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陈慰祖: 作品数：114 被引量：155H指数：7; 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>; 相关领域：生物学医药卫生理学自动化与计算机技术更多>>

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HIV-1跨膜蛋白gp41螺旋结构的原核表达及功能研究被引量：2: 2008年; HIV-1跨膜蛋白gp41是HIV-1包膜与靶细胞膜的融合过程中的关键蛋白,是理想的HIV-1融合抑制剂靶点。为开展以gp41为靶点的抑制剂筛选,以HIV-1B亚型病毒基因为模板,通过PCR、酶切、连接等方法构建得到gp415-helix与6-helix重组质粒,转入大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,经变性和复性后亲和层析纯化蛋白。经SDS-PAGE鉴定,纯化后蛋白纯度较高。通过非变性凝胶电泳证明gp415-helix与C-多肽衍生物T-20存在相互作用,为下一步药物筛选模型的建立奠定了基础。; 刘斌何红秋程绍辉陈慰祖王存新; 关键词：GP41 纯化

针对蛋白质复合物Other类型的打分函数被引量：3: 2006年; 在不同类型复合物结合界面的物理化学特征不同的基础上,针对较难预测的Other类型复合物设计出特异性打分函数,用于在对接过程中挑选出有效结构.该函数由原子接触能(EACE)、范德华和静电相互作用能组成,通过多元线性回归方法获得各项的权重系数.对来自CAPRIbenchmark1中17个Other类复合物例子进行打分测试.结果表明,组合打分能够刻画出Other类型复合物单体间相互作用的特征,反映出复合物形成前后的能量变化,具备一定的从众多样本中筛选出有效结构的能力.相对于残基成对势(RP),该组合打分获得了更高的打分成功率.对CAPRI第八轮竞赛中两个结构预测模型进行打分排序,该组合打分也体现出强于RP的鉴别有效结合模式潜力.; 沈龙珠李春华马晓慧常珊陈慰祖王存新; 关键词：打分函数 CAPRI

一种喷雾式微生物液体样品分布装置: 本发明公开了一种喷雾式微生物液体样品分布装置，包括气囊(1)、吸管(3)和喷雾管(5)，这三者依次紧密相连并可拆卸，吸管上设有刻度(4)，喷雾管(5)末端的喷雾头(6)设有数个均匀分布的液体分配孔，吸管(3)的近气囊端填...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华; 文献传递

通用型离心管架: 本实用新型公开了通用型离心管架，由支撑丝(1)、支撑板(2)和基座(3)组成，支撑丝(1)由刚韧富有弹性的尼龙丝或猪鬃制成，支撑丝(1)固定于两块平行的支撑板(2)内侧，呈相对分布，两侧支撑丝(1)的末端留有间隙，支撑板...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华; 文献传递

天然胰岛素及其速效突变体的稳定性研究: ＜正＞众所周知,胰岛素在糖代谢方面起重要作用。用蛋白质工程方法进行改造的速效胰岛素突变体在治疗糖尿病方面有着实际应用价值。因此,我们以天然胰岛素2Zn及其速效突变体B9D（B9Ser→Asp）、B9E（B9Ser→Glu...; 王存新马晓慧李春华卢本卓陈慰祖; 文献传递

用从头药物设计方法合理设计HIV-1整合酶抑制剂被引量：1: 2005年; 目的:合理设计新的HIV-1整合酶抑制剂。方法:采用从头药物设计方法,从苯乙烯基喹啉抑制剂与整合酶的活性位点出发,产生3220个化合物。同时,通过分子对接方法模拟分析这些化合物与整合酶的结合能和结合模式。结果:设计产生的这些化合物能结合于HIV-1整合酶的活性区域中,包含4类在已知苯乙烯基喹啉类抑制剂中没有的新结构:乙烯基萘类、苯乙烯基苯并氮蒽类、苯乙烯基苯并喹啉类和杂环类。结论:本研究对进一步进行苯乙烯基喹啉类抑制剂的结构改造以及研制新的HIV-1整合酶抑制剂具有一定的指导意义。; 马晓慧陈慰祖王存新; 关键词：HIV-1 整合酶抑制剂分子对接

四种结构类型的蛋白质设计方法被引量：2: 2004年; 给出了以疏水-亲水模型为基础的蛋白质设计方法,该方法以物理学原理为基础,以相对熵作为优化的目标函数。对四种不同结构类型的天然结构的真实蛋白质进行了检测,分析了影响检测成功率的主要因素,结果表明,该方法是普适的,可用于对不同结构类型的蛋白质设计序列。; 刘赟王屹华王宝翰王存新陈慰祖; 关键词：蛋白质设计结构类型

基于信息熵的磷酸化作用预测被引量：4: 2007年; 磷酸化作用在多种真核细胞中具有重要的功能.由于对蛋白质激酶底物的实验测定方法限制较多,同时费时费力,因此急需发展快速、自动的机器学习方法.利用蛋白质的一级序列信息可以对不同激酶家族作用的磷酸化位点进行预测,同时也是对实验的一种补充和指导.如果仅对磷酸化位点附近的短肽序列进行处理会丢失相当的信息,将对预测结果造成一定影响.提出了一种基于信息熵的磷酸化位点预测方法IEPP(information-entropy based phosphorylation prediction),利用熵信息对磷酸化位点周围的氨基酸位点进行选择和排除,仅选择对磷酸化作用有效的位点参与预测.对3个代表性激酶家族ABL,MAPK和PKA的测试表明,敏感性(Sn)和专一性(Sp)均好于较新的PPSP和GPS算法的结果.而且同一些在线预测网站的实时测试,如Scansite等相比,结果也要好于这些测试方法.这些都证明了本研究提出的方案是一种有效的磷酸化作用位点预测方法,且具有简单、高效、实时性好等优点.; 王明会李春华陈慰祖王存新; 关键词：磷酸化信息熵生物信息学

一种DNA胶回收电泳加样方法: 本发明公开了一种DNA胶回收电泳加样方法，涉及DNA胶回收应用领域。该方法是将待回收的DNA样品加样于长2.5毫米，宽0.75毫米的小孔琼脂糖凝胶的若干相邻加样孔中，而不是加样于长14.5毫米，宽2毫米的大孔琼脂糖凝胶的...; 王存新刘斌左慧芸张海锋陈慰祖谭建军张小轶李春华; 文献传递