中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,使用MISA软件分析青稞转录组中SSR的分布频率和重复基元的基本类型,通过BLASTX对含有SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行比对和功能注释。结果表明,在青稞转录组拼接得到的58 065个Unigene中发现9 576条序列中含有11 930个SSR位点,SSR发生频率为16.49%,平均每6.63kb出现1个SSR位点,共有119种重复基元(motif)。青稞转录组SSR出现频率最高的是三核苷酸重复基元(64.19%),其次是二核苷酸重复基元(24.05%)。AG/CT和AGG/CCT、CCG/CGG、AGC/CTG分别是二核苷酸重复和三核苷酸重复中的优势重复基元。在转录组中SSR重复次数以5~12次为主,基序长度主要集中在12~25bp,平均长度为21.15bp。9 576个含SSR的Unigene与nr、COG、Swiss-Prot和KEGG等公共数据库进行BLASTX比对,分别得到7 987、5 559、5 588和2 077个注释。通过基因功能注释发现青稞转录组中含SSR的序列主要与生物的基础代谢相关。; 徐金青夏腾飞王蕾王寒冬张怀刚刘登才昌西沈裕虎; 关键词：青稞转录组 SSR 功能注释

青藏高原青稞及其他地区大麦种子表型的多样性分析被引量：12: 2014年; 以青藏高原六棱裸大麦（即青稞）和其他地区大麦共323份种质为材料，探讨其种子长、宽、长宽比、面积、密度指标和千粒质量6个性状。结果显示，6个种子性状变异系数为5．68％～15．67％，多样性指数为1．83～2．07，表明参试材料种子表型变异大，具有丰富的表型多样性。除密度指标与种子面积间相关性不显著外，其余各性状间均呈极显著相关（P〈O．01）；主成分分析将所有参试材料的6个种子性状分为2个主成分，其累计贡献率为93．41％。在主成分分析的基础上采用最小方差法（ward’Smethod）对323份大麦材料进行系统聚类分析，可将其划分为4大类群，第I、Ⅱ类群主要是青稞农家品种和育成年份较早的品种，第Ⅲ类群主要是青稞现代育成品种和高代品系，第Ⅳ类群主要是青藏高原地区以外的二棱皮大麦。可见，在开展青稞种质资源内杂交的同时，不同棱形材料间杂交是改良青稞种子性状的有效途径之一。; 王蕾徐金青夏腾飞赵兴张怀刚刘登才白生贵沈裕虎; 关键词：大麦主成分分析

基于全基因组SNP高效鉴定燕麦种质资源被引量：3: 2022年; 为探究鉴别燕麦品种特异性所需SNP标记的最少数量与鉴别效果,以25个生产上大面积推广的栽培燕麦品种为材料,利用燕麦IlluminaInc.iSelect6K微珠芯片进行基因分型,按照具有多态性、最小等位基因频率(MAF)大于0.05、缺失率小于0.50的条件进行筛选,获得2214个高质量的SNP标记。所有SNP标记的平均MAF为0.75,平均多态性信息含量(PIC)为0.28。群体遗传结构分析将25个燕麦品种划分为5个类群。通过去冗余分析,获得8个能够高效鉴别燕麦参试品种的SNP标记。这8个SNP标记的平均MAF为0.62,平均PIC为0.35,表现出丰富的遗传多样性。测序结果显示,所筛选的8个SNP标记具有较好的稳定性和重现性。进一步利用这8个SNP标记构建了25个燕麦栽培品种的SNP指纹图谱,为燕麦栽培品种真实性鉴定和纯度检测提供了可用的标记组合。; 徐金青徐金青王寒冬王寒冬王蕾王蕾张波张波沈裕虎; 关键词：SNP DNA指纹图谱

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徐金青