2024年11月6日
星期三
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张增辉
作品数:
52
被引量:5
H指数:1
供职机构:
华东师范大学
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发文基金:
国家自然科学基金
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相关领域:
理学
自动化与计算机技术
医药卫生
生物学
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合作作者
何晓
纽约大学
董素珍
华东师范大学
梅晔
华东师范大学理工学院精密光谱科...
刘金峰
华东师范大学化学与分子工程学院
郑磊
华东师范大学
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作者
52篇
张增辉
12篇
何晓
4篇
董素珍
3篇
梅晔
3篇
郑磊
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刘金峰
2篇
韩克利
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张大为
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2012
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2011
2篇
2010
1篇
2004
1篇
2001
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52
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O(~1D)+HCl反应的精确含时量子波包计算
2001年
利用BLRS势能面 (SchinkeR .JChemPhys ,1984 ,80 :5510~ 5517)首次对O(1D) +HCl反应进行了精确的三维含时量子波包计算。反应截面的计算结果与经典轨线结果符合得很好 。
林世鹰
韩克利
张增辉
关键词:
势能面
反应截面
反应速率
量子力学计算
Free energy analysis in protein-substrate binding
<正>Accurate calculation of protein-substrate binding free energies is a grand challenge. Prediction of critica...
张增辉
文献传递
膜蛋白的微观转运机理的计算模拟研究(英文)
Multidrug transporters(MDR),which mediate export of a broad range of chemically unrelated substrates across th...
宋佳宁
季长鸽
张增辉
文献传递
一种基于图卷积神经网络预测小分子化合物解离常数的方法
本发明涉及一种基于图卷积神经网络预测小分子化合物解离常数的方法,该方法不同于传统的基于分子指纹的预测方法,通过图卷积神经网络自动学习与解离常数有关的化学模式构建预测模型。ChEMBL数据库中160万种化合物的解离常数用于...
潘肖林
王昊
张增辉
季长鸽
一种基于酵母二肽基肽酶Ⅲ的抗体模拟物及其应用
本发明提供了一种基于酵母二肽基肽酶Ⅲ的抗体模拟物及其应用,通过理性设计改造获得DPPⅢ突变菌株,获得AFB1抗体模拟物,使其与黄曲霉毒素高效亲和,解决了抗体生产加工过程中的稳定性问题,并实现抗体模拟物对小分子的富集作用和...
潘月
张鲁嘉
张增辉
何晓
张传玺
方波欢
文献传递
一种基于蛋白环境描述小分子片段属性的指纹设计方法
本发明公开了一种基于蛋白环境描述小分子片段属性的指纹设计方法,其特点是该方法通过识别蛋白的口袋表层氨基酸原子,计算蛋白口袋原子和对接后的小分子的相互作用关系,及其对应的蛋白原子和小分子原子,设计两种不同描述小分子片段属性...
季长鸽
单金文
张增辉
基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算
2018年
PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相互作用结合自由能并由此获得总的结合自由能.计算结果表明,相比传统MM/GBSA方法,新的计算方法可以显著提高蛋白-配体结合自由能计算的精度,缩小与实验值的误差.
张右梓
刘笑
周一凡
张增辉
关键词:
PARP1
抑制剂
分子动力学
基于图卷积神经网络预测小分子化合物溶剂化能的方法
本发明公开了一种基于图卷积神经网络预测小分子化合物溶剂化能的方法,该方法引入含有三维结构信息和二维拓扑信息的原子特征描述符,基于图卷积神经网络自动提取化合物中与溶剂化能相关的化学模式构建预测模型。此外,为了提高预测模型的...
潘肖林
张跃庆
张增辉
季长鸽
基于相互作用能项和机器学习的蛋白-配体亲和力预测方法
本发明涉及一种基于相互作用能项和机器学习的蛋白‑配体亲和力预测方法,该方法通过分散配体与蛋白口袋的各种相互作用能项到20种氨基酸残基的主侧链上,并用机器学习的方法对PDB库中已知活性的蛋白‑配体相互作用能信息进行训练得到...
季长鸽
王卫军
张增辉
闫玉娜
段观福
单金文
文献传递
基于相互作用指纹和机器学习的药物靶标的虚拟筛选方法
本发明涉及一种基于相互作用指纹和机器学习的药物靶标的虚拟筛选方法,该方法在传统的分子对接的基础上,通过机器学习对已知活性及非活性小分子与靶标蛋白的相互作用指纹进行训练得出靶标的筛选模型,利用所得模型进行虚拟筛选。本发明针...
季长鸽
闫玉娜
张增辉
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