郝志强
- 作品数：3 被引量：16H指数：2
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西省自然科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 细菌萜类合成酶的生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少。建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析。【方法】利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS。对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析。利用MEME和Predict Protein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析。【结果】建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)。进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化。点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同。【结论】细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria)。基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础。
- 程甜郝志强魏强李广林
- 关键词：细菌生物信息学
- miRNAs调控lincRNAs的生物信息学预测与功能分析被引量：3
- 2014年
- 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚不清楚。Micro RNAs(mi RNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水平介导基因沉默的21 nt左右的内源性单链小非编码RNAs分子,通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。目前mi RNAs的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因,而对于靶标为非编码RNAs的研究较少,尤其在植物中的研究更为少见。为了系统挖掘植物中linc RNAs的功能,文章整合mi RNAs数据、c DNAs数据和降解组数据,利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana)337个成熟mi RNAs在2708个linc RNAs上的可能结合位点,构建了mi RNAs-m RNAs-linc RNAs调控网络,并根据竞争性内源(ce RNA)假说预测linc RNAs的功能,为进一步阐明植物中mi RNAs对linc RNAs的调控机制以及linc RNAs的功能奠定了基础。
- 樊春燕魏强郝志强李广林
- 关键词：微小RNAS
- 中东呼吸综合征(MERS)和严重急性呼吸综合征(SARS)间流行病学及其病原体间分子进化的比较研究被引量：12
- 2015年
- 目的比较中东呼吸综合征(Middle East respiratory syndrome,MERS)与严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome,SARS)的流行特征差异,分析其病原体亲缘关系,探讨两者可能的不同起源。方法应用描述性方法研究MERS和SARS的病例分布。基于MERS冠状病毒(MERS coronavirus,MERS-Co V)和SARS冠状病毒(SARS Coronavirus,SARS-Co V)的部分保守区序列,使用MEGA 6.0软件构建进化树,并通过序列之间的距离和拓扑结构支持度分析比较两者进化差异。结果 MERS流行过程长于SARS,但病死率高于后者(P=0.001)。分子系统发育分析显示,人源MERS-Co V和SARS-Co V序列都有亲缘较近的动物来源序列,但MERS-Co V及其相近序列之间的聚类支持程度普遍高于SARS-Co V及其相近序列。结论 MERS-Co V是自然进化发生,可能是以中东为疫源地、骆驼和蝙蝠为传染源甚至贮存宿主之自然疫源性疾病;SARS-Co V是过客病毒,为非自然进化产生。
- 徐锐李广林唐晓凤郝志强张磊张景霞王波段广才何剑峰徐德忠
- 关键词：严重急性呼吸综合征流行病学
