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鸡源大肠杆菌CRISPR特征及其与耐药性的关系被引量：6: 2018年; 【目的】研究鸡源大肠杆菌成簇间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与耐药性的关系,并对CRISPR进行生物信息学分析,为进一步研究CRISPR功能及其对细菌耐药的影响奠定基础。【方法】对从安徽省合肥地区养鸡场分离鉴定的130株鸡源大肠杆菌进行耐药性(16种抗菌药物)和CRISPR检测,分析CRISPR与鸡源大肠杆菌多重耐药的关系。挑选扩增出片段长度不同的12株大肠杆菌,对其CRISPR PCR产物进行测序,通过BLAST进行二级结构预测,用CRISPRTarget等对其重复序列和间隔序列进行生物信息学分析。【结果】130株鸡源大肠杆菌对16种抗菌药物的耐药率为2.3%~97.7%,118株大肠杆菌对3种及3种以上药物耐药;共有39株菌检测到CRISPR,阳性率为30%;CRISPR阳性菌株均为多重耐药菌株,其耐药率(100%)显著高于CRISPR阴性菌株(87%),CRISPR序列差异性与耐药性之间无直接相关性。CRISPR序列同源性较低的12株大肠杆菌均包含2条(11号菌除外)长度为29bp的重复序列,这些序列可分为5类,其RNA二级结构都能形成回文结构,但茎环大小有差异。从这12株大肠杆菌中共发现间隔序列168条,其中77条为新发现序列;同源性比对发现,在112条有比对结果的间隔序列中,72.3%来源于质粒,25.0%来源于噬菌体,2.7%来源于细菌和病毒。【结论】携带CRISPR的鸡源大肠杆菌广泛存在,CRISPR可能与大肠杆菌耐药表型相关,明确了CRISPR的结构特征。; 李琳赵霞王磊王文静张瑞良代兴杨杨艳菲徐园园; 关键词：大肠杆菌 CRISPR 耐药性

鼠伤寒沙门菌ATCC13311诱导耐药株的转录组测序和分析被引量：9: 2015年; 为研究鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株在转录组水平上的差异,使用环丙沙星为诱导药物,采用梯度浓度诱导法,诱导鼠伤寒沙门菌ATCC13311产生耐药性。构建ATCC13311和其诱导耐药株TW4的转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双向测序及数据分析。诱导获得ATCC13311对环丙沙星MIC值为4mg/L的耐药菌TW4。测序获得了4.46G有效数据,通过de novo拼接,获得了311条unigene,平均长度为15 587bp。拼接所得到的全序列长度为4 847 532bp,经预测4 998条基因中有4 902条得到GO注释。采用COG功能将注释基因划分为25类。初步确定TW4有3 434个基因表达量显著上升,32个基因表达量显著下降,7条代谢途径表达差异显著。利用转录组测序技术对鼠伤寒沙门菌ATCC13311和其诱导耐药株TW4进行研究,揭示了鼠伤寒沙门菌耐药性诱导前后差异表达的基因和显著变化的代谢途径,为深入研究细菌耐药分子机制及与细菌代谢途径之间的联系提供重要依据。; 李琳冯帅汪莹代兴杨杨艳菲曾明华; 关键词：氟喹诺酮耐药性转录组测序

鸡源大肠杆菌CRISPR与耐药性的关系及生物信息学分析: [目的]研究鸡源大肠杆菌成簇间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)与耐药性的关系,并对CRISPR进行生物信...; 赵霞王磊王文静张瑞良代兴杨杨艳菲徐园园李琳; 关键词：大肠杆菌 CRISPR 耐药性

超高效液相色谱-串联质谱法快速测定猪尿液中30种不同种类“瘦肉精”药物残留被引量：28: 2017年; 建立了超高效液相色谱-串联质谱快速简单地同时测定猪尿液中30种不同种类"瘦肉精"药物(赛庚啶、可乐定及28种β-受体激动剂类)残留的方法。对液相色谱分离条件、MS/MS检测参数及样品前处理方式进行了优化。试样经5000 r/min离心5 min后直接经MCX柱净化,分别用3 m L水和3 m L甲醇淋洗,5%氨化甲醇进行洗脱,N2吹干后以流动相进行复溶,UPLC-MS/MS进行测定。结果表明,30种药物可在5.0 min内有效分离;各药物在0.1~10μg/L范围内呈良好的线性关系,相关系数均大于0.992;方法的检出限为0.1μg/L,定量限为0.3μg/L。在3个浓度水平下的平均回收率为67.6%~103.2%,日内、日间相对标准偏差分别为2.8%~16.8%和2.6%~15.8%。; 孙晓亮李雪莲曹旭敏杨艳菲王娟王淑婷王玉东王晓茵曲志娜赵思俊; 关键词：超高效液相色谱-串联质谱法瘦肉精

分子印迹固相萃取-超高效液相色谱-串联质谱法测定鸡肉中9种氟喹诺酮药物残留被引量：15: 2016年; 建立了分子印迹固相萃取（MISPE）-超高效液相色谱-串联质谱（U P LC -MS /M S）同时测定鸡肉中9 种氟喹诺酮药物残留的分析方法.样品经均质处理后,采用磷酸盐缓冲液提取,提取液经M IS PE柱净化后,采用BEHC18柱分离,以乙腈-0. 1% （v/v）甲酸水溶液为流动相,梯度洗脱,采用电喷雾正离子多反应监测模式,外标法定量.考察了MISPE柱对9 种氟喹诺酮药物的吸附特异性;9 种药物在0. 25～100 μg / L范围内线性关系良好,相关系数（ r ）〉 0.9965;检出限和定量限分别为0.08 μg /kg和 0.25 μg/ k g ;在 0.25、 2 .5、 5.0 μg / k g添加水平下, 9 种药物的回收率为65. 8% ～ 112. 2%,批内、批间 RSD分别为0.6% ～ 13. 5%和 0. 5% ～ 14. 9%; MISPE的最大柱容量为464. 7 ～ 932.4 μg/L.该方法灵敏度好、操作简单、快速.; 杨艳菲曹旭敏李雪莲宋建德孙晓亮王淑婷王晓茵李琳赵思俊; 关键词：超高效液相色谱-串联质谱分子印迹固相萃取氟喹诺酮鸡肉

安徽鸡源大肠杆菌整合子-基因盒分布及同源性分析被引量：6: 2016年; 参照CLSI推荐的微量肉汤稀释法检测了15种抗菌药物对91株鸡源大肠杆菌的最小抑菌浓度（MIC）,采用PCR方法检测其整合子-基因盒的分布情况,并用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析大肠杆菌的同源性。结果显示,91株大肠杆菌对15种抗菌药物的耐药率为3.3%-98.9%,且全部为四重耐药以上,多重耐药率为100%。91株大肠杆菌全部携带Ⅰ型整合子,其中70株带有编码耐氨基糖苷类和磺胺类药物的基因盒,分别是dfr A1＋tnp A IS26＋aad A1（45/70）,dfr A12＋aad A2（16/70）和dfr A1＋aad A1（9/70）,未检出Ⅱ型整合子。PFGE分型图谱显示,91株大肠杆菌共产生63个谱型,菌株之间的相似系数为30%-100%,31种谱型的同源性高达90%以上。其中41种带型只包含1株菌,其余22种带型包含菌株数为2-4株。结果表明,安徽合肥地区鸡源大肠杆菌对抗菌药物的耐药性较高,Ⅰ型整合子分布广泛,菌株基因分布呈多态性但同源性较高。; 李琳代兴杨汪莹赵霞王磊杨艳菲曾明华; 关键词：大肠杆菌脉冲场凝胶电泳多重耐药性

基于分子印迹技术检测鸡肉中16种喹诺酮药物残留被引量：6: 2019年; 建立了同时测定鸡肉中氧氟沙星、诺氟沙星、培氟沙星、环丙沙星、洛美沙星、达氟沙星、恩诺沙星、沙拉沙星、二氟沙星、吡哌酸、麻保沙星、依诺沙星、氟罗沙星、奥比沙星、尤利沙星、加替沙星16种喹诺酮类药物残留的分子印迹固相萃取(MISPE)-超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-MS/MS)检测方法。样品均质处理后,用磷酸盐缓冲溶液提取,经MISPE柱上样,依次用水、乙腈、2%乙酸乙腈、0.1%氨水淋洗,5%氨化甲醇洗脱,用BEHC18柱分离,以乙腈-0.1%甲酸水溶液为流动相,梯度洗脱,电喷雾正离子多反应监测模式下,外标法定量。实验对上样液、淋洗与洗脱液的条件进行优化,结果表明,16种喹诺酮类药物检出限为0.08μg/kg,定量限为0.25μg/kg;药物浓度在0.25～200μg/L范围内相关系数(r)均大于0.99;在0.25、2.5、5.0μg/kg三个添加水平下,各药物回收率为88.6%～101.9%,相对标准偏差(RSD)为2.9%～10.5%。该方法灵敏度高,操作简单、快速。; 王瑞徐军张瑞良王文静王磊赵霞杨艳菲李琳; 关键词：超高效液相色谱-串联质谱分子印迹固相萃取喹诺酮类药物鸡肉

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杨艳菲

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