周玲
- 作品数：15 被引量：31H指数：4
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- 相关领域：农业科学更多>>
- 玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分被引量：12
- 2015年
- 收集具有丰富遗传多样性的种质资源是玉米育种的前提,通过对资源进行杂种优势群的划分可以显著提高育种效率。本研究利用135对InDel分布在玉米10条染色体上的分子标记引物,系统分析了491份玉米自交系的遗传多样性,结果显示标记多态性信息量变化范围为0.255-0.678。通过计算遗传相似值（GS）,上述材料被划分成8个包括Reid群、Lancaster群、四平头群和PB群的杂种优势群。本研究结果为组配优良玉米杂交种提供了遗传信息。
- 林峰梁帅强周玲赵涵
- 关键词：玉米分子标记杂种优势群
- 利用三重测交群体解析玉米穗部性状杂种优势遗传学基础被引量：1
- 2017年
- 玉米穗部性状与产量密切相关,剖析控制穗部性状杂种优势数量性状位点(QTL)有助于加深杂种优势作用机制的理解,为杂种优势的应用提供理论指导。本研究根据三重测交交配设计方法组配了121个测交后代的三重测交(TTC)群体,并利用完备区间作图法(ICIM)对穗部性状杂种优势进行了QTL分析。经检测,共发现13个主效QTLs。其中,穗长检测到2个QTL,穗粗检测到4个QTL,穗行数检测到1个QTL,行粒数检测到2个QTL,百粒质量检测到4个QTL。这些QTL分别分布于第1、第2、第3、第4、第5和第10染色体上。QTL位点作用模式分析结果表明,超显性位点最多(10个),加性位点最少(2个),单位点可解释8.2%~23.3%的表型变异。对QTL位点上位性互作进一步剖分发现,穗粗、穗行数和百粒质量性状中存在9对不同位点的上位性互作,单位点可解释20.4%~35.3%的表型变异。研究结果表明,加性、显性及两位点上位性互作是玉米穗部性状杂种优势形成的主要遗传学基础。
- 周玲张体付梁帅强陆海燕吕远大
- 关键词：玉米穗部性状杂种优势
- 玉米二态性InDel位点的鉴定和分子标记开发被引量：5
- 2016年
- 随着下一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)的发展,可以利用高通量测序数据挖掘基因组特异的插入/缺失(In Del)位点,这使In Del分子标记的开发成为可能。本研究利用327份玉米自交系的测序数据,通过全基因组结构变异评估发现分布于10条染色体上的25 847个In Del位点。利用PIC值≥0.30的3 304个位点进行系统发育树构建和群体结构分析,其结果与利用SNP位点分析获得的结果高度一致,说明这些多态性较高的In Del位点可以作为代表性标记用于玉米遗传组成的差异分析。采用53对PCR引物进行扩增试验,发现这些In Del引物具有位点专化特征并且其杂交种鉴定的平均杂合率为0.569 2,表明这些标记能准确鉴定出玉米杂交种的杂合度。
- 周玲梁帅强林峰吕远大
- 关键词：玉米系统发育树
- 一种玉米第9号染色体开花期QTL位点的分子标记及其应用
- 本发明涉及生物技术领域，公开了一种玉米第9号染色体开花期QTL位点的分子标记及其应用。所述分子标记由JAAS4374和JAAS4375的两对PCR引物组成。本发明以一个BC1RIL群体为材料，通过基因组学分析、分子标记开...
- 孟庆长赵涵陈艳萍周玲袁建华张美景郑飞赵文明孔令杰刘瑞响王森崔亚坤
- 文献传递
- 玉米ZmNRT关键基因挖掘以及氮响应基因共表达网络构建被引量：1
- 2022年
- 以玉米自交系B73(V4版本)作为参考基因组,利用生物信息学方法鉴定玉米ZmNRT基因家族成员,从系统发育关系、GO(Gene Ontology)富集、基因结构和玉米不同时期及组织下的表达谱等方面全面解析玉米ZmNRT基因家族。基于qPCR实验和共表达网络分析,对玉米ZmNRT家族基因在氮响应中的作用进行系统的研究。结果表明,在玉米全基因组水平上共鉴定到162个ZmNRT基因,主要分为ZmNRT1(62个)和ZmNRT2(100个)两大类群。GO富集发现,仅46个基因参与硝态氮转运过程,这些基因被不均等分成7个亚家族,每个家族1~15个基因。基因表达模式分析结果显示,不同生育期和组织下ZmNRT基因表达是差异的。在氮诱导下,qPCR鉴定结果显示,12个ZmNRT基因是氮响应基因,9个基因表达上调,3个基因表达下调。共表达网络结果发现,其中10个ZmNRT基因与已知的氮代谢基因存在显著共表达关系(|r|>0.8 p-value<0.05),推测这10个基因可能是调控玉米氮代谢的关键基因。
- 熊威赵涵周玲
- 关键词：玉米表达谱
- 基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证
- 2024年
- 根据公开发表的菜豆基因组和重测序数据,利用生物信息学的方法筛选出61950个高质量SNP位点,通过对目标位点进行探针设计评估,最终设计开发出分别包含40352、20855和10486个SNP位点的40K、20K和10K液相芯片。利用10K液相芯片,对89份菜豆品种进行靶向测序基因分型检测,结果显示菜豆的平均多态性信息含量值和基因多样性值分别为0.35和0.29。STRUCTURE和聚类分析将89份菜豆划分为2个品种群,该分类结果显示同一地域的菜豆品种遗传背景和果实性状大都较为相似。基于选择信号分析,共鉴定到103个处于强烈选择状态的区域,这些区域中的位点可为后续功能基因研究提供候选。
- 袁娜徐勤圆徐照龙周玲刘晓庆陈新杜建厂
- 关键词：菜豆单核苷酸多态性
- 玉米叶片硝酸盐积累性状的全基因组关联分析
- 2024年
- 为鉴定筛选调控玉米氮素吸收代谢相关位点和基因,以遗传来源广泛的350份玉米自交系为材料,利用玉米55K SNP芯片,对玉米叶片硝酸盐积累性状进行基于Q+K混合线性模型的全基因组关联分析。结果表明,350份玉米自交系构成的自然群体具有广泛的遗传多样性,3次重复测量的叶片硝酸盐含量均表现出良好的正态分布特性。叶片硝酸盐的全基因组关联分析显示,共有27个稳定的SNP位点与玉米叶片硝酸盐积累显著相关,这27个位点共分布在玉米6条染色体上,其中16个集中在4号染色体上。对9个极显著关联[-lgP≥5.5]位点基因进行氮响应相对表达分析,有8个基因表现出显著氮响应特性,其中3个基因响应达到极显著水平,分别较对照提高3.54、2.74、2.02倍,对应已注释的基因分别为NAC79、GA20ox7和PREP2,表明它们可能在氮素吸收代谢的调控中发挥作用。相关研究结果可作为玉米硝酸盐吸收代谢研究的重要候选基因进行功能验证,对开发氮高效分子标记及育种利用具有重要意义。
- 邬奇孙扬名桑俊伟周玲赵涵
- 关键词：玉米硝酸盐全基因组关联分析SNP候选基因
- 玉米Glyco-hydro-16糖苷酶家族全基因组的鉴定及其遗传分化
- 2016年
- 【目的】全基因组水平鉴定玉米Glyco-hydro-16家族,分析该家族基因在不同组织中的表达模式以及在不同玉米杂种优势群中的遗传分化。【方法】根据Glyco-hydro-16家族相对保守的序列及结构域,构建Glyco-hydro-16家族的隐马尔科夫模型文件(Glyco-hydro-16.hmm),利用hmmersearch程序在玉米全基因组中进行比对,获得玉米中含有该家族保守结构域的所有序列。通过Blast2GO进行功能注释,利用蛋白质序列构建该家族的系统发育进化树。使用玉米自交系B73不同组织及不同发育时期的RNA-seq数据库分析该家族基因的表达模式。根据该家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在不同玉米杂种优势群间的群间遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,Fst),分析其遗传分化。【结果】根据该家族相对保守的序列及结构域,在全基因组水平共鉴定出34个玉米Glyco-hydro-16家族成员,注释表明所有基因都是木葡聚糖转移酶/水解酶基因,3个保守性较高的Motif区段存在于该家族所有成员中。通过系统发育关系和序列相似性将该家族分为8个亚家族,每个亚家族有2—8个基因,分布在除第3和第6染色体外的其他8条染色体上,在第2、第5及第10染色体上成簇分布。该家族在禾本科作物中同源性较高,与拟南芥分属不同的分支,但只有3个玉米成员(AC210669.3、GRMZM2G413006和GRMZM2G166944)被划分到禾本科分支中,其他玉米成员被划分到单独的分支中。通过表达谱分析表明该家族成员在玉米中均有表达,但在不同组织中的表达水平有差异。为解析该家族基因在不同玉米种质资源中等位基因的变异,根据玉米Glyco-hydro-16家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在玉米杂种优势群SS及NSS间的群间遗传分化系数。结果显示,共有10个该家族基因所处位点的Fst值高于阈值0.15,达到高度分化水平,分别位于第1、第2、第4、
- 林峰葛敏周玲赵涵
- 关键词：玉米杂种优势群
- 玉米氮素敏感性差异自交系的表达谱分析被引量：4
- 2016年
- 玉米基因型的氮肥敏感性存在显著差异,但基因表达模式尚不清楚。本研究以玉米氮敏感型自交系B73和钝感型自交系Mo17为材料,对足氮(sufficient nitrogen,SN)和低氮(limiting nitrogen,LN)条件下苗期叶片组织的转录组进行了分析。对于叶片总氮含量,敏感型B73在足氮和低氮条件下存在显著差异,而钝感型Mo17的差异小且不显著。基因表达差异分析显示,Mo17在2种氮环境下差异基因达13 867个,在低氮环境下上调基因是数下调基因数的1.9倍(9044/4823);B73差异基因数为10 028个,低氮环境下上调基因少于下调基因数(4233/5795)。基因聚类分析也显示,低氮环境下钝感型Mo17基因表达上调或下调的幅度高于敏感型B73。差异基因双尾方差分析表明,受氮环境和基因型共同影响的差异基因为342个,功能主要集中在与氨基酸代谢、光合作用、次级代谢及基因复制表达等途径。综上所述,在低氮条件下氮钝感型Mo17较敏感型B73激活更多的基因来提高植株对氮的吸收和同化能力,被激活的基因可能与玉米氮肥同化和利用有关。
- 葛敏吕远大张体付周玲林峰赵涵
- 关键词：玉米氮素氮胁迫氮素利用率
- 一种玉米第9号染色体开花期QTL位点的分子标记及其应用
- 本发明涉及生物技术领域，公开了一种玉米第9号染色体开花期QTL位点的分子标记及其应用。所述分子标记由SEQ ID NO.1～4组成。本发明以一个BC1RIL群体为材料，通过基因组学分析、分子标记开发、表型鉴定、QTL分析...
- 孟庆长赵涵陈艳萍周玲袁建华张美景郑飞赵文明孔令杰刘瑞响王森崔亚坤
- 文献传递
