李钰莹
- 作品数：4 被引量：31H指数：4
- 供职机构：中国林业科学研究院资源昆虫研究所更多>>
- 发文基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析被引量：13
- 2017年
- [目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的69.25%和15.07%,187种重复基元中,所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%),其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.52%)和(AAG/CTT)n(4.23%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现15 908个SSR位点,其中2 792个位于编码区,出现频率为0.076 SSR/kb,而非编码区为0.344 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(1 356,48.57%)。在不同长度重复单元中,二碱基重复SSR长度变异程度最高,其次是单碱基重复。长梗杜鹃SSR的频率和长度呈显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.566。[结论]长梗杜鹃转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。
- 李太强刘雄芳万友名李正红李钰莹刘秀贤马宏
- 关键词：转录组
- 杜鹃属植物保护生物学研究进展被引量：7
- 2017年
- 杜鹃属(Rhododendron)隶属杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃花亚科(Rhododendroideae)。杜鹃或杜鹃花是杜鹃属植物的统称,为我国10大传统名花之一,因其观赏价值极高而备受园艺界青睐。文中着重论述了杜鹃属植物保护遗传学、繁殖生物学(包括繁育系统、传粉生物学、自然杂交和种子生理生态)以及种群生态学等方面的研究进展,提出了杜鹃属植物保护生物学要加强特有、稀有、濒危以及具有重要使用和科研价值种类的研究,并探讨了杜鹃属植物保护生物学研究存在的问题及发展方向,以期为杜鹃花研究与开发提供参考和借鉴。
- 马宏李太强刘雄芳万友名李钰莹刘秀贤李正红
- 关键词：杜鹃属保护遗传学繁殖生物学种群生态学
- 基于高通量测序的极小种群野生植物长梗杜鹃转录组分析被引量：5
- 2017年
- 为加强特有濒危植物长梗杜鹃资源的评价、保护和鉴定工作,及为今后遗传育种和改善其农艺性状提供有益参考。本研究采用新一代高通量测序平台Illumina Hi Seq 4000对其转录组测序,得到的数据过滤后进行de novo组装并聚类去冗余,获得74 092个Unigenes,平均长度、N_(50)、Q_(20)、Q_(30)以及GC含量分别为938 nt、1 616 nt、98.22%、95.20%和43.24%,其中1 Kb以上的Unigenes有23 879条。通过与七大功能数据库比对,分别有39 876(NR:53.82%)、38 065(NT:51.38%)、27 384(Swissprot:36.96%)、16 099(COG:21.73%)、30 401(KEGG:41.03%)、17 518(GO:23.64%)以及29 676(Interpro:40.05%)条Unigenes获得功能注释。长梗杜鹃转录组中的Unigenes根据GO功能大致可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类56亚类,其中执行生物学过程的基因最多,占41.53%;与COG数据库比对,根据其功能大致可分为25类;以KEGG数据库为参考,可归为6个代谢通路大类、32类代谢途径,并发掘出176条与人类疾病相关的Unigenes,包括内分泌及代谢疾病(167条)和抗药性(9条)。根据注释结果共检测出39 418个CDS,未注释上的Unigenes使用ESTScan预测后获得3 194个CDS。同时,预出到1 488个编码TF的Unigenes,以及检测到57 927个SNP多态位点。该转录组分析为今后长梗杜鹃乃至杜鹃属植物功能基因挖掘与利用、基因克隆、抗性机理分析、遗传资源分类和进化、分子标记开发以及分子辅助育种等研究提供了基础数据和重要参考。
- 李太强刘雄芳万友名李正红起国海李钰莹刘秀贤和锐马艳马宏
- 关键词：转录组UNIGENE功能注释单核苷酸多态性
- 重要食药两用植物余甘子遗传改良研究进展被引量：7
- 2018年
- 余甘子(Phyllanthus emblica L.)是著名的药食两用植物,其果实富含多种有效成分,具有极高的药用价值和开发潜力。但是,余甘子果实口感酸涩等缺点,严重制约了其相关产业的发展,急需对余甘子相关性状进行遗传改良。本综述论述了余甘子常规遗传改良(种质资源收集与分类,繁殖培育)和分子遗传改良(分子标记技术,转录组高通量测序技术和基因工程技术在余甘子遗传改良中的应用)的研究进展,探讨了余甘子遗传改良中存在的主要问题及发展方向,提出余甘子遗传改良应采用常规育种方法结合分子辅助育种的研究策略,为今后余甘子遗传改良研究提供参考和借鉴。
- 刘雄芳李太强李正红万友名李钰莹刘秀贤马宏
- 关键词：种质资源
