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蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟: 2015年; 使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025(2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage(1L2Y)、Villin(3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94μs和0.897,2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191μs和1.142,Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23μs和1.37,Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48μs和0.63。结果表明,蛋白质折叠模拟已经能够通过GPU计算在桌面计算机上实现。; 林云张少龙张庆刚张怿慈; 关键词：蛋白质折叠分子动力学 GPU计算

蛋白质微秒级折叠过程的模拟研究: 在近几年的分子动力学模拟研究中，结合GPU、新的力场（ff12SB）、新的隐性水模型（GB-Neck2）实现蛋白质的折叠模拟研究取得了重大进展。GPU源于加速图形操作的特殊硬件，在某些特定的方面它具有不同于通用计算的计算...; 林云; 关键词：蛋白质分子动力学势能函数; 文献传递

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林云