郑学明
- 作品数：9 被引量：6H指数：2
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- 不同培养条件下伤寒沙门菌外膜囊泡对结直肠癌细胞增殖的影响
- 2023年
- 为探讨不同培养条件下伤寒沙门菌外膜囊泡(outer membrane vesicle,OMV)对结直肠癌细胞增殖的影响,本研究采用超速离心法分别提取伤寒沙门菌在正常、酸性、高渗、氧化环境LB液体培养基及LPM液体培养基中分泌的OMV,并比较其形态、粒径及所含蛋白大小。体外培养结直肠癌HT-29、SW480及CT-26细胞,采用CCK-8实验检测OMV对结直肠癌细胞增殖的影响,并用克隆形成实验进一步验证;采用流式细胞术检测细胞周期;通过统计体重及肝、肾组织苏木精-伊红染色切片评价OMV在小鼠体内的毒性。结果显示,不同培养条件下伤寒沙门菌分泌的OMV在形态、大小方面无明显差异,高渗应激环境下分泌的OMV更多。OMV所含蛋白相对分子质量在正常和酸性环境LB液体培养基中为37×10^(3)~72×10^(3),在高渗和氧化环境LB液体培养基中为25×10^(3)~72×10^(3),在LPM液体培养基中为8×10^(3)~55×10^(3)。LPM培养条件下OMV能显著抑制SW480和CT-26细胞的增殖,将SW480细胞周期阻滞于G2/M期,且对小鼠无明显肝、肾毒性。结果表明,LPM培养条件下OMV对结直肠癌细胞SW480、CT-26增殖具有直接抑制作用,有望成为结直肠癌治疗的新方案。
- 曾敏敏吉滢王雨柔戈艺潼郑学明孟苒黄新祥
- 关键词：结直肠癌伤寒沙门菌增殖细胞周期
- 沙门菌毒力效应蛋白对宿主NF-κB信号通路的调控
- 2015年
- 沙门菌(Salmonella)通过向宿主细胞分泌毒力效应蛋白(effector protein)来调控细胞内一系列的信号传导通路,从而有利于沙门菌的侵染和繁殖。NF-κB信号通路在宿主对病原菌的炎症反应及免疫应答中发挥着重要的作用,也是很多毒力效应蛋白调控的靶点。沙门菌致病岛(Salmonella pathogenicity island,SPI)-1上的毒力效应蛋白Sip A、Sop E、Sop E2和Sop B都能激活宿主细胞的NF-κB信号通路,而毒力效应蛋白Spt P、Avr A、Ssp H1以及SPI-2上的Sse L能有效地抑制NF-κB信号通路。研究这些毒力效应蛋白对NF-κB信号通路的时相调控和协同作用,将进一步揭示沙门菌的致病机制。
- 郑学明
- 关键词：沙门菌NF-ΚB
- 肠息肉与早期结直肠癌基因表达谱特征差异的生物信息学分析
- 2022年
- 目的应用生物信息学方法研究从肠息肉发展成为结肠癌的关键分子标志物,筛选出与早期CRC发生、发展相关的基因。研究由肠息肉向结直肠癌的转变机制,为CRC发生发展的机制提供线索和思路。方法从公共基因表达数据库(GEO)下载CRC基因芯片GSE8671、GSE9348数据集,采用R4.1.1软件和Rstudio进行数据处理和分析。利用limma包分别筛选出肠息肉与正常组织、早期结直肠癌和正常组织间差异表达的基因(DEGs),Venn分析对肠息肉和结直肠癌的DEGs进行筛选。并对DEGs进行GO和KEGG富集分析,筛选出由肠息肉转变为结直肠癌的关键分子标志物。结果初步筛选出了CDH3、CXCL8、CEMIP、DPEP1、MMP3等在腺瘤中下调,而在早期CRC中表达上调的关键基因。GO富集分析显示,阴离子跨膜转运途径在早期结直肠癌的发生发展中起着重要的作用。KEGG富集分析显示IL-17信号转导通路,TNF信号通路和视黄醇代谢等通路可能在腺瘤向早期结直肠癌的发展过程中发挥作用。结论通过基因芯片结合生物信息学方法发现了与早期结直肠癌相关的5个关键基因,包括CDH3、CXCL8、CEMIP、DPEP1、MMP3,对肠息肉向肠癌的转变机制研究以及结直肠癌的早期诊断具有重要的意义。
- 华凌季虹岑许婧喆孟苒黄新祥郑学明
- 关键词：结直肠癌肠息肉差异表达基因基因芯片生物信息学
- 大鼠颅脑损伤后不同时间基因差异表达
- 2022年
- 目的用生物信息学方法筛选出大鼠颅脑损伤后不同时间、不同区域的差异表达基因及信号通路,为后期研究提供线索。方法运用R软件Bioconductor的limma包对大鼠颅脑损伤GEO数据进行差异表达基因筛选,再通过clusterProfiler包对差异表达基因作GO富集分析及KEGG通路分析。结果大鼠颅脑损伤后24 h和4 h相比:损伤同侧皮质差异表达基因共79个,主要为免疫、炎症、膜电位调节等基因;损伤对侧皮质差异表达基因共60个,为蛋白四聚化及神经活性配体-受体相互作用等基因;而对所有样品进行时间分组,只有44个基因的表达水平发现显著变化,主要为血液循环、心脏收缩以及面神经结构组织等基因。3种分组筛选出共同的上调基因为Dck和Smad7,下调基因为Cebpb。结论大鼠颅脑损伤后24 h和4 h相比:大脑不同区域的差异表达基因不相同,损伤同侧皮质比对侧皮质变化大;差异表达基因主要为免疫、炎症及调控中枢神经系统功能相关基因。
- 高玉华魏民邢鸣夏鹏飞陆峰颜勋傅宇彤郑学明
- 关键词：颅脑损伤差异表达基因基因芯片
- 大肠杆菌细胞色素还原酶CcmH结构和生化特性研究
- 大肠杆菌二硫键氧化还原酶CcmH位于内膜，参与细胞色素c的成熟，可能催化还原细胞色素c前体，但具体催化反应的机制不清楚。CcmH氨基端含有氧化还原结构域，活性中心含有CXXC模体，属于硫氧化还原蛋白超家族。为了确定Ccm...
- 郑学明
- 关键词：大肠杆菌细胞
- 文献传递
- 肾病综合征患者肠道菌群宏基因组学被引量：4
- 2019年
- 目的研究肾病综合征患者肠道菌群与健康人群肠道菌群的差异。方法提取肾病综合征患者和健康人群的粪便标本中DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因的V3~V5区,使用Illumina Miseq平台高通量测序,再运用生物信息学软件分析和注释分类单元(OTU),最后对患者组和健康组肠道菌群进行差异统计分析。结果肾病综合征患者的肠道菌群物种多样性显著减少(P<0.05);肾病综合征患者肠道菌群中芽孢杆菌纲及乳杆菌目较健康人明显增多,而belta-变形菌纲、假单胞菌科、假单胞菌目、伯克氏菌目、链孢囊菌目、放线孢菌目显著降低(P<0.05)。结论肾病综合征患者与健康人群在肠道菌群多样性及菌群结构上存在较大的差别。
- 刘永平郑学明王茹冰解冰孔德华吴晓蓉傅行礼
- 关键词：肾病综合征肠道菌群宏基因组RDNA
- 伤寒沙门菌外膜囊泡通过调控铁死亡抑制结直肠癌细胞的增殖及机制初探
- 2024年
- 近年来,细菌外膜囊泡(OMVs)在抗肿瘤治疗中展现出的巨大潜力引起了广泛的关注.为探究伤寒沙门菌外膜囊泡(S.Typhi-OMVs)对人结直肠癌细胞株HT-29增殖的影响及可能的作用机制,通过超速离心法提取不同细菌的OMVs,细胞增殖实验(CCK-8)检测各细菌OMVs对细胞活力的影响;转录组测序(RNA-seq)分析处理后细胞基因表达水平的变化;试剂盒检测铁死亡相关标志物的含量变化;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白质免疫印迹法(western blot)分别检测相关基因mRNA和蛋白质的表达变化.结果显示,在提取的6种细菌OMVs中,S.Typhi-OMVs对HT-29细胞的增殖产生了最明显的抑制作用,并且呈现出浓度和时间梯度依赖性;RNA-seq显示HT-29细胞可能发生了铁死亡;S.Typhi-OMVs作用后,细胞内发生了铁沉积,氧化产物增多,抗氧化剂减少,符合铁死亡生化特征;SAT1是S.Typhi-OMVs处理后HT-29胞内mRNA表达量变化最大的基因;p53-SAT1-ALOX15是铁死亡的信号通路之一,S.Typhi-OMVs处理后胞内p53、SAT1、ALOX15的mRNA与蛋白表达均增高.以上结果表明,S.Typhi-OMVs能够抑制结直肠癌细胞HT-29的增殖,其机制可能与通过p53-SAT1-ALOX15信号通路诱导HT-29发生铁死亡有关.
- 戈艺潼吉滢曾敏敏郑学明黄新祥张盈
- 关键词：伤寒沙门菌结直肠癌细胞增殖
- 沙门菌去泛素化酶SseL对泛素链的水解特异性研究
- 2017年
- 目的探讨沙门菌毒力效应蛋白Sse L对不同连接方式连接泛素链的水解特异性。方法克隆伤寒沙门菌Ty2菌株Sse L基因,融合表达纯化GST-Sse L蛋白并在体外研究其对Ub-AMC及各种泛素链的水解情况。结果 Sse L对Ub-AMC水解活性很低,对直链泛素基本没有活性;而对K48和K63连接的二泛素表现出很高的水解活性。结论沙门菌毒力效应蛋白Sse L具有特异性水解泛素异肽链活性,并且对K63多聚泛素链具有更高地水解活性。
- 郑学明周海森芮志莲鞠爱萍胡红娟孙溧鸿王建强傅行礼
- 关键词：沙门菌
