陈雅琼
所属机构: 中国农业科学院烟草研究所 所在地区: 山东省 青岛市 研究方向: 农业科学 发文基金: 国家高技术研究发展计划
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孙玉合 作品数:79 被引量:536 H指数:13 供职机构:中国农业科学院烟草研究所 研究主题:烟草 烤烟 基因 SSR 普通烟草 龚达平 作品数:52 被引量:155 H指数:8 供职机构:中国农业科学院烟草研究所 研究主题:烟草 烟草基因组 普通烟草 基因家族 生物信息学分析 孙亭亭 作品数:10 被引量:65 H指数:6 供职机构:中国农业科学院烟草研究所 研究主题:普通烟草 基因家族 生物信息学分析 生物信息学 烟草 丁安明 作品数:32 被引量:146 H指数:7 供职机构:中国农业科学院烟草研究所 研究主题:烟草 青枯病 小麦 PPR 产量相关性状 张磊 作品数:15 被引量:107 H指数:7 供职机构:华中农业大学园艺林学学院 研究主题:烟草 基因表达 普通烟草 SSR荧光标记 系统进化
一种烟草打顶后抑制其侧枝生长的方法和材料 本发明提供了一种烟草打顶后抑制其侧枝生长的方法,所述方法包括以下步骤:S1、将转基因烟草进行播种、育苗和移栽,并进行打顶;所述转基因烟草的基因组中插入有外源核酸;所述外源核酸包括化学诱导型启动子和致死基因;S2、在打顶后... 吕婧 代常波 陈雅琼 丁安明 高晓明 孙玉合文献传递 烟草TILLING技术体系的建立及NtPhyB基因的筛选 被引量:1 2014年 定向诱导基因组局部突变技术(Targeting Induced Local Lesions In Genomes,TILLING)是一种新近发展起来的高通量检测点突变的反向遗传学方法。本研究首次将TILLING技术用于EMS处理的烟草突变体筛选中,通过对正反向荧光引物使用量的摸索,确定了10μL PCR体系中IRDye-700标记的正向引物(1μM)适用量为0.32~0.64μL,IRDye-800标记的反向引物(1μM)适用量1.12~1.6μL;对异源双链CELⅠ酶切体系实验表明,10μL PCR产物中加入0.6μL CEL I酶,1.5μL 10× Buffer酶切效果最好。从而建立并优化了适用于普通烟草基因组研究的TILLING技术体系。在此基础上,以NtPhyB为目标基因,在1000份0.6% EMS诱变的M2突变体中进行筛选,共得到13个突变体,该基因突变频率约为1/94 kb。本试验建立的TILLING筛选体系能够快速、高效地筛选任意已知序列基因的突变体,对烟草功能基因组研究具有重要意义。 宗鹏 李凤霞 王倩 刘贯山 龚达平 陈雅琼 孙玉合关键词:功能基因组学 烟草 化学诱变 突变体 基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析 被引量:1 2014年 【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到39个家族的162条miRNA,包括14对正/反义miRNA和5个基因簇。在林烟草中得到40个家族的169条miRNA,包括13对正/反义miRNA和3个基因簇。2个野生烟草在保守度高的miRNA家族中,其成员分布相似,且成员数相近。在保守度相对较低的家族中,2个野生烟草其成员分布差异较为明显,其中,miR5021、miR5203等9个家族仅在绒毛状烟草中有成员,miR1446、miR1509等10个家族仅在林烟草中有成员。2种野生烟草的正义miRNA与反义miRNA都有着1—4个碱基差异,这些差异位点在不同的家族中呈现出偏好性,而且在2种野生烟草中偏好性相似:miR164家族的9、12、13个碱基处,miR172家族的1、21个碱基处,miR396家族的2、17个碱基处,miR399家族的15、20个碱基处。2种野生烟草的基因簇主要是由miR156、miR169家族组成,其前体的间距小于350 nt,同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020基因簇。以普通烟草的unigene数据库作为靶基因集进行预测与分析,在绒毛状烟草122条miRNA中得到749个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因206条,其中89条(43%)得到GO功能注释;在林烟草中117条miRNA得到650个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因169条,其中78条(46%)得到GO功能注释。在分子功能方面,大多数靶� 李凌 张磊 晁江涛 龚达平 李凤霞 王倩 丁安明 陈雅琼 孙亭亭 孙玉合关键词:MIRNA 生物信息学 基因组 一种烟草打顶后抑制其侧枝生长的方法和材料 本发明提供了一种烟草打顶后抑制其侧枝生长的方法,所述方法包括以下步骤:S1、将转基因烟草进行播种、育苗和移栽,并进行打顶;所述转基因烟草的基因组中插入有外源核酸;所述外源核酸包括化学诱导型启动子和致死基因;S2、在打顶后... 吕婧 代常波 陈雅琼 丁安明 高晓明 孙玉合绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析 被引量:3 2011年 通过SSRFINDER软件搜索绒毛状烟草基因组DNA,设置条件是重复单元长度2~5 bp,重复次数10~60,共找到6 441个SSR位点,涉及5 227个Scaffold,SSR序列总长为303 963 bp,约占全基因组的0.12‰,即绒毛状烟草基因组中平均每400 kb会出现一个SSR位点。在所有SSR位点中,二、三碱基重复基元分别占总数的45.2%和49.6%,重复单元的重复次数10~20之间的SSR位点占总数的74.6%。 王卫锋 晁江涛 龚达平 王鲁 李凤霞 陈雅琼 孙玉合关键词:简单重复序列 基元 湖北省烟草黑胫病菌生理小种研究初报 被引量:11 2011年 在湖北省襄樊、恩施等主要烟区采集烟草黑胫病病株样本111个,分离纯化出30个烟草黑胫病菌株。采用游动孢子悬浮液注射接种鉴别寄主和TTZ(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)颜色反应两种方法鉴定其生理小种类型。结果表明,供试的30个菌株在TTZ培养基中的反应皆为红色,有24个菌株在鉴别寄主反应中对L8和NC1071有较强致病力,而对N.nesophila无致病力,应为1号生理小种,占供试菌系的80%,为湖北省优势生理小种;其他6个菌株中有4个菌株对NC1071有较强致病力,但对L8致病力较弱,有1个菌株对L8和NC1071致病力较弱;1个菌株对NC1071致病力较弱,但对L8有较强致病力;6个菌株对N.nesophila无致病力,是否为2号生理小种还是其他致病型,尚待进一步研究确定。 李锡坤 孔凡玉 李锡宏 王静 张成省 冯超 陈雅琼 刘璇 苏振刚 李佰乐关键词:烟草 黑胫病菌 生理小种 马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析 2015年 在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56 218条编码区序列中,检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列,其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多,分别为2 358和1 075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸GAA重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类,其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。 孙亭亭 王大伟 陈乐 王卫峰 龚达平 陈雅琼 孙玉合关键词:马铃薯 SSR 简单重复序列 基因编码区 基于SSR荧光标记和毛细管电泳检测技术的我国烟草审(认)定品种遗传多样性研究 烟草(Tobacco)作为一种重要的经济作物,经过自然条件和人工选择培养,以及不断地从国外引进,在我国已形成了丰富多彩的品种资源。从1986年开始对烟草品种实行审(认)定制度以来,到2010年为止,我国全国烟草品种审定委... 陈雅琼关键词:烟草 审定品种 SSR标记 毛细管电泳 烟草叶片蛋白质组双向电泳实验体系的建立 被引量:3 2012年 选用干旱敏感型栽培烟草品种中烟100旺长后期的叶片和感黑胫病栽培烟草品种小黄金1025苗期的叶片作为实验材料,总蛋白质提取分别采用稍加改进的TCA/丙酮法和由蛋白质分级提取、酚抽提及丙酮洗涤相结合的方法。对中烟100旺长后期烟草叶片采用的总蛋白质TCA/丙酮提取方法进行了优化、对其使用的IPG胶条pH范围做了初步筛选,并在此研究基础上,对采用第二种提取方法获得的小黄金1025苗期烟草叶片总蛋白质样品进行了不同上样量对双向电泳结果影响的比较实验。初步建立起适合烟草叶片蛋白质组研究的双向电泳实验体系。 王绍美 罗成刚 刘贯山 冯全福 苏振刚 陈雅琼 蒋彩虹 孙玉合关键词:烟草 叶片 蛋白质组 双向电泳 茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测 被引量:6 2011年 microRNAs(miRNAs)是一类在真核生物中发现的长度为21 nt左右、非编码、内源性的单链小分子RNA,通过与靶基因的互补发挥转录后水平的负调控作用。目前,已在许多物种中报道了miRNAs的存在,然而还未见关于茄子miRNAs的报道。根据miRNAs在植物中的高度保守性及其前体的二级结构特征,文章通过同源预测的方法,将已知植物的miRNAs与茄子EST数据库比对,经过一系列的筛选,最终预测到12个家族的16条茄子miRNAs,其中包括3个miRNA家族的正义/反义miRNAs,而miR390和miR399家族的正义/反义miRNAs属于第一次发现。文章还通过在线软件psRNATarget预测到15条茄子miRNAs的71个靶基因,这些靶基因主要编码与茄子生长发育、新陈代谢以及胁迫响应等过程相关的蛋白。 张磊 晁江涛 崔萌萌 陈雅琼 宗鹏 孙玉合关键词:茄子 靶基因 生物信息学 EST