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用分子模拟方法研究HIV-1整合酶突变体的耐药性机理(英文)被引量：2: 2009年; 二酮酸类化合物(DKAs)是目前最有前景的HIV-1整合酶(integrase,IN)抑制剂.为了解DKAs引起的多种耐药株共有的耐药性机理,选择3种S-1360引起的IN耐药突变体,用分子对接和分子动力学模拟,研究了野生型和突变型IN与S-1360的结合模式,基于该结合模式探讨了3种耐药突变体所共有的耐药性机理.结果表明:在突变体中,S-1360结合到耐药突变IN核心区中的位置靠近功能loop 3区却远离与DNA结合的关键残基,结合位置不同导致S-1360的抑制作用部分丧失;残基138到166区域的柔性对IN发挥生物学功能很重要,S-1360能与DNA结合的关键残基N155及K159形成氢键,这2个氢键作用降低了该区域的柔性,突变体中无类似氢键,因而该区域柔性增高;在突变体中,S-1360的苯环远离病毒DNA结合区,不能阻止病毒DNA末端暴露给宿主DNA;T66I突变导致残基Ⅰ的长侧链占据IN的活性口袋,阻止抑制剂以与野生型中相同的方式结合到活性中心,这均是产生抗药性的重要原因.这些模拟结果与实验结果吻合,可为抗IN的抑制剂设计和改造提供帮助.; 张小轶何红秋刘斌王存新; 关键词：耐药性 HIV-1整合酶分子动力学

分子信标方法研究HIV-1整合酶3'加工反应动力学被引量：1: 2012年; HIV-1整合酶催化病毒cDNA与宿主细胞基因组DNA的整合,是病毒在宿主细胞中增殖的一个关键酶。3'加工是整合酶催化整合过程的第一步反应,3'加工反应动力学的研究对整合酶催化机理研究和以整合酶为靶点的药物研发都具有重要意义。构建了野生型HIV-1整合酶重组质粒,在大肠杆菌BL21中诱导表达,通过对包涵体变性、复性,纯化得到了整合酶蛋白。基于分子信标原理,设计了荧光和淬灭基团标记的DNA底物,通过荧光信号实时监测3'加工反应,对酶反应的动力学性质进行研究。结果表明,纯化的整合酶蛋白具有较高的活性,酶反应表现出显著的Mg2+偏好性。酶动力学研究(Km=131.79 nmol/L,Kcat=0.0042 min-1)表明,该分子信标方法和设计的DNA底物可用于整合酶3'加工反应动力学研究以及酶反应性质的研究。; 何红秋刘斌陈慰祖王存新; 关键词：HIV-1

通用型离心管架: 本发明公开了通用型离心管架，由支撑丝(1)、支撑板(2)和基座(3)组成，支撑丝(1)由刚韧富有弹性的尼龙丝或猪鬃制成，支撑丝(1)固定于两块平行的支撑板(2)内侧，呈相对分布，两侧支撑丝(1)的末端留有间隙，支撑板(2...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华

HIV-1跨膜蛋白gp41螺旋结构的原核表达及功能研究被引量：2: 2008年; HIV-1跨膜蛋白gp41是HIV-1包膜与靶细胞膜的融合过程中的关键蛋白,是理想的HIV-1融合抑制剂靶点。为开展以gp41为靶点的抑制剂筛选,以HIV-1B亚型病毒基因为模板,通过PCR、酶切、连接等方法构建得到gp415-helix与6-helix重组质粒,转入大肠杆菌BL21(DE3)进行表达,经变性和复性后亲和层析纯化蛋白。经SDS-PAGE鉴定,纯化后蛋白纯度较高。通过非变性凝胶电泳证明gp415-helix与C-多肽衍生物T-20存在相互作用,为下一步药物筛选模型的建立奠定了基础。; 刘斌何红秋程绍辉陈慰祖王存新; 关键词：GP41 纯化

一种喷雾式微生物液体样品分布装置: 本发明公开了一种喷雾式微生物液体样品分布装置，包括气囊(1)、吸管(3)和喷雾管(5)，这三者依次紧密相连并可拆卸，吸管上设有刻度(4)，喷雾管(5)末端的喷雾头(6)设有数个均匀分布的液体分配孔，吸管(3)的近气囊端填...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华; 文献传递

通用型离心管架: 本实用新型公开了通用型离心管架，由支撑丝(1)、支撑板(2)和基座(3)组成，支撑丝(1)由刚韧富有弹性的尼龙丝或猪鬃制成，支撑丝(1)固定于两块平行的支撑板(2)内侧，呈相对分布，两侧支撑丝(1)的末端留有间隙，支撑板...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华; 文献传递

一种管盖镶软边的离心管: 本实用新型公开了一种管盖镶软边的离心管，其在离心管管盖(2)的开口端边缘紧密镶嵌一条由耐高压橡胶制成的软边(1)。使用本实用新型时，手指抵住离心管管盖(2)开口边缘处的软边(1)打开或关闭离心管，可避免手指的不适感甚至皮...; 王存新刘斌张海锋陈慰祖何红秋谭建军张小轶李春华; 文献传递

抗艾滋病毒的药物设计研究: 本实验室以病毒生命周期中的新靶点整合酶和在病毒进入过程中发挥重要作用的病毒膜蛋白进行了一系列抗病毒药物分子设计的基础及应用研究。; 王存新孔韧马晓慧谭建军张小轶何红秋陈慰祖; 关键词：药物设计生命周期整合酶; 文献传递

用荧光方法检测HIV-1整合酶的体外活性被引量：2: 2009年; HIV-1整合酶是抗艾滋病药物研究的一个重要靶点。整合酶催化两步反应使病毒cDNA整合到宿主细胞基因组中,该反应过程可以在体外利用重组蛋白和DNA底物实现。本研究构建了HIV-1整合酶表达载体,在大肠杆菌中诱导表达,亲和纯化得到重组整合酶蛋白,利用荧光染料标记DNA底物分子和荧光标记抗体,通过荧光信号检测整合酶对DNA的切割和连接两步反应,达到检测整合酶体外活性的效果。该方法具有灵敏度高、特异性好等优点,便于开展以整合酶为靶点的药物筛选等工作。; 何红秋程绍辉刘斌陈慰祖王存新; 关键词：HIV-1 整合酶荧光活性检测

可溶性HIV-1整合酶重组蛋白的制备方法: 可溶性HIV-1整合酶重组蛋白的制备方法，属于生物技术领域。制备方法包括诱导表达、菌体破碎、纯化等步骤，所用表达培养基含有15-35g/L胰蛋白胨，10-20g/L酵母提取物，2-3g/L氯化钠，1g/L葡萄糖，10-1...; 李春华李杉刘斌何红秋段彦华张小轶谭建军王存新; 文献传递

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何红秋