获得国家自然科学基金(NSFC)资助已成为衡量各高校基础研究水平的一项重要指标。随着中央建设“双一流”大学的提出,各个高校均在启动十三五规划开展一流学科建设,ESI指标已成为极其重要的评价依据。浙江省和安徽省投入了大量的资金开展“双一流”建设。通过比较分析,以期对两省化学一流学科的建设起到一定的借鉴作用。采取文献计量学方法,利用Web of Science平台和InCites引文分析工具,从浙江和安徽两省高校中选取化学学科进入ESI前1%且被引频次分别在各自省份中排名前4位的高校,对比分析了两省化学学科的整体情况以及两省各指标的均值、年度变化趋势、基金论文发表的期刊情况。浙江省的基金论文总数和被引频次领先安徽省,国际合作以及校企合作的力度强于安徽省,而安徽省高水平文献相对突出。两省高校排名前10的期刊大部分来自美国,浙江省的期刊影响因子跨度较安徽省大,影响因子的均值也显著高于安徽省。