石铁流
- 作品数：38 被引量：133H指数：6
- 供职机构：华东师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术农业科学更多>>
- 钩端螺旋体OmpL1抗原表位预测、克隆和表达被引量：3
- 2005年
- 目的 应用生物信息学方法预测钩体外膜蛋白OmpL1的表位 ,结合基因工程手段进行表位重组、表达和分离纯化。方法 用预测程序ProPred和ANTIGENIC预测OmpL1的表位 ,PCR合成重组表位基因片段 ,克隆PCR产物构建表达质粒 pGEX/Omp Omp ,测序验证。对含有该质粒的大肠杆菌BL2 1(DE3)进行诱导表达 ,表达产物westernblot分析并纯化融合蛋白。结果 预测到 2个既具有MHC结合肽特性又具有B细胞表位特征的肽段。重组表位基因序列与理论设计完全一致。IPTG诱导BL2 1(DE3)中高效表达Mr约 30 0 0 0的融合蛋白 ,纯化后蛋白纯度 >90 %。结论 成功构建原核表达质粒pGEX/Omp Omp ,并进行含重组表位的GST融合蛋白的分离纯化 ,为OmpL1的表位研究和应用于亚单位疫苗奠定了基础。
- 杨榆玲褚嘉祐郭晓奎石铁流黄小琴俞建昆
- 关键词：OMPL1抗原表位钩端螺旋体
- 计算方法在蛋白质相互作用研究中的应用被引量：8
- 2005年
- 计算方法在蛋白质相互作用研究的各个阶段扮演了一个重要的角色。对此,作者将从以下几个方面对计算方法在蛋白质相互作用及相互作用网络研究中的应用做一个概述:蛋白质相互作用数据库及其发展;数据挖掘方法在蛋白质相互作用数据收集和整合中的应用;高通量方法实验结果的验证;根据蛋白质相互作用网络预测和推断未知蛋白质的功能;蛋白质相互作用的预测。
- 曹建平马义才李亦学石铁流
- 关键词：蛋白质功能预测蛋白质相互作用网络蛋白质间相互作用
- 系统生物学的现状与展望被引量：6
- 2005年
- 作为生物学的一个新领域,系统生物学的兴起及发展为研究生命活动提供了一个全新的思路和方法,它将各种组学的方法综合起来,通过高通量的实验手段,从转录组、蛋白质组、代谢组等方面多层次、全方位地对生物体内的生命活动进行检测,同时利用生物信息学的方法和手段对相关的数据进行分析及整合,并在此基础上,对相关的生命活动进行模拟,以期系统地研究和阐明生命活动的规律。本文简单介绍了系统生物学的现状,研究的内容及方法,并对今后的发展提出了一些想法。
- 石铁流李亦学
- 关键词：系统生物学高通量基因调控网络蛋白质相互作用网络生命活动生物信息学
- 钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量：4
- 2006年
- 问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．
- 孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学
- 关键词：问号钩端螺旋体
- 数据库整合基础上的信号传导途径和代谢途径的动态重现与动态模拟
- 石铁流陈正军林建成俞晓晶刘琪袁海心陈名李亦
- 建立了拟南芥蛋白质相互作用的预测数据库；开发了新的整合蛋白质相互作用的预测方法的算法；开发了预测siRNA效率的方法。为相关研究提供信息。
- 关键词：
- 关键词：信号传导代谢途径
- 大规模蛋白质功能预测方法的进展被引量：3
- 2005年
- 全基因组测序的快速发展在获得大量序列信息的同时也迫切需要获取功能信息,用生物信息学方法进行大规模蛋白质功能预测在这种需求中获得发展。这些预测方法从基于序列同源性发展到基于genomic -context获得功能相关蛋白质对。基于genomic- context的方法具体有基因融合、染色体邻近、相似系统发生谱等。由于各种方法的偏向性,最新的趋势是整合多种方法的数据,组成蛋白质相互作用网络,通过分析网络的结构进行蛋白质功能预测。
- 曾岚徐晋麟李亦学石铁流
- 关键词：网络
- 基于郑州甲型H1N1流感疫情来评估相关诊断标准
- 2012年
- 目的基于郑州市2009年5月至2010年1月甲型H1N1流感疫情来评估甲型H1N1流感诊断标准。方法对疫情进行流行病学分析，使用卡方检验检测数据中所记录特征间的关联，通过Logistics回归、潜在类别分析分别评估了甲型H1N1流感病毒检测试剂盒三组探针和除其以外是否需额外的特征用于临床诊断。结果流行病学分析表明平均世代时间为（3．59±1．41）d（[2．01，7．26]），感染率为0．258±0．0883，再生数为1．94（[1．12，3．18]）。统计模型结果表明，三组探针、性别、年龄、体温均与甲型H1N1流感相关并且加入性别等特征，预测结果有显著性的提高。结论甲型H1N1流感诊断中，试剂盒三组探针和其他额外特征应一起作为标准来诊断甲型H1N1流感。
- 常畅王军伟周晓霞常战军李晓涛石铁流
- 关键词：流感病毒A型流行病学
- 人类基因组单核苷酸多态性和单体型的分析及应用被引量：48
- 2005年
- 单核苷酸多态性是人类基因组中最丰富的遗传变异。单体型是指位于一条染色体上或某一区域的一组相关联的SNP等位位点,单体型已经成为近年来人类遗传研究的组成部分。人类基因组单体型图(HapMap)计划的目标就是构建人类DNA序列中多态位点的常见模式,找出代表整个人类基因图谱之中的SNP集合的标签SNP。在复杂性疾病研究中,由多个变异位点组合构成的单体型分析优于单个SNP的分析。文章论述了SNPs、基因型、表现型的定义与HapMap计划的一些情况,综述了单体型的3种推断算法和单体域的不同定义与构建方法,同时介绍了标签SNP的选择及单体型与复杂疾病关联分析的方法,可利用公共SNP数据库的情况以及SNPs与单体型在复杂疾病与药物反应方面的应用。
- 李婧潘玉春李亦学石铁流
- 关键词：SNPS单体型复杂性疾病
- 一种基于结构域的蛋白质功能分类预测新方法被引量：3
- 2004年
- 从已知的蛋白质序列数据出发,预测蛋白质的功能是生物信息学研究的一项重要任务.常见而有效的一种方法是将蛋白质按照其序列特征归并到不同的功能类中去.据此应用最大似然估计(MLE)算法,我们发展了一种以蛋白质结构域组成特征为基础的方法,对蛋白质进行功能分类.运用此方法及根据文献发展的另一种方法对酵母(Saccharomycescerevisiae)基因组进行了预测,并对2种方法进行了比较.结果表明,MLE方法预测明显优于另一种方法.MLE方法的特异性达到75.45%,敏感性达到40.26%,也说明结构域是蛋白质的一个重要特性,它与蛋白质的功能紧密相关.
- 俞晓晶林建成石铁流李亦学
- 关键词：蛋白质功能结构域敏感性蛋白质序列蛋白质结构生物信息学
- 猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8
- 2006年
- 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
- 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
