吕佳
- 作品数：15 被引量：14H指数：2
- 供职机构：中国海洋大学更多>>
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- 虾夷扇贝AMPK基因家族的鉴定及表达
- 2024年
- 为了解AMPK基因家族在虾夷扇贝中的特征、进化及生物学功能,实验采用比较基因组学及生物信息学的方法对虾夷扇贝AMPK基因家族进行了鉴定、基因与蛋白结构分析、系统发生分析以及时空表达分析,通过虾夷扇贝亚致死温度胁迫实验,研究了AMPK基因家族在高温胁迫时的表达规律。结果显示,虾夷扇贝基因组中共存在3个AMPK家族基因,即PyAMPKα、PyAMPKβ、PyAMPKγ。时空表达分析发现,PyAMPK的3个家族基因在D型幼虫期之前均呈现较高的表达量,其中PyAMPKα基因在受精卵时期表达量最高,PyAMPKβ基因在囊胚时期表达量最高,PyAMPKγ基因在受精卵和2~8细胞时期的表达量达到最高水平。PyAMPK在虾夷扇贝成体器官中呈现不同的表达模式,其中肾脏表达量最高,其次是鳃。受高温胁迫后,肾脏和鳃中的PyAMPK基因短时间内呈现显著的上调表达,并随着时间延长呈现先上升后下降的趋势。研究表明,AMPK基因家族参与了虾夷扇贝早期胚胎发育过程的能量代谢调节以及机体面对高温胁迫的应激调节过程。本研究有助于理解贝类AMPK基因的功能和进化,并为深入阐明贝类应对高温胁迫时的能量调节机制提供理论基础。
- 吕珍立黄晓文孙凤芝邢强王静刘平平刘平平吕佳
- 关键词：虾夷扇贝基因鉴定高温胁迫
- 一种高通量全基因组DNA甲基化检测技术
- 本发明的目的在于提供一种高通量全基因组DNA甲基化检测方法，用甲基化修饰依赖性限制性酶FspEI对基因组DNA进行酶切，基因组中CG 或 CHG 位点上的甲基化修饰均可以被 FspEI 识别，酶切后产生具有核心甲基化位点...
- 王师吕佳包振民张玲玲胡晓丽陆维
- 文献传递
- 一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法
- 本发明公开了一种用于高通量测序文库制备的微量贝类DNA提取方法。选取微量贝类鳃丝组织，仅需细胞裂解液和蛋白酶K，进行细胞裂解、蛋白质消化，稀释上清，由此得到的基因组DNA，可以直接用来制备高通量测序文库。DNA提取所需的...
- 王师张天琦刘平平吕佳马岑包振民
- 应用MSAP技术研究扇贝全基因组DNA甲基化水平被引量：9
- 2013年
- DNA甲基化作为真核生物基因组重要的表观遗传学修饰,对生物体基因的表达有重要的调控作用。为获得扇贝基因组DNA甲基化修饰水平及模式等表观遗传学信息,以栉孔扇贝(Chlamys farreri)、海湾扇贝(Argopecten irradians)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)以及本课题组培育的"海大金贝"为材料,建立了甲基化敏感扩增多态性方法(Methylation-sensitive amplified polymorphism,MSAP)的反应体系,利用该方法对其基因组DNA CCGG区域的甲基化水平进行分析。结果表明,本研究筛选得到的引物组合可用于贝类DNA甲基化的研究,在栉孔扇贝、海湾扇贝、普通虾夷扇贝和"海大金贝"的甲基化比例分别为32.08%、25.99%、32.88%和34.97%。几种扇贝基因组CCGG序列中,胞嘧啶的全甲基化率要高于半甲基化率,推测扇贝基因组中主要的甲基化模式是CpG型。通过对"海大金贝"和普通虾夷扇贝闭壳肌甲基化谱进行比较,筛查得到46个差异位点,这些位点可能参与"海大金贝"闭壳肌积累类胡萝卜素的调控。
- 吕佳侯睿李宁王宸张玲玲胡晓丽王师包振民
- 关键词：扇贝DNA甲基化甲基化敏感扩增多态性
- 一种大量样本同时分型的方法
- 本发明提供一种大量样本同时分型的方法，能够通用于多种测序平台的SNP筛查和分型。本发明选用II B型限制性内切酶对提取的基因组DNA进行酶切，并在酶切片段的两端加上接头，且其中一个接头从5'至3'端包括有测序平台的通用测...
- 王师焦文倩包振民吕佳付晓腾张玲玲胡晓丽
- 文献传递
- 一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法
- 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标...
- 王师包振民窦锦壮窦怀乾张玲玲吕佳
- 一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法
- 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标...
- 王师包振民窦锦壮窦怀乾张玲玲吕佳
- 文献传递
- 一种串联RAD标签测序文库的构建方法
- 本发明公开了一种串联RAD标签测序文库的构建方法，步骤为：1）酶切：利用内切酶对DNA进行酶切反应；2）接头连接：对酶切片段分别连接接头，接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序...
- 王师包振民刘平平吕佳张玲玲
- 文献传递
- 高效低成本全基因组DNA甲基化检测技术(MethylRAD-Seq)的建立及其在海洋贝类中的应用
- DNA甲基化(DNA methylation)是真核生物基因组 DNA的一种重要的表观遗传学修饰,在维持高等生物正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育、衰老以及人类肿瘤的发生等生物学过程中起着重要作用。基因组DNA甲基化通过调...
- 吕佳
- 关键词：DNA甲基化海洋贝类
- 文献传递
- 一种高通量全基因组DNA甲基化检测技术
- 本发明的目的在于提供一种高通量全基因组DNA甲基化检测方法，用甲基化修饰依赖性限制性酶FspEI对基因组DNA进行酶切，基因组中CG 或 CHG 位点上的甲基化修饰均可以被 FspEI 识别，酶切后产生具有核心甲基化位点...
- 王师吕佳包振民张玲玲胡晓丽陆维
- 文献传递
