龙泉鑫
- 作品数：12 被引量：15H指数：2
- 供职机构：重庆医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金重庆市卫生局科研项目重庆市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 检测结核分枝杆菌gyrA氟喹诺酮耐药相关基因突变的crRNA、试剂盒及检测方法
- 本发明提供了检测结核分枝杆菌gyrA氟喹诺酮耐药相关基因突变的crRNA、试剂盒及检测方法。所述crRNA中的间隔序列(spacer)包含SEQ ID No.1至SEQ ID No.13中任一条所示序列。通过在crRNA...
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- 应用噬菌体生物扩增法对HIV/TB双重感染患者抗结核药耐药性分析研究被引量：5
- 2017年
- 目的利用噬菌体生物扩增法(PhaB)分析人类免疫缺陷病毒(HIV)合并结核病(TB)双重感染患者的结核分枝杆菌的耐药状况,优化防治对策。方法运用PhaB法对重庆市第九人民医院收治的112例HIV/TB双重感染患者(HIV/TB组)做TB菌的药敏检测,并与208例单纯肺结核患者(单纯TB组)的药敏检测做对比分析。结果 HIV/TB组的抗TB药耐药率要比单纯TB组低,HIV/TB双重感染患者5种常见抗TB药物的耐药率分别为异烟肼(INH)7.14%、吡嗪酰胺(PZA)7.14%、利福平(RFP)5.36%、链霉素(SM)5.36%、乙胺丁醇(EMB)4.46%,与单纯TB组患者比较(RFP 17.31%、INH 13.46%、PZA11.54%、EMB 10.58%、SM 9.62%),HIV/TB组RFP的耐药率低于单纯TB组,差异有统计学意义(P<0.05),其他4种抗TB药耐药率与单纯TB组比较差异无统计学意义(P>0.05),与绝对浓度法结果符合率分别为INH 96.4%、RFP 98.2%、PZA 96.4%、EMB 93.8%和SM 96.4%。结论本地区HIV/TB双重感染患者结核分枝杆菌对RFP耐药率较普通肺结核患者低,与该类患者良好的服药依从性相关。PhaB测定所需时间短,操作简便,不需特殊仪器设备,可作为结核分枝杆菌耐药性的快速筛选方法。
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- 关键词：分枝杆菌噬菌体获得性免疫缺陷综合征结核耐药
- 应用滚环扩增研究肝癌组织中的HBV cccDNA被引量：1
- 2014年
- 目的:运用滚环扩增(rolling circle amplification,RCA)分离肝癌患者组织中乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)共价闭合环状DNA(covalently closed circular DNA,ccc DNA),研究pre-S区的缺失。方法:对RCA技术的特异性和灵敏度进行了研究,并应用该技术扩增13对癌组织和癌旁组织中HBV ccc DNA,对pre-S区的缺失进行了研究。结果:RCA能够高效,特异的扩增组织中10拷贝/μl HBV ccc DNA;26例样本中,22例样本的HBV ccc DNA能够被RCA撤增测序,其中有8例样本(8/22,36.4%)在pre-S区域存在着缺失,pre-S2缺失比例高于pre-S1(8/8 vs.2/8,P=0.007)。结论:首次发现肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中HBV ccc DNA存在着pre-S区的缺失,有助于深入理解ccc DNA pre-S区缺失与HCC的关系。
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- 关键词：乙型肝炎病毒滚环扩增肝癌
- 检测鲍曼不动杆菌耐药性的引物、试剂盒及其方法
- 本发明涉及基因检测领域，特别涉及检测鲍曼不动杆菌耐药性的引物、试剂盒及其方法。一种检测鲍曼不动杆菌耐药性的引物，由上游引物P1和下游引物P2组成，P1和P2的碱基序列如SEQ？ID？No.1和2所示。检测鲍曼不动杆菌耐药...
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- 儿童与成人慢性乙型肝炎患者乙型肝炎病毒Core基因区准种特征及正选择压力差异分析被引量：2
- 2015年
- 儿童与成人慢性乙型肝炎患者的临床特征差异明显。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)病毒准种特征与其致病特性紧密相连,HBV病毒Core基因区富含免疫表位,该区域的准种特征直接反映病毒变异与病毒应对宿主免疫压力间的动态过程。文章通过扩增170名儿童慢性乙型肝炎患者及121名成人慢性乙型肝炎患者病毒Core基因区,按照病毒基因型以及病毒e抗原(Hepatitis B virus e antigen,HBe Ag)状态进行分组,使用序列复杂度、多样性、非同义突变率(Non-synonymous substitution ratio,d N)、同义突变率(Synonymous substitution ratios,d S)等指标衡量不同组别之间的病毒准种特征;使用不同模型计算不同组别中受到正选择压力的位点,进一步结合HBV Core基因区免疫表位信息,进行正选择位点的定位分析。结果发现,儿童乙型肝炎病毒患者体内病毒Core基因区序列复杂性和多样性低于成人患者,且前者Core基因区正选择位点个数显著低于后者,这说明儿童慢性乙型肝炎患者体内病毒受到的选择压力低于成人患者。在儿童及成人慢性感染病人组中,HBe Ag阳性病人体内病毒受到的选择压力低于HBe Ag阴性病人。儿童及成人慢性感染患者体内病毒存在13个正选择位点,大多数正选择位点位于已知的抗原表位上。本研究从分子进化角度揭示了儿童与成人慢性乙型肝炎病例体内病毒Core基因区序列准种差异,为两类病人显著不同的临床表征提供了群体遗传学的解释。
- 邓海君黄勇黄爱龙龙泉鑫
- 关键词：乙型肝炎病毒
- 从离体血清中分析HBV DNA整合事件的系统及方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种从离体血清样本中分析HBV DNA整合事件的系统及方法，系统包括数据过滤模块、高质量序列拼接模块、序列比对模块、整合事件鉴定模块和整合事件注释分析模块；所述整合事件鉴定模块用于根据所述...
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- 重庆地区乙肝疫苗免疫无效儿童病毒基因组表面抗原区变异研究被引量：2
- 2016年
- 目的 :探讨重庆地区乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)疫苗免疫失败儿童患者体内病毒表面抗原(surface gene)基因主要亲水区(major hydrophilic region,MHR)及a决定簇变异情况。方法:收集乙型肝炎病毒疫苗免疫保护失败患儿及未接种疫苗的乙型肝炎病毒感染患儿血清样本,通过扩增HBV S基因并测序,与相应基因型的标准序列进行比对分析。结果:243例免疫保护失败患儿体内病毒a决定簇突变检出率明显高于20例未经疫苗免疫组患儿(31.7%vs.10.0%,P=0.044);免疫失败组儿童体内病毒MHR突变率数值也高于未接种组儿童,在统计学上差异不显著(49.8%vs.30.0%,P=0.106)。在疫苗免疫失败儿童病例中,MHR和a决定簇突变发生与病毒低水平复制相关:突变组患儿DNA滴度均明显低于无突变组患儿(log106.9±1.8vs.log107.7±1.8,P=0.000;log107.1±1.6 vs.log107.6±1.9,P=0.000)。免疫失败儿童病例中,MHR突变组儿童谷丙转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)数值也明显高于未突变组(67.1±58.8 vs.56.5±51.8,P=0.018)。在243例疫苗免疫保护失败儿童体内病毒MHR区域中共检出145个变异氨基酸,热点变异类型主要包括I110L(6例)、K122R(15例)、T126A(18例)、I126T(14例)、M133L(7例)、G145R(6例)及Y161F(12例)等。进一步分析各类型突变与临床表型间差异,发现含G145R及Y161F突变病例体内血清病毒DNA水平明显低于无突变组(log106.8±1.1 vs.log107.5±1.8,P=0.048;log105.0±2.6 vs.log107.3±1.8,P=0.000)。结论:疫苗免疫保护失败儿童病例体内病毒a决定簇及MHR具有较高的突变率,且该区段的突变与病毒较低的复制水平及及较高的ALT相关。
- 邓海君黄勇龙泉鑫黄爱龙
- 关键词：病毒变异
- 新型抗乙型肝炎病毒药物研发进展被引量：5
- 2018年
- 现有的抗乙型肝炎病毒药物不能有效清除病毒cccDNA,难以实现慢性乙型肝炎的功能性治愈。本文结合乙型肝炎病毒生物学周期,探讨了靶向乙型肝炎病毒胞内受体、病毒DNA聚合酶、核衣壳装配、表面抗原分泌以及病毒cccDNA的前导药物的最新研发进展,以期获得抗乙型肝炎病毒的新思路及新方法。
- 王昕白晓鹏龙泉鑫
- 关键词：抗乙型肝炎病毒药物药物研发CCCDNA慢性乙型肝炎DNA聚合酶表面抗原
- 一种检测乙肝病毒药物耐受相关突变gRNA及试剂盒
- 本发明提供了基于Cas14a1报告系统的检测乙型肝炎病毒DNA聚合酶(DNA Polymera se)基因逆转录酶区(Reverse transcriptase,RT)药物耐受相关突变的引导RNA(guide RN A，...
- 龙泉鑫 高攀淇 韩苗苗黄爱龙
- 一种检测乙肝病毒药物耐受相关突变gRNA及试剂盒
- 本发明提供了基于Cas14a1报告系统的检测乙型肝炎病毒DNA聚合酶(DNA Polymera se)基因逆转录酶区(Reverse transcriptase,RT)药物耐受相关突变的引导RNA(guide RN A，...
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