目的通过对营口市内定点监测医院2015—2016年送检1 096例样本实验室检测结果分析,了解营口市手足口病的病原构成,变迁和毒力变化,提高早期病原学检测能力,预防和控制手足口病的爆发和流行。方法收集2015—2016年间监测医院上报的《中国疾病监测信息报告管理系统》病例信息,对其急性期采集的咽拭子及粪便标本采用实时荧光PCR方法进行病原核酸检测。采用描述流行病学及相关统计学方法对结果进行分析,计数资料采用χ~2检验,P<0.05为差异有统计学意义。结果 2015—2016共采集1 096例咽拭子和粪便标本,检出核酸阳性843例,阳性率76.91%,其中人类肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)28份,占比3.32%,柯萨奇病毒16型(Coxsackie virus type 16,CoxA16)378份,占比44.84%,EV未分型437份,占比51.84%。2015年手足口病优势病原类型为CoxA6型,占2015年总阳性率的66.76%。2016年以CoxA16型为主,占当年总阳性率的78.37%。结论 2015—2016年营口市手足口病呈现不同程度流行,有明显的季节性,2015年营口市内手足口病优势病原为肠道病毒CoxA6型,2016年为CoxA16型。不同年份病原交替,是我市手足口病病原流行特征。