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一种基于iSRM策略的蛋白质组质谱数据分析工具: 2013年; 由于重复性好、定量精度高,基于质谱的选择反应监测(SRM)技术在蛋白质定量分析中的应用越来越广泛。智能选择反应监测(iSRM)是一种新型的SRM实验策略。针对该策略产生的质谱数据,开发了一个肽段定量信息提取工具——iSQuant。该工具使用MATLAB脚本语言编写,简便易用。利用重复实验数据和标准实验数据对iSQuant的性能评估表明,iSQuant具有优越的可重复性能,定量结果和理论丰度线性度很高。; 张伟张伟卫军营徐长明徐长明张纪阳朱云平钱小红张养军; 关键词：质谱分析蛋白质组

串联质谱图谱从头测序算法研究进展被引量：9: 2010年; 近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向.; 孙汉昌张纪阳刘辉张伟徐长明马海滨朱云平谢红卫; 关键词：肽段串联质谱从头测序

应用于Bottom-up蛋白质鉴定的质谱数据采集策略研究进展被引量：3: 2013年; 蛋白质组的高度复杂性给基于质谱的蛋白质鉴定提出了很大的挑战。技术需求促进质谱技术不断向前发展。仪器平台在软硬件方面的进步,为高通量蛋白质鉴定提供了更多选择和支撑。但是,仪器性能的充分发挥,还需要根据生物学问题的需求和分析样本的特性,设计高质量的数据采集策略。本文对目前高通量蛋白质鉴定中已开发的质谱数据采集策略进行了综述,重点介绍了Bottom-up策略中使用的简单重复、离子排除和监测、在线智能化扫描和分段扫描等技术,并关注了这些策略对高通量蛋白质鉴定的影响,总结了各种策略的优缺点并展望了其未来发展方向。; 徐长明张纪阳张伟谢红卫; 关键词：蛋白质鉴定质谱

基于滤波对角化方法提升傅里叶变换质谱数据质量: 2014年; 傅里叶变换质谱仪能够达到很高的分辨率,在分子生物研究中得到广泛应用。数据处理方法,特别是底层信号的处理,对于提升数据质量至关重要。滤波对角化(filter diagonalization method,FDM)相比传统的快速傅里叶变换算法(fast Fourier transform method,FFT),能进一步提高图谱分辨率、降低信号强度测量误差。本工作通过仿真以及实际质谱数据分析,证明了相对FFT而言,FDM可将图谱的分辨率提高1个数量级左右,并且可以有效降低信号强度测量误差。另外,还研究了算法参数优化问题,为算法应用推广提供了参考。; 方剑委张纪阳徐长明张伟刘伟谢红卫

基于质谱的选择反应监测技术相关策略和方法的研究进展被引量：8: 2012年; 随着蛋白质组学研究的不断深入,基于质谱的选择反应监测技术(SRM)已经成为以发现生物标志物为代表的定向蛋白质组学研究的重要手段.SRM技术根据假设信息,特异性地获取符合假设条件的质谱信号,去除不符合条件的离子信号干扰,从而得到特定蛋白质的定量信息.SRM技术具有更高的灵敏度和精确性、更大的动态范围等优势.该技术可分为实验设计、数据获取和数据分析三个步骤.在这几个步骤中,最重要的是利用生物信息学手段总结当前实验数据的结果,并用机器学习方法和总结的经验规则进行SRM实验的母离子和子离子对的预测.针对数据质控和定量的生物信息学方法研究在提高SRM数据可靠性方面具有重要作用.此外,为方便SRM的研究,本文还收集、汇总了SRM技术相关的软件、工具和数据库资源.随着质谱仪器的不断发展,新的SRM实验策略以及分析方法、计算工具也应运而生.结合更优化的实验策略、方法,采用更精准的生物信息学算法和工具,SRM在未来蛋白质组学的发展中将发挥更加重要的作用.; 常乘吴松锋马洁张伟朱云平; 关键词：生物质谱

蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展被引量：10: 2011年; 作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优缺点,详细讨论了所涉及的主要算法,总结了一些常用的无标记定量软件及对应的网络资源.展望了无标记定量数据分析的未来研究方向.; 张伟张纪阳刘辉孙汉昌徐长明马海滨朱云平谢红卫; 关键词：质谱

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张伟