张思源
- 作品数：8 被引量：17H指数：2
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- 相关领域：农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 西藏牦牛ATGL基因克隆及生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 为了研究西藏牦牛ATGL基因的理化特性及分子结构,试验采用PCR扩增和DNA测序技术以及生物信息学分析软件对西藏类乌齐牦牛ATGL基因进行克隆测序和生物信息学分析。结果表明:西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区全长为1 461 bp,可编码486个氨基酸,其中A、T、G、C碱基含量分别为17.2%、17.9%29.0%、35.9%,A+T为35.1%,G+C为64.9%;相对分子质量为53 417.9,理论等电点为6.83,在构成该蛋白所编码的氨基酸中亮氨酸(Leu)和脯氨酸(Pro)的含量最高,分别为13.4%和9.5%,总的带正电(Arg+Lys)和负电(Asp+Glu)残基分别为46和47;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区核苷酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的核酸序列一致性分别为99.58%、87.52%、87.78%、96.26%、95.93%、67.63%、64.44%、82.65%;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码氨基酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的氨基酸序列一致性分别为99.79%、87.45%、87.66%、95.06%、96.09%、73.14%、69.56%、87.53%;ATGL蛋白为不稳定的跨膜蛋白,无信号肽;其二级结构主要以α-螺旋、β-折叠以及无规卷曲为主,其中94个氨基酸残基参与了16个α-螺旋的形成(占39.11%),35个氨基酸残基参与了9个β-折叠的形成;在三级结构中,其N端存在1个Patatin结构域。说明西藏牦牛ATGL基因在编码区序列存在明显的碱基偏倚性,在进化关系上ATGL基因无论核苷酸序列还是氨基酸序列都有较高的保守性。
- 杨琴柴志欣宋乔乔张思源陈攀攀廖珂钟金城
- 关键词：西藏牦牛克隆测序生物信息学分析
- miR-383在牦牛、犏牛睾丸组织中的差异表达及功能预测被引量：2
- 2016年
- 本研究旨在分析miR-383成熟体在雄性牦牛和犏牛F1代睾丸组织中的差异表达,以了解其在精子形成中的重要作用。以发育成熟的牦牛和犏牛睾丸组织为材料,利用实时荧光定量PCR方法检测miR-383成熟体在牦牛及犏牛睾丸组织中的差异表达情况;利用TargetScan和miRanda数据库获得miR-383的靶基因集合,通过David和Gene Ontology在线软件分析miR-383靶基因的生物学功能。实时荧光定量PCR结果显示miR-383成熟体在牦牛和犏牛F1代睾丸组织中表达显著差异(P<0.05),在牦牛睾丸组织中表达量较高,靶基因预测共获得131个靶基因,GO分析及KEGG信号通路分析得到miR-383靶基因功能,这些靶基因参与了细胞增殖、凋亡、核酸合成调控等过程。结合miR-383成熟体的表达差异和靶基因功能预测结果,miR-383可能参与生殖细胞的分化及精子形成调控,为miR-383在犏牛生殖细胞中的功能与调控机制研究提供了理论依据。
- 廖珂柴志欣张思源钟金城
- 关键词：牦牛犏牛精子发生雄性不育生物信息学分析
- 牦牛和犏牛DDX25/GRTH基因序列及其在睾丸组织的表达水平被引量：2
- 2015年
- 为了解DDX25基因的结构、功能及对犏牛雄性不育的影响。采用RT-PCR技术克隆获得牦牛和犏牛的DDX25基因,对核苷酸序列和氨基酸序列进行生物信息学分析,运用实时荧光定量PCR技术检测睾丸组织DDX25 mRNA的表达情况。结果表明,牦牛和犏牛DDX25基因编码区序列全长均为1 452bp,编码483个氨基酸,氨基酸存在19个磷酸化位点,无信号肽。牦牛睾丸组织DDX25基因表达水平显著高于犏牛,DDX25基因在犏牛睾丸组织的低表达与其雄性不育存在一定关系,该基因可作为研究犏牛雄性不育的候选基因。
- 张思源柴志欣彭娅林钟金城
- 关键词：牦牛犏牛雄性不育
- 基因组学技术及其在水产动物研究中的应用综述被引量：1
- 2017年
- 自人类基因组计划完成以来,基因组学进入功能研究时代。基因组研究技术引入水产动物的研究后,推进了水产动物基因组的结构和功能研究,解析和诠释了水产动物生物学现象的遗传基础和分子机制,在遗传育种、疾病防治和医药等方面的研究应用也取得较大进展。本文综述了基因组学研究中的测序技术、DNA分子标记技术、基因芯片、RNAi和基因编辑等技术的研究现状,总结这些技术在水产动物中的研究应用,分析其在水产动物研究中的机遇和挑战,为水产动物的发育、繁殖和抗逆育种等研究应用提供重要基因资源基础。
- 张思源欧江涛王资生柴志欣钟金城
- 关键词：基因组测序技术功能基因组学水产动物
- 牦牛高原低氧适应研究进展被引量：11
- 2016年
- 人们对不同海拔地区的动物进行解剖学比较并利用基因组学等现代生物技术进行系统分析,得到了低氧适应解剖学依据并挖掘出100多种与低氧适应相关的重要候选基因,初步揭示了一些高原动物低氧适应的遗传基础和分子机制。牦牛是生活在青藏高原上的特有物种,是研究高原适应极好的模式动物,具有重要的研究价值。本文从牦牛的组织解剖、生理生化、低氧适应基因等方面综合分析了牦牛对低氧环境适应的研究进展,为揭示牦牛低氧适应的分子机制和牦牛遗传育种研究提供理论依据和参考资料。
- 张思源柴志欣钟金城
- 关键词：牦牛低氧适应分子机制
- 基于动态幻影的轻量级人体姿态估计
- 2024年
- 针对当前轻量级人体姿态估计网络在减少参数量和计算复杂度时未能有效提高检测精度的问题,提出了基于动态幻影的轻量级人体姿态估计网络(dynamic ghost network,DGNet)。DGNet采用一种创新的方法,能够简洁有效地提取上下文信息,实现在不增加参数量和计算复杂度的情况下提高模型的表征能力进而提升性能。具体而言,模型使用动态混洗和幻影操作构建2个全新的轻量级模块——动态幻影瓶颈模块(dynamic ghost neck module,DGNeck)和动态幻影基础模块(dynamic ghost basicblock module,DGBlock)。DGNeck将卷积运算替换为代价较小的线性运算进而降低网络参数和计算复杂度,同时DGBlock动态聚合多个通道并混洗,获取特征图精确位置信息以提高检测精度。同等条件下的实验结果表明,与现有的Lite-HRNet模型相比,DGNet模型在COCO校验集上计算复杂度下降了4.8%,准确率提高了2.3%,而在MPII校验集上计算复杂度降低了3.7%,准确率提高了0.7%。
- 张思源张思源罗倩杜康宁张帆
- 关键词：轻量级
- 牦牛非编码RNA及在遗传学中的教学初探
- 2015年
- 非编码RNA(non-coding RNA,nc RNA)虽不表达蛋白质,但其在细胞生命活动中起着重要的功能,主要在基因转录水平、转录后水平和翻译水平通过与靶标相互作用而发挥调控作用,涉及一系列生命过程如细胞增殖、发育、分化、代谢、信号转导和免疫调控等,现已成为生命科学研究领域的前沿热点之一。文章从非编码RNA及其在牦牛中的研究进展以及在遗传学中的教学应用几个方面进行了综述,以期为牦牛遗传育种和遗传教学提供参考。
- 欧江涛梁慧星赵卫红张思源柴志欣钟金城
- 关键词：牦牛非编码RNA遗传育种
- 罗氏沼虾抗螺原体感染肝胰腺比较转录组分析
- 罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii)是我国三大淡水虾养殖品种之一，目前罗氏沼虾出现性成熟提前，生长速度缓慢，抗病能力下降等现象，其中开展针对罗氏沼虾抗病相关研究，对该动物的保护与开发利用具有十分重...
- 张思源季文博欧江涛钟金城
- 关键词：罗氏沼虾螺原体固有免疫信号通路
