陕西省自然科学基金(2010JQ3005)
- 作品数：2 被引量：18H指数：2
- 相关作者：赵俊兴贺道华邢宏宜曾舟汤益更多>>
- 相关机构：西北农林科技大学更多>>
- 发文基金：陕西省自然科学基金国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 棉花资源群体结构的推测与纤维品质的关联分析被引量：12
- 2011年
- 【目的】推测棉花资源群体材料的基因组血统与分子亲缘关系,并通过关联分析检测群体中影响表型的位点,为优质纤维品种的选育及其效率的提高提供理论依据。【方法】利用均匀分布于26条染色体上的132个SSR标记,对经挑选的92份栽培棉材料的基因组变异进行扫描,利用STRUCTURE 2.3.1软件的混合模型聚类法分析该群体的遗传结构,采用NTSYS-pc（Version 1.8）软件进行UPGMA聚类,随后采用TASSEL软件的GLM（General linear model）程序,对5个纤维品质性状2年×3重复的观测值进行标记与目标性状的关联分析。【结果】当指定7个亚群（K=7）时似然值达到最大,该群体分为亚洲棉组（Cluster 5）、海岛棉组（Cluster 7）、陆地棉1~3组（Cluster 2、Cluster 4和Cluster 6）、混合血统组（Cluster 1和Cluster 3）。组群间的Kullback-Leibler和UPGMA聚类图显示了7个组群的遗传组成和材料间的分子亲缘关系。关联分析表明,该群体中累计有21个位点与目标性状相关,一些标记同时与2个或多个目标性状相关联,可能是目标性状相关乃至＂一因多效＂的遗传基础。【结论】明确由92份材料组成的自然群体的群体结构以及材料间的亲缘关系,并获得了21个与棉花纤维品质相关的SSR位点,将为这些育种材料的利用、标记辅助选择及下一步候选基因的关联作图提供参考信息。
- 贺道华邢宏宜赵俊兴李婷婷汤益曾舟
- 关键词：棉花SSR纤维品质
- 多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发被引量：6
- 2011年
- 单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发与应用却进展迟缓.为促进多倍体植物中SNP的开发,本文对多倍体植物中SNP标记开发所遇到的难题进行了阐述,并对多倍体中SNP标记开发方法进行了梳理,包括位点特异性引物的PCR片段直接测序,利用多倍体的近缘二倍体区分SNPs和部分同源序列间的差异(homoeologous sequence variants,HSVs),利用2代测序技术大规模发掘SNPs,基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选SNPs,通过遗传(分离)模式的研究验证SNPs等.利用上述方法可实现多倍体植物中SNP标记的大规模开发.
- 贺道华邢宏宜赵俊兴赵艳宁齐程王艳婷
- 关键词：多倍体单核苷酸多态性
