符瑞佳
- 作品数：17 被引量：50H指数：3
- 供职机构：海南医学院热带医学与检验医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金海南省自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 细粒棘球绦虫14-3-3zeta蛋白的生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 目的应用生物信息学技术对细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)14-3-3zeta蛋白的结构和功能进行预测和分析,为进一步的实验研究提供依据。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://expasy.org/)提供的各种有关基因和蛋白序列、结构信息分析的工具,并结合其它生物信息学分析软件,对该蛋白质的结构和功能进行预测和分析。结果该基因全长为771 bp,编码256个氨基酸,其编码的蛋白相对分子量理论预测值和等电点分别是29.4 kDa和5.04。预测该蛋白无信号肽和跨膜区,二级结构含8个α-螺旋和12个β-折叠股,氨基酸序列中有9个潜在抗原表位。结论初步认识了细粒棘球绦虫14.3-3zeta蛋白的基本特征,为深入研究该蛋白的生物学功能奠定了基础。
- 符瑞佳吕刚尹飞飞梁培
- 关键词：细粒棘球绦虫生物信息学
- 曼氏迭宫绦虫annexinB8的生物信息学分析和基因克隆被引量：3
- 2015年
- 目的通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫annexinB8(SmannexinB8)的生物学特征,及潜在功能和结构,并且进行基因克隆,为下一步SmannexinB8参与宿主免疫调节研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对SmannexinB8的开放阅读框进行分析.利用ExPASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋、潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST。对蛋白保守功能域进行检测。不同物种的annexin序列从NCBI网站获取,并利用Vector NTI suit 8.0和TreeView软件进行分析。利用SWISS-MODEL网站和SPDBV 4.10软件分析SmannexinB8蛋白的三维空间结构。此外。对SmannexinB8基因进行扩增,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)。结果 SmannexinB8是一个全长基因,编码347个氨基酸。蛋白由4个典型的annexin重复结构域组成,序列当中没有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示SmannexinB8是一个保守的蛋白。SmannexinB8与多房棘球绦虫、口膜壳绦虫、细粒棘球绦虫、华支睾吸虫以及人类的annexin基因的同源性分别是68%,67%。65%,46%和40%。分子进化分析显示SmannexinB8与绦虫属的亲源性最近,而与其他物种,如吸虫、哺乳动物亲源性较远。结论 SmannexinB8可能具有抑制磷脂酶A2的活性,促进细胞融合、参与调节免疫反应和离子通道形成的功能,可能在参与宿主免疫调节中起到关键性的作用。
- 梁培吕刚周晓君陈新新陈小静符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫ANNEXIN生物信息学分析
- 浅析翻译控制肿瘤蛋白生理功能的研究近况
- 2015年
- 翻译控制肿瘤蛋白（TCTP）为肿瘤研究常涉及的一类高表达类蛋白质，又称P21、P23、Q23、组胺释放因子和Fortilin，同源性、保守性都很高，广泛存在于真核生物中。此类蛋白具有逆转肿瘤、调节细胞分化增殖、参与应急反应、对抗细胞凋亡、抑制炎症反应的功能，还与糖尿病、真菌感染、寄生虫病的产生发展相关。本文结合近年来国内外关于翻译控制肿瘤蛋白功能的研究报道资料，对TCTP功能的研究进行了综述。
- 符瑞佳
- 关键词：生理功能肿瘤进展
- 曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶(SmLAP)的生物信息学分析、克隆及表达被引量：4
- 2016年
- 目的利用生物信息学方法分析曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶(SmLAP)基因的结构和功能,并将该基因克隆至原核表达载体在大肠埃希菌中进行原核表达并纯化,为进一步研究其功能奠定基础。方法利用生物信息学相关软件,分析SmLAP基因及其编码蛋白的结构、生物学和免疫学功能特征。通过PCR扩增得到目的基因,克隆至原核表达载体pGEX-4T1中,转化感受态E.coli BL21(DE3),IPTG诱导表达,表达的重组蛋白利用GST标签层析柱纯化,采用12%SDS-PAGE分析蛋白纯度。结果曼氏迭宫绦虫LAP基因ORF finder显示核酸序列为1 662bp,编码554个氨基酸,预测在第21个氨基酸的位置出现信号肽。切除信号肽后的核酸序列为1 083bp,编码360个氨基酸,理论分子质量单位为40ku,与人LAP基因序列相似性为38%。将SmLAP和人B细胞抗原表位预测结果比对,相似度极低。构建的原核表达载体pGEX-4T1-SmLAP转化入大肠埃希菌后用IPTG进行诱导表达,目的蛋白主要以包涵体的形式存在。通过超声破碎、尿素溶解包涵体、透析、GST层析柱后获得单一组分的重组蛋白。结论构建的原核表达系统能表达SmLAP蛋白。生物信息学分析SmLAP是一个有潜在应用价值的免疫诊断分子,且主要以包涵体形式存在。
- 杨祖婷陈立强符瑞佳尹以婷梁鹏吕刚梁培
- 关键词：曼氏迭宫绦虫亮氨酸氨基肽酶生物信息学原核表达
- 曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的真核表达、虫体组织和亚细胞定位及免疫保护效果评价被引量：2
- 2017年
- 目的了解曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(SmTCTP)的虫体组织定位,并以Vero细胞为代替模型观察其亚细胞定位,观察重组抗原在曼氏裂头蚴感染的小鼠中的免疫保护效果。方法构建pEGF-N1-SmTCTP真核表达质粒并转染Vero细胞,利用激光共聚焦荧光显微镜观察SmTCTP重组蛋白在Vero细胞中的分布及亚细胞定位;采用免疫组化法观察SmTCTP在曼氏迭宫绦虫成虫组织中的分布。利用重组抗原做动物免疫保护试验,免疫组小鼠注射重组SmTCTP与等体积完全佐剂混合物,空质粒对照组小鼠注射同重组SmTCTP蛋白等量的GST蛋白与等体积完全佐剂混合物,PBS对照组注射相同体积的PBS溶液。每组动物均免疫3次,采用腹腔内部注射,每次免疫注射量为100μl/只,抗原剂量为50μg/只。第3次免疫后的第2周,所有小鼠均经灌胃感染曼氏裂头蚴5条/只,感染后第6周处死并解剖,收集曼氏裂头蚴并计数,计算曼氏裂头蚴的减虫率。结果双酶切和DNA测序鉴定真核表达重组质粒pEGFN1-SmTCTP构建成功,激光共聚焦观察细胞质与细胞核中均有重组SmTCTP分布,但主要分布在细胞核;免疫组化检测SmTCTP主要分布于曼氏迭宫绦虫成虫的子宫、睾丸和卵黄腺处。动物实验显示,攻虫感染6周的重组质粒SmTCTP免疫小鼠检虫数为(1.00±0.816)条,空质粒组为(2.60±0.966)条,PBS对照组为(3.00±0.738)条,且重组SmTCTP免疫小鼠减虫率为66.7%。结论成功构建pEGF-N1-SmTCTP重组质粒,并在Vero细胞中获得了表达。SmTCTP主要定位于曼氏迭宫绦虫成虫的生殖系统,其引发的信号传递可能对曼氏迭宫绦虫生殖系统的发育和功能起调控作用。重组蛋白SmTCTP可诱导小鼠产生抗曼氏迭宫绦虫裂头蚴的免疫保护作用。
- 梁培尹飞飞夏乾峰范志刚吕刚符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫真核表达亚细胞定位免疫保护性
- 曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(TCTP)的原核表达、纯化及其免疫原性分析被引量：2
- 2016年
- 目的原核表达、纯化曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白(Sm TCTP),并分析其免疫原性。方法构建曼氏迭宫绦虫翻译控制肿瘤蛋白重组表达质粒pGEX-4T-1-Sm TCTP,转化大肠埃希菌BL21菌株后用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达TCTP蛋白,用GST树脂纯化表达产物,并进行SDS-PAGE电泳分析,通过Western blot鉴定重组蛋白的免疫原性。结果 PCR、双酶切、测序结果均表明pGEX-4T-1-Sm TCTP重组质粒构建成功,并在大肠埃希菌中表达可溶性目的蛋白,经GST树脂纯化后获得高纯度的重组目的蛋白。SDS-PAGE分析表达产物为GST融合蛋白,分子质量单位为45ku,与Sm TCTP和GST融合蛋白理论分子质量相符。Western blot显示重组融合蛋白能被相应大鼠抗血清识别。结论成功进行了Sm TCTP的原核表达并获得纯化的重组蛋白,重组蛋白具有良好的免疫原性,为研究Sm TCTP的功能奠定了基础。
- 尹飞飞梁培芦亚君许可李永莉吕刚符瑞佳
- 关键词：曼氏迭宫绦虫原核表达免疫原性
- 甲型和乙型流感病毒分型检测方法的建立
- 目的:建立能够对流感病毒甲型和乙型进行区分的悬浮基因芯片技术,为甲型和乙型流感病毒的分型提供一种高通量的检测和鉴定技术.
方法:从GeneBank下载具有代表性的流感病毒基因组序列,利用生物信息学软禁进行序列比...
- 尹飞飞吕刚梁培符瑞佳
- 关键词：甲型流感病毒乙型流感病毒分型检测
- 文献传递
- 曼氏迭宫绦虫中亮氨酸氨基肽酶基因的生物信息学分析和转录水平检测
- 2017年
- 目的检测曼氏迭宫绦虫的3个亮氨酸氨基肽酶亚类(leucine aminopeptidases of Spirometra mansoni,Sm LAPs)基因在虫体不同发育阶段的转录水平,为进一步病原诊断研究奠定基础。方法运用生物信息学相关软件对3个亮氨酸氨基肽酶亚类编码蛋白的氨基酸序列的功能区域、免疫学特征、信号肽和跨膜区预测分析。应用Real time PCR方法检测Sm LAPs在曼氏迭宫绦虫的成节、孕节和裂头蚴阶段的转录水平。结果对Sm LAPs编码氨基酸序列的保守区域进行比对,Sm LAPa与Sm LAPb、Sm LAPc的氨基酸序列一致性均为38%,Sm LAPb和Sm LAPc的一致性也只有44%。多功能位点分析发现,Sm LAPs均含有底物结合位点、锌离子结合位点和多肽结合位点。在B细胞线性表位预测结果显示,Sm LAPa有13个、Sm LAPb有14个、Sm LAPc有13个。T细胞表位预测中,Sm LAPa有12个、Sm LAPb有13个、Sm LAPc有14个。3个Sm LAPs亚类序列中均含有一个强烈的信号肽,并且均没有跨膜区域。在虫体各个发育阶段的转录水平检测中,在成节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.34倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的46.53倍。在孕节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.96倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的56.89倍。在裂头蚴阶段,只有Sm LAPc有转录,没有检测到Sm LAPa和Sm LAPb的转录。结论在3个Sm LAPs亚类基因中,Sm LAPc是裂头蚴病更有价值的免疫诊断分子。
- 李奕基符瑞佳周晓君尹飞飞梁鹏吕刚梁培
- 关键词：曼氏迭宫绦虫转录水平
- 反向斑点杂交技术检测HBV基因型方法的评价
- 2010年
- 目的评价用于检测乙型肝炎病毒(HBV)基因型的反向斑点杂交(RDB)方法。方法应用RDB检测723例HBV阳性标本的HBV基因型。其中对423例HBV序列测序结果清晰可读的样本进一步使用NCBI在线数据库分析、系统进化法分析其HBV基因型,并与RDB法结果进行比较。将样本HBV序列与所用的探针序列进行比对,以评价单个碱基突变对该方法的影响。结果 RDB法检测的检出率为97.6%。RDB检测结果与NCBI在线数据库分析法的一致性为98.8%;与系统进化分析法一致性为100%。与对应探针有1个碱基差异的HBV A型1例、B型12例、C型46例和D型1例均被成功检出。结论 RDB是一种灵敏、准确、有效,且具有很高临床应用价值的HBV基因型检测方法。单碱基的突变不会影响其对HBV的分型结果。
- 张韧王敏符瑞佳李娟陈建平何蕴韶
- 关键词：乙型肝炎病毒基因型反向斑点杂交
- HBV基因型在我国九省市的分布及与临床指标的关系被引量：28
- 2010年
- 目的用反向斑点杂交检测HBV基因型的方法 ,了解我国HBV基因型的分布及其临床意义。方法利用反向斑点杂交对我国云南、江苏、浙江、新疆、北京、辽宁、福建、湖南、广东等9个省市的HBV阳性患者血清,和广州地区的肝癌患者术前血清进行HBV基因分型,并结合其临床指标进行相关性分析。结果 706例被分型的标本中,A型占0.1%(1/706)、B型占46.2%(326/706)、C型占49.0%(346/706)、D型占1.6%(11/706)、混合感染占3.1%(22/706)。HBV基因型与患者的年龄、性别、e抗体、e抗原差异没有统计学意义;肝癌患者的HBV基因型与肿瘤包膜、病灶数量、肝炎史、浸润、血管侵入、转移、临床分期、肿瘤家族史、饮酒史以及一些生化指标等差异也没有统计学意义。但发现了HBV基因型与病毒载量之间的关联具有统计学意义(P<0.01)。结论我国HBV基因型以B、C型为主,两者之间的感染人数差别不明显。我国还有少量D型分布,更少量的A型。HBV基因型与HBV病毒载量之间的关联具有统计学意义(P<0.01),提示HBV基因型可能影响患者体内HBV的复制。
- 张韧王敏符瑞佳邝枣园王宁宁计勇何蕴韶
- 关键词：HBV基因型反向斑点杂交
