袁友浪
- 作品数：5 被引量：11H指数：1
- 供职机构：上海大学理学院化学工程与工艺系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：医药卫生理学化学工程更多>>
- 蛋白-核酸相互作用的支持向量机预测模型被引量：1
- 2010年
- 与核酸作用的蛋白质在基因功能许多方面扮演着极其重要的角色,预测蛋白质是否与核酸作用在生物信息学领域受到广泛关注。本文用氨基酸组成、氨基酸物化特性和蛋白质结构等信息作为特征参数,通过支持向量机方法预测了与核酸作用的蛋白质。分别取与rRNA,RNA和DNA作用的3个蛋白质数据集,用SVM训练,筛选最优核函数,优化核函数参数,建立分类判别模型,并用于预测蛋白质是否与核酸作用。结果表明:即使对同源相似性低于40%的蛋白质,通过用10-crossvalidation(交叉验证)方法测试上述3个数据集都分别有93.75%、83.41%、81.85%的预测正确率。用外部测试集测试所得模型分别有93.8%、84.2%、81.9%的预测正确率。在此基础上,我们建立了1个预测蛋白质与核酸是否作用的网上在线软件系统。网址是:http://chemdata.shu.edu.cn/protein_na。
- 袁友浪刘亮钮冰陆文聪蔡煜东
- 关键词：蛋白质核酸支持向量机
- 截留相对分子质量1000的超滤膜对生物碱和环烯醚萜类物质的透过率及其定量构效关系研究被引量：10
- 2011年
- 目的:以中药水提液中生物碱、环烯醚萜两大类主要药效物质为研究对象,初步建立中药药效物质分子结构和超滤膜透过/截留率间的定量构效关系模型,为探讨中药水提液超滤机制,对中药膜技术应用系统进行优化设计奠定基础。方法:测定截留相对分子质量1 000的3种不同材质的超滤膜对8种生物碱和环烯醚萜类化合物的透过率,优选偏最小二乘法、支持向量机等方法建立化合物膜透过率与结构参数之间的相关性模型。结果:采用偏最小二乘法、支持向量机法建模,分别得到3种超滤膜对8种化合物的定量构效关系模型,相关系数较好,均在0.9以上。模型入选参数包括最低未占据分子轨道(LUMO),油水分配系数(AlogP),分子折射率(CMR),分子连接性指数(K&H2,K&H3)。结论:超滤膜对8种生物碱与环烯醚萜类化合物的透过率与化合物相对分子质量间并不是呈简单的线性相关,化合物的得失电子能力、亲水/疏水性以及空间结构对其超滤膜透过率影响最大。
- 董洁郭立玮李玲娟袁友浪
- 关键词：生物碱环烯醚萜构效关系
- 基于最近邻算法的酶和底物相互作用分类在线预报方法
- 本发明公开了一种基于最近邻算法的酶和底物相互作用分类在线预报方法，该方法步骤：(1)建立最近邻算法学习训练所需的酶序列和底物官能团数据集；(2)酶和底物数据集转换：将酶序列和底物官能团的数据集转换成可用于模型训练的特征数...
- 朱昱倍钮冰陆瑾陆文聪袁友浪
- 文献传递
- 应用机器学习算法预报蛋白质与核酸的相互作用
- 袁友浪
- 关键词：生物信息学
- 基于支持向量机的蛋白质与核酸相互作用在线预报方法
- 本发明公开了一种基于支持向量机对蛋白质与核酸相互作用在线预报方法，该方法包括如下步骤：1.建立蛋白质序列数据集的训练样本集；2.蛋白质序列数据集转换；3.支持向量机训练生成的蛋白质特征数据集；4.需要预报蛋白质序列的读入...
- 袁友浪陆文聪刘亮钮冰彭淳容
- 文献传递
