吕春伟
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：青岛农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 快长系F1鹅主要组织相容性复合物Ⅰ基因的克隆与序列分析
- 2014年
- 根据GenBank中已发表的鸭科(Anatidae)雁属水禽主要组织相容性复合物Ⅰ(major histocompatibility complexⅠ,MHCⅠ)基因的多重比对确定保守序列,用Primer Premier 5.0软件在保守序列区域设计1对特异性引物,从快长系F1鹅的基因组DNA中扩增获得MHCⅠ基因片段序列,采用DNAsis、Mega 5.10、BLAST等多种生物学软件对核苷酸序列和氨基酸序列的结构、性质和功能进行分析。结果显示,克隆的F1鹅MHCⅠ基因片段长1036bp,编码96个氨基酸,与NCBI中五龙鹅MHCⅠ基因和编码序列的同源性达93%和83%,有72处碱基序列不同,16个氨基酸发生改变。与其他家禽也有较高的同源性,亲缘关系依次为四季鹅>鸡>鸭。F1鹅MHCⅠ基因片段编码蛋白分子质量为11.342ku,PI值为5.32,不稳定系数为34.92,脂肪系数为42.81,平均疏水性为-1.066,可能存在9个B细胞抗原表位,但不含信号肽,提示该蛋白为亲水性的非分泌蛋白,具有较高的免疫原性。在蛋白的二级结构中α-螺旋占31.25%,β-折叠占16.67%,β-转角占14.58%,无规则卷曲占37.50%,三级结构呈现近似哑铃型,具有2个结构域:氨基末端结构域和羧基末端结构域。因此,环境中的病原压力使MHC基因在物种之间和种群的个体之间都产生了明显差异,存在着多态性MHC分子与多样性抗原肽相互作用的关系。MHC决定着疾病易感性个体的差异,是研究疾病抗性的最佳候选标记基因。
- 杨丽金朱峰伟吕春伟朱新产
- 关键词：克隆生物信息学
- GPV YZ株非结构蛋白1基因的克隆及序列分析被引量：1
- 2014年
- 对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1 881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的分支。对应GPVNS1-YZ的同源区段序列（293-524）含231个氨基酸,分子量为26.446 kDa、PI=6.04,带负电的氨基酸30个,带正电的氨基酸28个,体外表达半衰期为5.5 h时,不稳定系数为40.23,脂肪系数为78.01,平均疏水值为-0.43,表明这一蛋白质为亲水性蛋白;该蛋白还存在9个抗原肽的位置：55-69,185-195,94-129,156-167,19-30,76-83,6-12,205-210,40-45,出现16个可能的B细胞抗原表位,表明它具有较高的免疫原性;但不存在跨膜片段,也不含信号肽和二硫键,可能不会分泌到宿主细胞的细胞膜外发生作用;其二级结构包含α-螺旋占30.74%,β-折叠占17.32%,无规则卷曲占51.95%,三级结构近似球状,包含一个SF3解旋酶超家族的DNA病毒解旋酶功能域（AA17-AA173）,提示鹅细小病毒的非结构蛋白1可能在感染发生后参与病毒DNA自我复制中的DNA解旋过程。
- 吕春伟朱峰伟杨丽金朱新产
- 关键词：鹅细小病毒非结构蛋白基因
