付永峰
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 供职机构：复旦大学上海医学院病原生物学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市科学技术委员会基础研究重点项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 天然人源IgG Fab噬菌体抗体库的构建及多样性分析被引量：4
- 2010年
- 目的:构建天然人源IgGFab噬菌体抗体库并分析来源于健康人外周血B淋巴细胞的抗体基因可变区的多样性及优势选择。方法:以DNA重组技术从300名健康志愿者的外周血淋巴细胞中扩增出全套人抗体轻链及重链Fd基因,分别插入噬菌体载体pFabICN相应位置,构建天然人源免疫球蛋白G基因文库;进一步从抗体库中随机挑选克隆,获得重轻链基因进行核苷酸序列测定并利用IgBLAST数据库分析抗体基因可变区的同源家族。结果:从4×108库容的天然人源IgGFab噬菌体抗体库中随机挑选克隆,对其中32个轻链及重链Fd基因插入正确的克隆进行核苷酸序列测定和氨基酸序列的推算,获得29条彼此完全不同的Fd重链基因及轻链基因。以IgBLAST数据库比对分析显示29条重链基因的V区分别属于VH3(72.4%),VH1(10.3%),VH4(6.9%),VH5(6.9%)和VH7(3.4%)基因家族。29条轻链基因分别属于Vκ1(44.8%),Vκ2(15.4%),Vκ3(11.5%),Vκ4(23.1%)基因家族和Vλ1(11.5%)基因家族。结论:以300份健康人外周血淋巴细胞的抗体基因构建的天然人源IgGFab噬菌体抗体库基因多样性良好,重链VH3基因家族存在优势表达。
- 邵红霞章黎杨彬冯萌付永峰Hiroshi Tachibana程训佳
- 关键词：免疫球蛋白重链基因
- 5株内阿米巴14-3-3蛋白序列比较及生物信息学分析被引量：1
- 2008年
- 目的比较具有不同致病性以及毒力的5株内阿米巴的14-3-3蛋白序列,并选取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株进行相关生物信息学预测,用以指导进一步实验研究。方法收集各虫株滋养体的基因组DNA,根据Gen-Bank收录的溶组织内阿米巴编码基因序列设计特异引物,以基因组DNA为模板扩增目的基因片段,测序后利用生物信息学网站的各种在线分析工具和Genetyx软件ver 13.0,对所得序列进行比较,构建分子进化树,并对溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株的14-3-3蛋白进行相关的生物信息学分析。结果5株内阿米巴属虫株均含有3个14-3-3基因,编码的氨基酸序列同源性较高,个别位点存在差异。取溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1序列与其他物种的同源蛋白比较并构建分子进化树,与种系进化过程非常吻合。根据生物信息学分析结果预测,溶组织内阿米巴HM1∶IMSS株14-3-3-1含720个碱基,编码239个氨基酸;14-3-3-2含717个碱基,编码238个氨基酸;14-3-3-3含723个碱基,编码240个氨基酸。3种异构体都带有2个14-3-3蛋白家族标记,含有多个潜在的磷酸化位点,但不含线粒体、过氧化物酶体等细胞器定位序列以及信号肽。该蛋白在大肠埃希菌中表达的半衰期>10 h。结论内阿米巴属14-3-3基因高度保守。生物信息学分析结果提示14-3-3蛋白是研究物种进化的理想分子。
- 林育涛付永峰程训佳Hiroshi Tachibana
- 关键词：溶组织内阿米巴生物信息学
