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SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化检测在早期肺腺癌筛查和诊断中的应用价值被引量：2: 2023年; 目的探讨SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化检测对早期肺腺癌筛查及诊断的价值。方法下载癌症基因组图谱(TCGA)数据库中471例肺腺癌患者的mRNA测序数据及相应的413例甲基化数据分别计算两基因启动子区甲基化水平,分析正常肺组织与肿瘤组织的甲基化水平差异。回顾性分析2018年1月至2019年1月南京大学医学院附属鼓楼医院接受手术的54例早期肺腺癌及31例肺良性肿瘤患者临床资料,检测肿瘤组织及正常肺组织(距肿瘤>5 cm)(称为:临床样本)SHOX2及RASSF1A甲基化状态,以任一基因启动子区甲基化阳性为两基因联合甲基化阳性。以病理诊断为金标准,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,分析基因甲基化阳性诊断早期肺腺癌的效能。筛选出石蜡样本中肿瘤细胞比例>80%的患者,对其肿瘤组织及正常肺组织进行mRNA高通量测序。分析两基因甲基化阳性与患者临床病理特征的关系,采用Spearman法分析临床样本和TCGA数据库样本中两基因启动子区甲基化水平与mRNA表达水平的相关性。采用基因集变异分析(GSVA)法分析两基因甲基化阳性临床肺腺癌样本和对应的甲基化阴性肺腺癌样本间京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路的差异。结果在TCGA数据库中,SHOX2启动子区甲基化岛包含6个被测序的甲基化位点,其中位点cg04532033、cg01557547甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织(均P<0.05);RASSF1A基因启动子区甲基化岛包含11个被测序的甲基化位点,其中6个位点的甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织(均P<0.05);与正常肺组织比较,SHOX2启动子区甲基化水平在Ⅰ、Ⅱ期肺腺癌组织中升高(均P<0.05);RASSF1A启动子区甲基化在肺腺癌各期中均处于较高水平(均P<0.001)。在临床54例早期肺腺癌患者中,癌组织SHOX2启动子区甲基化阳性28例,RASSF1A启动子区甲基化阳性21例,两基因联合甲基化阳性40例;31例; 丁杰葛美玲胡月刘艳红王晓巍高玒; 关键词：腺癌 DNA甲基化 RASSF1A

生物样本库项目管理流程的规范化被引量：12: 2017年; 人类即将迈入精准医学时代,对个性化治疗药物及靶标的研究验证离不开高质量临床样本的支持。生物样本库（biobank）,是遵循国际标准及行业规范、对临床生物样本及信息进行专业化的采集、处理、存储、管理及应用的医学科研平台,能够为精准医学提供理想的研究材料。建设标准化、高质量的生物样本库,有利于整合宝贵的临床样本及信息资源,对促进重大疾病基础与临床研究、; 刘艳红胡月张倩倩赵宇高玒葛美玲丁杰叶庆; 关键词：样本库项目管理流程生物样本个性化治疗信息系统

生物样本库临床及随访信息的采集和管理被引量：4: 2017年; 样本库的建设在疾病的研究中起着重要的作用。人们很早就认识到患者的临床样本是研究人体疾病的重要材料。随着对疾病的认识加深,研究人员发现,样本和样本捐赠者疾病诊治和转归的信息在研究中也起到了至关重要的作用。; 胡月刘艳红张倩倩赵宇高玒葛美玲丁杰叶庆; 关键词：样本库捐赠者临床信息生物大分子系统接口

生物样本库安全管理体系的建立与完善被引量：10: 2018年; 精准医学时代的到来促进了生物样本库的迅速发展[1],我国生物样本库的数量已经呈现逐步上升趋势。然而,生物样本库建设过程中安全管理体系的建立需要引起生物样本库建设者的高度重视。生物样本库安全管理体系需要考虑生物安全和生物安保两个层面,其中生物安全(biosafety)是指为避免微生物和医学实验室各种活动中生物因子(例如:细菌、病毒、真菌、毒素以及含有感染性病毒的各种样本)可能对人、环境和社会造成的危害,而采取的防护措施(硬件)和管理措施(软件),以达到对人、环境和社会的安全防护目的的一种综合行为[2]。而生物安保(biosecurity)是指防止病原体或毒素丢失、被盗、移出或误用造成疾病或死亡的危险而实施的方法和措施[3]。近年来,实验室安全事故频繁发生。例如,2013年南京理工大学一实验室爆炸致1人死亡,3人重伤,对人员生命和国家财产造成了巨大的损失,这与安全管理体系重视不足有关[4]。本文主要探讨生物样本库安全管理体系的建立和完善。; 葛美玲丁杰胡月高玒刘艳红叶庆; 关键词：安全管理体系生物样本生物安全安全防护生物因子

基于mRNA生物信息学分析的肺腺癌免疫基因预后风险模型建立与评估被引量：1: 2021年; 目的采用生物信息学方法构建并验证肺腺癌免疫基因预后风险模型,探究该模型对早期肺腺癌患者预后的预测潜力。方法将癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)来源的肺腺癌及正常组织数据作为训练集,将基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)来源的肺腺癌及正常组织数据作为测试集。根据免疫学数据库和分析平台(Immunology Database and Analysis Portal,ImmPort)中提供的免疫相关基因,利用生物信息学手段根据训练集数据建立预后风险模型并在测试集中进行外部验证。采用该模型对38例临床早期肺腺癌患者的转录组数据进行分析,评估高、低危组患者的临床病理参数差异。结果构建了包含12个差异表达免疫基因(CYBB、ARG2、UTS2、LIFR、SHC3、CTLA4、FGF2、SEMA7A、INHA、GPI、ANGPTL4、TNFRSF11A)的肺腺癌预后风险模型;在训练集中,该模型ROC曲线下面积(AUC^(ROC))为0.759;在测试集中,AUC^(ROC)为0.707。对于训练集及测试集中的早期肺腺癌患者,该模型也有良好的预后预测能力。在早期肺腺癌临床样本中,高风险患者与更大的肿瘤直径及更差的病理分型有关。结论该模型在训练集及测试集中都表现出良好的预后预测能力,并对临床早期肺腺癌患者预后有一定的提示作用。这些免疫基因能够为早期肺腺癌诊断、患者预后评估及新的治疗靶点研究提供方向。; 葛美玲胡月丁杰刘艳红高玒; 关键词：肺腺癌免疫基因预后模型

生物样本库中Whipple手术根治标本的规范化解剖、拍照及样本采集: 2022年; 胰腺十二指肠切除术,即“Whipple手术”,是普外科最复杂、手术并发症和病死率均很高的手术。累计手术区的癌症主要包括胰腺癌、远端胆管癌、壶腹部癌和十二指肠肠癌。胰腺位于腹膜后间隙,起源于中胚层的原肠。胚胎发育第4周,前肠和中肠交界处出现腹侧和背侧膨出,即腹胰芽和背胰芽,前者分化为腹侧胰腺,后者分化为背侧胰腺。其中,腹侧胰腺又分为左、右两叶,左叶在分化的过程中逐渐萎缩。; 葛美玲丁杰刘艳红高玒王小巍胡月; 关键词：腹膜后间隙生物样本库壶腹部癌腹侧

结直肠癌免疫细胞浸润模式及其与患者临床特征和总生存的相关性分析被引量：6: 2021年; 目的探讨结直肠癌免疫细胞浸润模式,分析免疫细胞浸润与患者临床特征及总生存(OS)的相关性。方法在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载615例结直肠癌RNA测序数据,数据更新于2019年7月19日。包括结直肠癌肿瘤组织571例、癌旁组织44例,其中具有临床资料552例,包括生存时间、生存状态、年龄、性别、临床分期、分级、肿瘤部位等信息。采用CIBERSORT工具反卷积算法,基于标准化的基因表达数据计算出22种免疫细胞的相对含量。根据CIBERSORT算法的结果验证,选取反卷积结果准确性高的样本(P<0.05),用于分析和绘图。分析免疫细胞浸润模式与患者临床特征及OS的相关性。结果采用CIBERSORT方法运行后过滤去除P≥0.05的样本,共筛选出肿瘤组织样本282例,癌旁组织样本16例;其中有临床信息者共293例,包括肿瘤组织样本277例、癌旁组织样本16例。293例样本中M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、M2巨噬细胞、CD8^(+)T细胞及未活化的CD4记忆性T细胞占总免疫细胞的比例较高;在肿瘤组织样本中,M0巨噬细胞、M1巨噬细胞、活化的CD4记忆性T细胞、未活化的自然杀伤(NK)细胞表达量较高;在癌旁组织中,初始B细胞、M2巨噬细胞、活化的NK细胞、未活化的树突细胞、未活化的肥大细胞及浆细胞等表达量较高;随着临床分期的升高,滤泡辅助性T细胞、活化的CD4记忆性T细胞、活化的NK细胞、M1巨噬细胞表达量降低,浆细胞、调节性T细胞表达量升高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。M1巨噬细胞、未活化的肥大细胞、活化的CD4记忆性T细胞、CD8^(+)T细胞、滤泡辅助性T细胞在右半结肠癌中表达量较高,而M0巨噬细胞、活化的肥大细胞在左半结肠和直肠癌中表达量较高,差异均有统计学意义(均P<0.05)。以浸润的免疫细胞的中位表达水平将患者分为高浸润组和低浸润组进行生存分析,结果显示初始B细胞浸润程度高的�; 胡月高玒丁杰葛美玲刘艳红; 关键词：结直肠肿瘤

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胡月

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