轩俊丽 作品数:10 被引量:57 H指数:5 供职机构: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 更多>> 发文基金: 国家高技术研究发展计划 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目 农业部畜禽牧草种质资源保护项目 更多>> 相关领域: 农业科学 生物学 更多>>
一种基于rs417014745 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法 本发明公开了一种基于rs417014745 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法。本发明提供的方法包括如下步骤:检测待测绵羊的基因组DNA中rs417014745 SNP位点的基因型为AA基因型、GG基因型还是GA基因型... 张莉 马晓萌 杜立新 轩俊丽 魏彩虹 赵福平 朱才业 吴明明 袁泽湖 刘瑞凿绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析 被引量:10 2016年 试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS 22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3′UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。 胡师金 张淑珍 袁泽湖 轩俊丽 马晓萌 张莉 赵福平 魏彩虹 杜立新关键词:MSTN基因 多态性 生长性状 一种基于rs430810656 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法 本发明公开了一种基于rs430810656 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法。本发明提供的方法包括如下步骤:检测待测绵羊的基因组DNA中rs430810656 SNP位点的基因型为AA基因型、GG基因型还是GA基因型... 张莉 马晓萌 杜立新 轩俊丽 魏彩虹 赵福平 朱才业 吴明明 袁泽湖 刘瑞凿文献传递 乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联 被引量:6 2016年 【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS(22.0)软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ^2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P〉0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC〈0.25), 马晓萌 轩俊丽 王慧华 袁泽湖 吴明明 朱才业 刘瑞凿 魏彩虹 赵福平 杜立新 张莉关键词:生长性状 多态性 嗅觉与味觉对动物采食作用研究进展 被引量:11 2015年 良好的采食行为是动物机体维持生长发育和提高生产性能的基础,而嗅觉和味觉是动物采食过程中最重要的两种感官感受,它们分别由嗅觉受体和味觉受体基因决定,这些受体基因家族是哺乳动物基因组中较大的基因家族,不仅在感觉器官中表达,还广泛表达于呼吸、消化、生殖等系统中。作者对中国羊肉消费和羊的饲养情况,当前嗅觉、味觉及其受体基因的最新研究进展,嗅觉和味觉在动物采食中的作用和机制,以及嗅觉和味觉在畜禽养殖中的应用进行了综述,为研究嗅觉和味觉在动物采食尤其是羊上的作用提供参考。 轩俊丽 张莉 杜立新关键词:采食 嗅觉 味觉 受体基因 饲养 一种基于rs430810656 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法 本发明公开了一种基于rs430810656 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法。本发明提供的方法包括如下步骤:检测待测绵羊的基因组DNA中rs430810656 SNP位点的基因型为AA基因型、GG基因型还是GA基因型... 张莉 马晓萌 杜立新 轩俊丽 魏彩虹 赵福平 朱才业 吴明明 袁泽湖 刘瑞凿文献传递 绵羊季节性繁殖相关基因TSHR外显子多态性研究 被引量:6 2016年 旨在研究乌珠穆沁羊与湖羊这两种具有不同繁殖性能和发情周期绵羊的促甲状腺激素受体(Thyroid stimulating hormone receptor,TSHR)基因外显子区遗传变异特性及其构建的单倍型在品种间的分布和对mRNA和蛋白质二级结构的影响,为进一步揭示其对TSHR表达调控的影响及表型效应奠定基础。本研究采用直接测序的方法对中国蒙古系2个绵羊品种共172个个体TSHR基因的遗传变异情况进行分析。共发现了6个突变位点,独立性卡方检验发现SNP1、SNP3、SNP4和SNP5 4个多态位点的基因型在两个绵羊群体间的分布存在极显著差异(P〈0.01),其中SNP5为错义突变,其余为同义突变;对这4个位点进行连锁不平衡分析发现,SNP3和SNP4两个位点完全连锁,其余位点两两之间存在不同程度连锁关系;生物信息学分析发现不同的单倍型使TSHR基因的mRNA二级结构发生改变,SNP5使受体蛋白的二级结构发生改变。结果提示:(1)TSHR基因外显子区存在4个在两个绵羊品种中具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成H1~H6共6种单倍型,其中H1(CGCC)和H4(TTTG)分别在乌珠穆沁羊和湖羊群体中为优势单倍型,这可能与这两种绵羊不同的发情周期有关。(2)外显子区SNP5位点突变影响mRNA和蛋白质二级结构的稳定性,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。 轩俊丽 马晓萌 王慧华 曹家雪 魏彩虹 赵福平 马友记 张莉 杜立新关键词:绵羊 季节性繁殖 TXNRD1基因多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状的关联分析 被引量:24 2016年 本研究旨在探讨TXNRD1多态性与乌珠穆沁绵羊生长性状之间的关联性,以期找到与乌珠穆沁绵羊生长有关的分子标记。采用DNA混池测序技术筛选TXNRD1基因外显子突变位点,并采用质谱分型技术检测343头乌珠穆沁绵羊群体突变位点的基因型,并对其单个SNP及多个SNPs位点之间的组合基因型与生长性状之间进行关联分析。结果发现:在该基因第1外显子处发现1个C→T的错义突变(RS10);在第10外显子发现1个A→C同义突变(RS17);在第12外显子处发现1个T→C同义突变(RS18)。χ-2适合性检验表明,3个位点均处于HardyWeinberg平衡状态(P〉0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明:RS10-RS17,RS10-RS18两个位点之间可能存在强连锁,RS17-RS18之间弱连锁。CAT是优势单倍型,其频率为0.356。关联分析发现,每个位点的3种基因型的个体在4月龄体重和胸围上均有显著差异(P〈0.05)。RS10位点3种基因型的个体在6月龄体重、体高、胸围及胸宽上差异显著(P〈0.05),RS17位点3种基因型的个体在6月龄体高上差异显著(P〈0.05),RS18位点上3种基因型的个体在6月龄体重、体高、体斜长和胸围上有显著性差异(P〈0.05)。组合基因型关联分析发现,不同多态位点之间的组合基因型在乌珠穆沁绵羊不同生长性状之间差异显著(P〈0.05)。综上所述,可以将TXNRD1基因的多态性位点作为分子标记,在乌珠穆沁绵羊的选育中进行探索和尝试。 马晓萌 轩俊丽 王慧华 袁泽湖 吴明明 朱才业 刘瑞凿 魏彩虹 赵福平 张莉 杜立新关键词:多态性 生长性状 绵羊味觉受体第一家族基因外显子多态性分析 2016年 为了探讨绵羊味觉受体第一家族(taste receptor family 1member,T1R)基因外显子多态性及其基因型在乌珠穆沁羊和湖羊群体中分布的差异性,试验采用DNA池直接测序及飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)法对中国蒙古系两个绵羊品种共172个个体T1Rs基因外显子的遗传变异情况进行分析,利用生物信息学软件预测多态位点对T1Rs基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。结果表明,在两个群体的T1R家族基因中筛查到9个SNPs。独立性卡方检验显示有5个多态位点基因型的分布在两个绵羊群体中存在显著性差异(P<0.05),分别为TAS1R1基因上的SNP2,TAS1R2基因上的SNP4、SNP7和SNP8,TAS1R3上的SNP10,其中,SNP2、SNP7和SNP10为同义突变;SNP2和SNP10导致相应基因mRNA二级结构和最小自由能的改变,而SNP7仅导致TAS1R2基因最小自由能发生改变;SNP4和SNP8为错义突变,分别导致TAS1R2蛋白质中第379位天冬酰胺变为丝氨酸和第701位苏氨酸变成蛋氨酸,且突变前后受体蛋白的二级结构均发生改变。 轩俊丽 马晓萌 袁泽湖 胡师金 王慧华 魏彩虹 赵福平 张莉 杜立新关键词:绵羊 多态性 生物信息学 一种基于rs417014745 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法 本发明公开了一种基于rs417014745 SNP位点辅助鉴定绵羊生长性状的方法。本发明提供的方法包括如下步骤:检测待测绵羊的基因组DNA中rs417014745 SNP位点的基因型为AA基因型、GG基因型还是GA基因型... 张莉 马晓萌 杜立新 轩俊丽 魏彩虹 赵福平 朱才业 吴明明 袁泽湖 刘瑞凿文献传递