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结核分枝杆菌CarD蛋白结构与功能的生物信息学分析被引量：12: 2017年; 目的应用生物学信息分析软件预测结核分枝杆菌CarD蛋白的结构和功能。方法运用NCBI中Blast工具,将结核分枝杆菌H37Rv carD基因序列与GenBank中相似序列进行核苷酸比对;利用MEGA 6.06软件,采用邻位相连法构建N-J进化树;运用ClustalX 2.1软件,将结核分枝杆菌H37Rv CarD及与其同源性较高的分枝杆菌CarD氨基酸序列进行多重比对分析;登录ExPASy网站,运用ProtParam工具分析CarD蛋白的理化性质,运用ProtScale进行蛋白质疏水性分析,运用SignalP 4.1Server预测蛋白质信号肽,运用TMHMM Server v.2.0以及TMPred预测蛋白质跨膜螺旋区,运用SOPMA预测蛋白质二级结构,运用SWISS-MODEL进行蛋白质三级结构同源建模;运用NetPhos 3.1Server预测蛋白质磷酸化位点;运用NCBI中CDD工具预测CarD蛋白保守结构域。结果分枝杆菌carD基因序列相似度为100%,进化关系较近。H37Rv与田鼠分枝杆菌起源于同一物种,同源性较高。CarD分子在进化过程中高度保守,为稳定、亲水性蛋白,无跨膜区、无信号肽,蛋白序列中存在4个丝氨酸磷酸化位点,二级结构中以α-螺旋为主,三级结构同源建模成功。CarD蛋白是一种结合RNA聚合酶的转录调控因子,属于CarD/CdnL/TRCF家族。结论 CarD蛋白为RNA聚合酶结合蛋白,调控转录和控制结核分枝杆菌的生长。该蛋白序列保守稳定,是治疗结核病潜在的新靶标。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：结核分枝杆菌 CARD 生物信息学分析

综合改革背景下医学学术型研究生职业规划能力提升策略被引量：12: 2017年; 在研究生教育综合改革背景下,分析医学学术型研究生面临的困境,在职业生涯规划意识、能力等方面存在的欠缺。通过对研究生加强自我塑造,科学而有效地进行职业生涯规划,发挥导师的引导作用以及为研究生提供交流平台,完善质量监督体系等方式,提升研究生职业规划的能力,以保证实现研究生教育质量的不断提高,指导研究生理性合理就业、择业,为社会输送高质量人才,满足医疗卫生服务的需求。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：医学研究生学术型

医学学术学位研究生学术素养现状分析及提升策略被引量：12: 2016年; 医学学术学位研究生教育是培养高素质、高水平科研人才的重要途径。本文从科研意识、学术能力、学术道德规范认识等角度着手,分析当前高等医学院校研究生学术素养现状,探讨提升研究生学术素养的必要性及策略。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：医学研究生学术学位学术素养

结核分枝杆菌基因敲除的研究进展被引量：1: 2016年; 结核病仍是世界上致命的传染病之一，2013年约有900万新增患者，150万例死于结核病。结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis ，MTB）是结核病主要致病菌，能在宿主巨噬细胞内生长复制，适应、抵抗宿主抗菌免疫。唯一批准用于预防结核病的卡介苗，接种成人或 HIV 阳性新生儿有可能造成 MTB 体内感染播散。因此，亟待改进卡介苗，为免疫缺陷人群提供保护；而耐多药结核病、广泛耐药结核病的发病率逐渐上升，亦急需开发抗结核新药。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：结核分枝杆菌基因敲除 TUBERCULOSIS 耐多药结核病免疫缺陷耐药结核病

结核分枝杆菌panD蛋白功能预测及生物信息学分析被引量：14: 2017年; 目的研究结核分枝杆菌panD(Rv3601c)基因及其编码蛋白的结构和功能,为耐药结核的治疗提供参考依据。方法运用ClustalX 2.1、MEGA 6.06软件以及ExPASy、NCBI等在线工具分析结核分枝杆菌panD基因信息,同时分析其进化特征、编码蛋白质的理化性质、信号肽、磷酸化位点、结构特点并预测其功能;利用BepiPred 1.0Server和NetMHCIIpan 3.1Server预测panD蛋白的B细胞和T细胞抗原表位。结果结核分枝杆菌panD基因全长420bp,不同菌株panD基因序列相似度100%,具有高度同源性,进化关系较近,编码139个氨基酸。panD蛋白不稳定系数为8.72,亲水性平均系数为0.147,为稳定、疏水性蛋白、无跨膜区与信号肽,存在9个磷酸化位点。二级结构中以无规则卷曲为主,结构较疏松。三级结构同源建模成功。该蛋白具有多个潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位。结论panD蛋白作为脱羧酶,在结核分枝杆菌合成β-丙氨酸过程中具有重要作用。panD蛋白序列保守稳定,具有多个优势抗原表位,是治疗耐药结核的潜在新靶标。; 伊星昊张德峰付玉荣; 关键词：结核分枝杆菌抗原表位耐药生物信息学

学术型临床检验诊断学硕士研究生自身存在的问题及对策被引量：5: 2017年; 临床检验诊断学研究生,是医学检验人才结构中具有高素质、高水平的一支队伍。但是,学术型研究生在学术能力方面,仍存在缺乏科研创新能力、科研实践操作技能掌握度低、学术成果质量不高、学术信心不足、缺乏继续深造意愿等问题;在临床技能方面,缺少轮转熟悉检验科室日常工作及操作技能的机会、临床需求了解不够充分。同时,研究生存在来自生活、就业、深造等方面的压力。本文对研究生自身存在的问题进行分析,探讨研究生如何提升科研能力,增强学术信心,平衡生活与学业两者之间的关系,为研究生顺利就业或继续深造提升信心。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：学术学位临床检验诊断学

miR-20b-5p在Mtb感染中的作用研究: 目的:分析miR-20b-5p在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)感染的巨噬细胞内的表达,以及miR-20b-5p在Mtb感染的巨噬细胞源性外泌体中的表达。探讨miR-20b-5...; 张德峰; 关键词：结核分枝杆菌外泌体巨噬细胞; 文献传递

分枝杆菌噬菌体D29 holin基因的克隆及其编码蛋白的生物信息学分析被引量：1: 2016年; 目的研究分枝杆菌噬菌体D29holin基因编码蛋白的理化特点及生物学特性,分析噬菌体抗结核菌的潜力。方法根据GenBank中登录的分枝杆菌噬菌体D29holin基因序列设计上、下游引物,以分枝杆菌噬菌体D29基因组为模板,PCR扩增holin基因,构建重组质粒pET32a-holin,进行双酶切鉴定、测序鉴定及生物信息学分析。结果 PCR扩增得到序列正确的holin基因产物并成功构建重组质粒pET32a-holin。进化分析显示分枝杆菌噬菌体D29holin基因与已知有尾分枝杆菌噬菌体Chy1、Chy4、Chy5holin基因亲缘关系较近。生物信息学分析显示,该基因编码Holin蛋白为稳定、疏水性蛋白,具有2个跨膜区域和亲水性C-端;二级结构中以α-螺旋和无规则卷曲为主,有信号肽,蛋白序列中存在2个丝氨酸磷酸化位点。结论分枝杆菌噬菌体D29 Holin蛋白的两个跨膜区及亲水性C-端构象发生变化,有助于阐明Holin"定时"打孔及启动噬菌体裂解细菌的机制,为研发抗结核Holin多肽药物奠定了基础。; 张德峰付玉荣伊正君; 关键词：分枝杆菌噬菌体生物信息学分析

小鼠IL-27真核表达载体的构建及其在RAW264.7细胞中的表达被引量：2: 2016年; 目的:构建小鼠白介素27(Interleukin 27,IL-27)单链融合基因的真核表达载体并检验其在RAW264.7细胞中的表达情况。方法:提取小鼠脾细胞总RNA,通过RT-PCR扩增出小鼠EBI3和p28 c DNA。采用重叠延伸PCR(splicing by overlap extension PCR,SOE PCR)通过编码疏水性多肽接头(Gly4Ser)3的DNA序列连接小鼠EBI3和p28基因片段,构建小鼠IL-27单链融合基因(mouse single chain IL-27,msc IL-27),并将其克隆至pc DNA3.1(+)载体。通过酶切和测序鉴定阳性重组载体,将重组质粒pc DNA3.1-IL-27通过脂质体转染法转染小鼠巨噬细胞株RAW264.7,通过RT-PCR方法检测目的基因的表达。结果:测序分析表明,小鼠IL-27单链融合基因中EBI3、linker和p28的连接顺序、方向及碱基序列与预期相符。在转染后的RAW264.7细胞中检测到了小鼠IL-27 m RNA的表达。结论:成功构建了小鼠IL-27单链融合基因及其真核表达载体,并在RAW264.7细胞中实现表达,为进一步探讨IL-27的生物学功能奠定了基础。; 路晓红付玉荣伊正君路静张德峰; 关键词：融合基因重叠延伸PCR 真核表达载体 RAW264.7

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