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李艳明: 作品数：10 被引量：67H指数：5; 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重大科学仪器设备开发专项更多>>; 相关领域：医药卫生生物学更多>>

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miRNAs在肝癌干细胞中的作用被引量：2: 2014年; MicroRNAs(miRNAs)是一类参与转录后调控的小分子RNA,它在调控细胞的增殖、分化及肿瘤的形成等多种生理及病理过程中发挥着重要的作用.肝癌干细胞是肝癌组织中具有自我更新能力和分化潜能的一个微群体,它能够启始肝癌的发生,并且与肝癌的抗药性及复发等密切相关.已经有研究表明miRNAs对肝癌干细胞的发生发展起着重要的调控作用,包括致癌和抑癌的作用,因此总结miRNAs在肝癌干细胞中作用,有助于更好理解肝癌干细胞的特性及肝癌肿瘤生物学.近年来,除了传统的分子生物学手段,组学和系统生物学研究策略的运用也为miRNAs在肝癌中的研究提供了新的思路.鉴于此,深入研究miRNAs在肝癌干细胞中的分子机制,将为靶向肝癌干细胞的临床治疗提供新的途径.; 刘淑阁李艳明方向东; 关键词：MIRNAS 肝癌干细胞肝癌

珠蛋白基因的转录调控与红细胞分化发育研究进展被引量：7: 2013年; 红细胞是具有重要生理功能的血液细胞。成年人的红细胞主要来源于分布在胸骨、椎骨、肋骨等扁骨内的红骨髓。红骨髓中的髓系多能干细胞分化成红系定向祖细胞，红系定向祖细胞在促红细胞生成素（EPO）的作用下，能增殖分化为原红细胞。原红细胞经过有丝分裂、增殖成为网织红细胞，进而发育成为成熟红细胞。红细胞成熟时没有细胞核和细胞器，胞质内充满血红蛋白，具有携带氧气和二氧化碳的功能。; 李艳明熊倩方向东; 关键词：珠蛋白基因红细胞分化转录调控异染色质核基质结合区

miRNA调控恶性黑色素瘤细胞上皮-间充质转化的分子网络及机制被引量：9: 2015年; 黑色素瘤是一种极易发生转移的恶性皮肤肿瘤,具有高度的致死性。上皮–间充质细胞转化(Epithelial-mesenchymal transition,EMT)在胚胎发育过程中起到非常重要的作用,同时在肿瘤的发生和恶化过程中也扮演着重要的角色。mi RNA具有广谱的调节能力,对于肿瘤发生和EMT形成都能产生不同程度的影响。本文整合黑色素瘤细胞系转录组和mi RNA组测序数据,在转录组数据中筛选得到参与肿瘤EMT过程的基因,通过Mirsystem软件预测并从mi RNA组数据中筛选出与之负相关的11个mi RNA,包括mi R-130a-3p、mi R-130b-3p、mi R-125a-5p、mi R-30a-3p、mi R-195-5p、mi R-345-5p、mi R-509-3-5p、mi R-374a-5p、mi R-509-5p、mi R-148a-3p和mi R-330-3p。经过生物信息学分析mi RNA靶基因富集的分子网络和信号途径,发现了两个与细胞发育和细胞间相互作用密切相关的网络,以及多个参与调控EMT过程的信号通路。对11个mi RNA进行分子生物学验证,发现mi R-195-5p、mi R-130a-3p、mi R-509-5p和mi R-509-3-5p共4个可以调节重要肿瘤基因的mi RNA。本研究运用m RNA和mi RNA两种转录组的测序数据筛选EMT相关mi RNA的方法,为肿瘤多组学数据整合分析提供了新的研究思路,并以期能为肿瘤精准基因组学的发展发挥重要的推进作用。; 王冬李永君丁楠王均云杨琼杨雅冉李艳明方向东赵华; 关键词：转录组

长链非编码RNA通过细胞核高级结构调控真核基因表达及其临床意义被引量：11: 2017年; 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白质的RNA。近年来,随着染色质构象捕获及转录组测序等技术的发展,lncRNA与染色质构象间的关系越来越受到重视。多项研究表明,lncRNA在基因调控网络中具有重要的作用,可通过影响细胞核高级结构的动态变化来调控真核基因的表达。因其广泛的基因调控功能及在肿瘤发生过程中的重要作用,lncRNA被认为是未来肿瘤临床诊断和预后判定的新型标志物之一。本文旨在介绍lncRNA改变细胞核高级结构从而调控关键基因表达的分子机制,并详细介绍lncRNA在肿瘤治疗中的临床意义。; 施剑李艳明方向东; 关键词：基因表达调控分子标志物

GATA-1调控红细胞分化的作用及其分子机制被引量：5: 2013年; GATA-1是重要的转录调控因子,主要功能是上调红细胞系统相关基因的转录,同时抑制与细胞增殖分裂等相关基因的表达,在红细胞分化过程中发挥着重要作用。GATA-1在红细胞分化中的作用主要是通过对β-珠蛋白基因的调控来实现的。这一作用涉及到了多种辅助因子,这些因子在不同发育时期以多种形式参与β-珠蛋白基因的转录调控。; 李艳明方向东; 关键词：GATA-1 转录调控红系分化

TGIF1在红细胞分化中的功能和机制研究被引量：1: 2016年; 目的筛选潜在的促红系分化因子,并验证其对红系分化的促进作用,探讨促分化机制。方法首先通过对高通量组学测序数据的分析,找到潜在红系调控转录因子;之后在红系分化的细胞模型TF-1细胞系中干扰该因子的表达,观察该因子的异常表达对红系分化的影响;进一步对目的基因敲低的细胞系进行转录组测序,同时利用生物信息学的手段分析受影响的红系相关因子以及通路。结果高通量组学测序分析得到潜在促红系分化调控因子TGIF1。TGIF1敲低细胞中,ε-珠蛋白、γ-珠蛋白、红系特异转录因子(GATA1、KLF1)、以及红系细胞表面特异糖蛋白标志分子CD235a的m RNA表达量及血红蛋白浓度均低于对照组。TGIF1过表达细胞的γ-珠蛋白m RNA高于对照组;促红细胞生成素诱导3天后,TGIF1过表达细胞表面CD235a的表达高于空白细胞组。进一步对稳定敲低TGIF1的TF-1细胞系进行高通量转录组测序分析,发现Smad复合物和相关靶基因表达上调,而GATA1和ALAS2的表达量则降低。结论 TGIF1是一个促红系分化的转录调控因子,可能通过影响转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGFβ)通路中Smad复合物和相关靶基因的表达,或通过影响GATA1和ALAS2的表达来调控红系分化过程。; 刘淑阁郑佳文李艳明张昭军方向东; 关键词：红系分化转录因子转录组测序

精准医学大数据的分析与共享被引量：18: 2015年; 2008年Google成立10周年，英国Nature杂志曾出版关于“讨论大数据处理的技术问题和未来挑战”的专辑，最早提出了“Big Data”的概念[1]。随着计算机科学技术和信息工程技术的迅猛发展和普及应用，各行业数据呈爆炸性增长，大数据处理的迫切性和重要性已经获得全球学术界、工业界和各国政府的高度关注和重视。2012年3月，美国总统奥巴马签署并发布了“大数据研究发展创新计划”，该计划由美国国家自然科学基金会（National Science Foundation，NSF）、美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）、能源部（Depa-rtment of Energy，DOE）、国防部（Department of Defense，DOD）等6大部门联合投资2亿美元启动。中国的学术界和工业界也在积极赶超世界前沿，广泛开展大数据技术的研究和开发。“十一五”以来，国家科技部973、863计划联合工业和信息化部开展的核高基等科技重大专项、国家自然科学基金等重大科研计划均已将大数据列为重要的研究内容。; 李艳明杨亚东张昭军方向东; 关键词：国家自然科学基金国家科技部共享 GOOGLE 美国总统

肿瘤液态活检的研究进展及其临床应用被引量：9: 2017年; 液态活检是一类新兴的病理检测手段,其研究内容包括肿瘤循环细胞、肿瘤循环DNA、外泌体等物质,其中的信息为肿瘤患者的个性化医疗提供有力的依据。它凭借无创、便捷等优势在临床应用中展现出广大前景。近年来,随着液态活检研究内容的扩大及其捕获与检测技术的发展,液态活检在临床中的应用日益广泛。本文旨在探讨近年来液态活检的主要研究对象、检测技术以及在临床应用中的发展前景与所面临的挑战,以期为肿瘤患者获得更佳的治疗,推动肿瘤精准医学的发展。; 王晨李艳明方向东; 关键词：肿瘤循环细胞

单细胞转录组数据分析与发育生物学研究进展被引量：5: 2017年; 细胞的发育是一个动态过程,染色质状态的变化、DNA表达等分子层面的调控支撑着细胞形态的变化和功能的完善。转录组测序技术（RNAsequencing method,RNA-seq）是研究细胞发育的重要手段之一,能够获得细胞发育不同阶段全基因组的表达信息;但其结果只是细胞群基因表达量变化的均值,忽略了细胞的异质性。; 李品贺宁李艳明方向东; 关键词：发育生物学单细胞转录组细胞发育 DNA表达细胞形态

CTCF通过ALAS2调控K562细胞红系分化被引量：2: 2017年; 目的研究CTCF对红系分化的影响及相应调控机制。方法敲低K562细胞中的CTCF,通过Hemin诱导和荧光实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术,分析Hemin诱导0到4天的对照和CTCF敲低细胞的珠蛋白基因表达水平,研究CTCF敲低对红系分化的影响。利用基因表达芯片全基因组范围分析CTCF敲低造成的影响。根据公共数据分析推测CTCF调控红系分化的潜在机制,通过染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)验证。结果随着诱导的进行,对照和敲低细胞中的珠蛋白基因HBE和HBG表达均逐渐升高,但CTCF敲低细胞中HBE和HBG基因水平均低于对照细胞,提示CTCF敲低能够抑制K562细胞分化过程中珠蛋白基因的表达。通过检测全基因组范围的基因表达水平,共筛选到1 128个差异表达基因,其中616个基因在CTCF敲低样本中表达上调,512个基因表达下调。利用IPA软件进行功能富集分析,显示主要相关的生理系统发育与功能包括血液系统的发育与功能。公共数据显示存在CTCF-GATA1-ALAS2作用关系,ALAS2基因上存在GATA1结合;对照和CTCF敲低细胞的ChIP-qPCR结果表明,敲低CTCF能够降低GATA1在ALAS2基因区的结合。结论 CTCF可能通过影响GATA1在ALAS2基因区的结合来调控K562细胞红系分化。; 亓合媛李艳明熊倩谢兵兵张昭军方向东; 关键词：CTCF 红系分化

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