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大豆对大豆花叶病毒Sa株系抗扩展特性的遗传分析被引量：4: 2009年; 作物抗性遗传研究可为抗性育种提供理论基础。在溧水中子黄豆×南农493-1杂交组合的244个F2∶3家系中,随机取171个F2∶3家系为材料,用150对SSR分子标记,通过JoinMap3.0软件构建了包括70对分子标记的25个连锁群;采用平均病级和综合病情指数两种指标,用Win QTL Cartographer V2.5软件的多区间作图法进行QTL定位。结果表明:大豆对大豆花叶病毒Sa株系的抗扩展平均病级和综合病情指数均有4个QTL,其中在C2-b连锁群的satt422-satt640标记间和D2-a连锁群有共同的QTL,两性状的4个和5个互作QTL可分别解释表型变异的15.14%和52.6%。这些结果为抗性性状的遗传剖析和标记辅助育种提供理论依据。; 程利国李广军刘玉芹李河南章元明; 关键词：大豆大豆花叶病毒数量性状基因座 SSR

偏分离群体连锁图矫正和QTL定位软件包DistortedMap的研制被引量：3: 2014年; 为使偏分离群体连锁图矫正方法能被广泛应用,在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的DistortedMap软件包。结果显示:DistortedMap软件包具有遗传群体模拟、偏分离群体连锁图矫正和数量性状基因座定位的功能。使用该软件包可获得偏分离标记间遗传距离的无偏估计值并消除标记偏分离对QTL定位的影响。; 谢尚潜耿青春章元明; 关键词：偏分离连锁图 QTL定位软件包

大豆株高QTL定位及Meta分析被引量：9: 2011年; 以溧水中子黄豆和南农493-1杂交衍生的504个正反交F2:4家系为研究对象,于2008年在江苏南京和山东临沂两地种植,鉴定其株高表型。采用多QTL联合分析方法进行QTL分析,检测到株高存在环境效应和细胞质效应,定位了15个主效QTL、2个与环境互作的QTL和6个与细胞质互作的QTL。将Soybase数据库中信息完全的90个株高QTL和本研究检测的株高QTL映射到大豆公共图谱soymap 2上,利用BioMercator 2.1软件进行Meta分析。结果表明:分布于C2、F、L和M染色体上的18个较小置信区间存在一致性QTL,其中包括本研究发现的C2染色体上的qPH-6-2、qPH-6-3和M染色体上的qPH-7-1、qPH-7-2、qPH-7-3共5个QTL。; 汪霞徐宇李广军李河南章元明; 关键词：大豆株高数量性状基因座 META分析

大豆对豆卷叶螟抗性的QTL定位被引量：3: 2009年; 豆卷叶螟是南京地区的主要食叶性害虫。以抗性亲本溧水中子黄豆和感性亲本南农493-1杂交组合正交F2群体为材料,在田间自然虫源条件下F2单株叶片损失率为抗性指标,利用已构建的SSR分子标记图谱和Windows QTL Cartographer V2.5软件包的复合区间作图法和多区间作图法,定位大豆对豆卷叶螟抗性的QTL。结果表明:利用复合区间作图法检测到位于D1b和K连锁群上的2个QTL;利用多区间作图法则检测到位于A2、D1b、K和N连锁群上的4个QTL和6个互作QTL;其中有两个共同的QTL,至少解释表型变异的19.2%。这些结果为抗性性状的遗传剖析和标记辅助育种提供理论依据。; 李广军李河南程利国章元明; 关键词：豆卷叶螟 QTL 大豆

关联图分析:一种基于连锁图的QTL综合分析方法被引量：1: 2010年; 通过统合分析整合多个独立实验QTL(quantitative trait locus)定位结果获得的一致性QTL,可为标记辅助育种和基因图位克隆提供坚实基础.但是这种方法没有充足的生物学背景支撑,而且遗传图谱间不同映射会严重影响分析结果.为此,本文提出一种基于连锁图的QTL综合分析法,简称关联图分析.首先,利用连锁群构建图模型;然后,利用非监督分类法来寻找基因组间具有模式性共分离趋势的标记区间;最后,通过频繁集挖掘法对这些标记区间挖掘以获得与QTL紧密连锁的分子标记(区间).新方法通过Monte Carlo模拟研究和3个棉花QTL定位结果的综合分析予以证实.新方法的优点在于:不需要构建参考图谱;利用基因组间的分子标记模式性共分离趋势来查找特异性QTL,在一定程度上排除了初始QTL的干扰;通过非特异性QTL获得的具有潜在育种价值的分子标记,在作物育种上更有利用价值.; 匡峰磊汪霞周玲章元明; 关键词：连锁图数量性状基因座

含有致死基因型的质量性状基因定位的统计方法: 2006年; 假定某一质量性状受单基因控制,且在纯合显性(或纯合隐性)时会致死,造成不符合M endelian分离比。在F2群体中,根据分子标记和该基因的连锁关系,获得标记与性状的各种表型类别、频率和植株数,通过F isher最大似然法,推导出估计重组率的方程和标准误公式。Monte Carlo模拟研究表明,最大似然法得到的重组率估计值与真值接近,并验证了重组率估计值标准误公式。; 林飞章元明; 关键词：重组率

植物数量性状分离分析Windows软件包SEA的研制被引量：129: 2013年; 近十几年来,利用双亲分离群体数量性状表型观测值来鉴定数量性状主基因+多基因混合遗传模式的研究时有报道,其结果可指导作物育种实践。然而,随着计算机技术的进步,本课题组研制的软件操作性、算法和功能模块等方面都存在一定缺陷。在Microsoft Visual Studio 2010操作平台下,利用C++语言研制了Windows界面友好的植物数量性状分离分析(segregation analysis,SEA)软件包,其中采用了线性算法包Clapack V3.1.1解线性方程组并估计一阶遗传参数,更精确地计算适合性检验的概率,增加了结果输出模块和计算分离群体植株或家系的主基因型后验概率。新软件包计算更稳定,结果更全面,界面更友好。; 曹锡文刘兵章元明; 关键词：数量性状 C++语言软件包

QTL精细定位影响因素的数学模型被引量：3: 2008年; 【目的】利用近等基因系构建的分离群体精细定位QTL。采用数量性状分析方法研究样本容量、QTL遗传率和分子标记密度如何影响其精度。【方法】通过Monte Carlo模拟方法,首先模拟了用近等基因系构建的BC、RIL及F2群体,然后用区间作图法定位了该QTL。通过不同样本容量、QTL遗传率和分子标记密度多种试验方案的模拟,【结果】QTL定位精度同上述三因素呈非线性关系,在Darvasi和Soller模型基础上拓展的新模型的拟合精度明显提高,且新模型包含了标记密度这个新变量。【结论】为制订QTL精细定位试验方案提供理论依据。; 李梦林飞黄菊章元明; 关键词：MONTE CARLO模拟非线性回归模型

植物数量遗传学的建立、发展与展望被引量：24: 2012年; 论述了植物数量遗传学的建立、发展与展望。重点介绍了南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室在植物数量遗传方面的研究进展,包括学科建立、主基因+多基因混合遗传分析的拓展、纯系品种群体和遗传交配设计群体的基因挖掘及基因的分子进化研究。展望了植物数量遗传的可能发展方向,包括遗传分析与作物育种和生物信息学相结合,以及海量信息分析与云计算相结合。目的在于引导植物遗传工作者的思考。; 章元明; 关键词：多基因基因进化

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教育部“新世纪优秀人才支持计划”(NCET-05-0489)