陈晓峰
- 作品数：4 被引量：15H指数：2
- 供职机构：西安交通大学生命科学与技术学院生物医学信息工程教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：陕西省自然科学基金国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 骨质疏松症易感基因BDNF的遗传学关联分析及功能研究被引量：6
- 2017年
- 为探索脑源性神经营养因子BDNF基因与中国汉族人群骨密度(bone mineral density,BMD)的关系,解析该基因调节骨质疏松症的功能机制,进而为中国汉族人群的骨质疏松症的防治提供依据。本研究从我国陕西地区征集了1300例汉族样本,并测量髋部/脊椎骨密度。选取BDNF基因上的14个标签SNPs进行基因分型,与1300例样本BMD进行关联分析,发现8个SNPs与髋部/脊椎BMD显著关联(P<0.05)。其中,SNP rs16917237同时与髋部和脊椎骨密度关联,经Bonferroni校正后仍表现出显著性(0.05/14=0.0036)。整合连锁不平衡和单体型分析、表观功能注释、表达数量基因座分析、代谢通路分析进一步探索BDNF基因调节骨质疏松症的机制。构建小鼠前成骨细胞系(MC3T3-E1)人骨形态形成蛋白(rh BMP-2)诱导分化模型,利用小干扰RNA(si RNA)敲除BDNF。结果显示:14个SNPs位于同一单体型内;rs16917237在成骨细胞中表现出较强的激活型组蛋白H3K4me1、H3K4me3、H3K27ac修饰信号以及P300结合信号,表明其在成骨细胞中可能具有调控活性;rs16917237在11个组织中均能显著影响BDNF基因表达;BDNF基因位于与成骨细胞增殖分化相关的MAPK通路中;BDNF敲低能够显著降低MAPK通路中与成骨分化相关的CREB基因m RNA和蛋白表达水平,提示其可能通过调控CREB表达进而影响成骨分化。生物信息学分析和功能实验结果一致,表明BDNF基因可能是影响骨质疏松症的重要功能基因。
- 杨熳卢冰婕段媛媛陈晓峰马建岗郭燕
- 关键词：单核苷酸多态性BDNF骨质疏松症成骨分化
- 结合吸烟与遗传因素交互作用鉴定骨质疏松症易感基因被引量：8
- 2018年
- 目的系统分析吸烟与骨质疏松症间的交互作用,挖掘互作基因,阐明吸烟影响骨质疏松症的功能机制。方法整合基因表达谱数据,通过双因素方差分析挖掘吸烟和骨质疏松症遗传因素互作基因,并结合通路富集分析挖掘功能性骨相关代谢通路。利用GWAS芯片,通过基因环境互作分析验证功能通路内互作基因,最后利用蛋白网络分析发掘互作基因参与的核心调控网络。结果表达谱分析鉴定了441个同时与吸烟和骨质疏松症密切相关的风险基因;通路富集分析揭示了吸烟调控骨质疏松症的潜在关键代谢通路—间隙连接;通过全基因组基因环境互作分析,我们验证了多个潜在关键风险基因,并且通过蛋白网络分析揭示了1个包含13个蛋白的潜在吸烟骨质疏松症互作核心调控网络。结论本研究发现了1个潜在的吸烟影响骨质疏松症的分子调控模型,对于相关疾病机制认识及后续药物靶点开发提供了新思路。
- 杨波陈晓峰段媛媛郭燕
- 关键词：骨质疏松吸烟基因表达谱双因素方差分析
- 骨质疏松症易感区域1p36.12非编码SNP通过远距离成环调控LINC00339的机制研究
- 全基因组关联分析（genome-wide association studies, GWAS）已成功鉴定数百个与骨质疏松症相关的风险易感变异,其中基因座1p36.12存在多个骨质疏松症相关易感变异,已被多项独立研究重复验...
- 杨铁林陈晓峰段媛媛朱东丽郭燕
- 关键词：骨质疏松症非编码增强子CRISPR
- 文献传递
- 骨质疏松易感SNP rs4325274通过增强子远程调控SOX6基因的功能机制研究被引量：1
- 2020年
- 骨质疏松症是一种典型的多基因复杂疾病,遗传力高达85%,其发病率已跃居常见疾病的第5位。尽管已经鉴定出大量骨质疏松易感SNP,但大多数SNP位点位于基因组非编码区,且功能机制未知。本研究旨在通过生物信息学分析和功能实验探究骨质疏松非编码功能性易感SNP rs4325274的分子调控机制。首先,通过表观注释发现该SNP所在区域处在增强子上,eQTL和Hi-C分析结果发现SNP调控的潜在靶基因是SOX6;然后,利用多种数据库进行Motif预测,并结合GEO数据库中的ChIP-seq数据分析进行了验证,结果发现转录因子HNF1A更倾向于结合SNP rs4325274-G碱基;进一步通过双荧光素酶报告基因实验验证了该SNP对SOX6基因表达的增强作用;最后,利用shRNA敲低转录因子HNF1A实验,检测靶基因SOX6的表达变化。以上研究结果初步解析了非编码区功能性SNPrs4325274作为增强子远程调控SOX6基因表达的分子机制,为复杂疾病非编码易感SNP的遗传调控研究提供新思路。
- 妥晓梅朱东丽陈晓峰陈晓峰郭燕郭燕
- 关键词：转录因子
