孙瑞
- 作品数：3 被引量：13H指数：1
- 供职机构：南开大学环境科学与工程学院环境污染过程与基准教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金天津市应用基础与前沿技术研究计划天津市应用基础与前沿技术研究计划重点项目更多>>
- 相关领域：环境科学与工程农业科学更多>>
- 典型超微细菌降解邻苯二甲酸二丁酯的途径及水合酶的表达纯化研究被引量：1
- 2016年
- 典型超微细菌菌株PAE-UM属于β-变形菌门丛毛单胞菌属(Curvibacter sp.),是革兰氏阴性菌株,可利用DBP作为唯一碳源。利用流式细胞仪检测细菌生长情况,并采用高效液相色谱测定DBP的浓度,结果显示该菌对DBP的降解率为94%,菌株最大生长速率为0.237 2 h-1。已经完成了该菌株的全基因组测序,Gen Bank登录号为LKCX00000000。通过全基因组数据分析及文献对比发现该菌在降解邻苯二甲酸二丁酯的途径中,4-oxalomesaconate水合酶(OMH)是原儿茶酸间位裂解代谢途径中的关键酶,具有催化4-oxalomesaconate(OMA)降解为4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate(CHA)的能力,该酶是降解邻苯二甲酸酯过程中的关键酶之一,也是芳香化合物降解过程中的重要降解酶。利用蛋白结晶技术及分子生物学手段,对关键酶(OMH)进行分子构建,表达、纯化、结晶的筛选,应用X-ray衍射技术对关键酶的晶体进行衍射,获得晶体的衍射数据,进行关键酶的三维结构解析。Curvibacter sp.PAE-UM菌株中的OMH蛋白在大肠杆菌中得到表达,经多种方法纯化后筛选获得了纯度大于95%的蛋白,并经试剂盒筛选获得高质量的蛋白质晶体。在上海光源同步辐射(SSRF)BL^(-1)9U线站收集数据,通过X射线衍射实验收集到分辨率达到2.00的衍射数据,并使用软件HKL2000进行了数据处理与修正,该OMH的结构解析为2.00。后续将通过该关键酶的三维结构的解析进一步阐明该菌降解PAEs的分子机理。
- 马丹孙瑞权伟王莹莹
- 关键词：邻苯二甲酸酯水合酶蛋白表达纯化
- 寡营养条件下超微细菌对邻苯二甲酸酯的生物降解被引量：1
- 2015年
- 从松花江干流下游的底泥中分离并筛选出能够在寡营养条件下降解邻苯二甲酸酯(PAEs)的超微细菌菌群,研究了该菌群对4种PAE——邻苯二甲酸二甲酯(DMP)、邻苯二甲酸二丁酯(DBP)、邻苯二甲酸二乙酯(DEH)、邻苯二甲酸(2-乙基己)酯(DEHP)的降解能力。结果表明,4种PAE均可作为菌群的唯一碳源,菌群对4种PAE有不同的比生长速率和最大降解速率,比生长速率从大到小为DMP(0.176h^(-1))、DBP(0.158 5 h^(-1))、DEP(0.140 9 h^(-1))、DEHP(0.107 6 h^(-1)),最大降解速率从大到小为DEP(0.098 mg/(L·h))、DBP(0.062 7 mg/(L·h))、DMP(0.061 mg/(L·h))、DEHP(0.051 5 mg/(L·h))。利用极度稀释法从该菌群中分离出1株典型寡营养超微细菌菌株,命名为PAE-UM,根据16S rDNA序列系统发育分析,鉴定为丛毛单胞菌属(Curvibacter sp.)。
- 孙瑞韩东东马丹王莹莹
- 关键词：环境工程学邻苯二甲酸酯生物降解流式细胞术
- 天津团泊湖地区盐碱土壤中可培养微生物群落结构和归属分析被引量：11
- 2013年
- 为了解天津团泊湖地区盐碱土中可培养耐盐碱细菌的多样性,以HorikoshiⅡ为基础培养基,在pH 7~9.5、NaCl浓度0~15%范围内,对天津团泊湖地区盐碱土土壤样品中可培养耐盐碱细菌进行分离,并对它们进行16S rDNA序列测定和系统进化分析,共得到不同表型的细菌75株。结果表明,这些分离菌株分别属于芽孢杆菌属（Bacillus）、微小杆菌属（Exiguobacterium）、海洋芽孢杆菌属（Oceanobacillus）、鱼露芽孢杆菌属（Jeotgalibacillus）和微球菌属（Micrococcus）。芽孢杆菌属和海洋芽孢杆菌属是天津团泊湖可培养耐盐碱菌的优势细菌种群,它们分别占已测种群的48%（36株）和24%（18株）。大多数菌株与已知的系统发育关系密切的已知典型菌株之间存在一定的遗传差异（16S rDNA序列的相似性为99.6%~99.9%）,其中至少有4个菌株（TJTB06、TJTB32、TJTB50和TJTB51）代表潜在的新菌株。天津团泊湖地区存在较为丰富的耐盐碱菌种群,并且潜藏着较多的新种种源,极具进一步发掘研究的价值。
- 冯伟孙瑞高广海王莹莹
- 关键词：系统发育分析细菌多样性
